其实，我们只要看看顺治、康熙、乾隆是如何对待朱元璋、崇祯的，你就明白他们会怎么对待明朝皇帝。
那顺治、康熙、乾隆是怎么对待朱元璋、崇祯的呢？
崇祯当年于煤山自缢后，因李自成并不重视崇祯的身后事，所以崇祯的遗体并未被妥善安置，最初其遗体只是用门板装入柳木棺内，而其安葬后，更是没有丝毫帝王该有的待遇，陪葬的金、银器皿都是用铅铜冒充。直到清朝，清朝统治者为拉拢仍忠于明朝的臣民得人心，所以开始厚葬崇祯，为他修建了思陵，营建了帝王陵墓该有的建筑。
清朝立国后，诸帝对朱元璋可谓是礼遇有加，康熙南巡，六次遣官拜祭南京明孝陵，五次亲往谒陵，祭拜时均行三跪九叩之大参礼，被史书誉为是“礼文隆渥，逾于常祀，是乃千古盛德之举”。而乾隆六次南巡，更是次次至明孝陵“拈香奠酒”，行三跪九叩之礼。
此外，终清二百余年，清朝还多次修缮明十三陵，如乾隆五十年（1785年）三月，乾隆就下令修葺十三陵。
从康熙、乾隆对朱元璋、崇祯的态度，及其对待明朝皇帝陵寝的态度，我们就可看出，清朝诸帝对待明朝皇帝是不会太差的，至少表面功夫做的是很好的，让人挑不出啥问题。
当然，清朝皇帝之所以如此礼遇明朝皇帝，这绝非是什么尊敬，而是为了笼络汉人的心，让他们服从清朝的统治，毕竟清朝的统治者是北方少数民族，其人口与汉族相差悬殊，如若汉人铁了心得要反抗清朝，清朝是绝对控制不住中原的，因此，收买汉人的心是很重要的。而在当时，礼遇明朝皇帝显然有助于清朝笼络汉人之举。
因此，从清朝需要笼络汉人，我们就知道明朝皇帝在太庙中的牌位肯定是不会被随意处置的，肯定是会被妥善安排的。
当然，此时明朝诸位皇帝的牌位肯定不会被继续放在太庙，毕竟太庙是供奉当朝皇帝的地方，此时这里只能是供奉爱新觉罗氏的皇帝。
那被迁出太庙的明朝诸帝的牌位都被放置到哪里呢？
答案是被迁移到“帝王庙”中。
帝王庙始建于明代嘉靖九年（1530年），是明清时期用来祭祀非本朝的历代皇帝的场所，其地位与太庙、孔庙相当，明清皇帝会在此祭祀前朝历代皇帝。初期，在历代帝王庙中只有16位皇帝，分别是三皇五帝、夏禹、商汤、周武王、汉高祖、汉光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖。而后，清朝立国，多尔衮摄政时，帝王庙增加了明太祖、崇祯、辽太祖、金太祖、金世宗和元太祖等六位皇帝。顺治亲政后，顺治将帝王庙的皇帝定为25位，排除了辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖等四位皇帝，增加了商中宗、商高宗、周成王、周康王、汉文帝、宋仁宗、明孝宗。
康熙即位后，康熙认为“凡曾在位，除无道被弑亡国之主外，应尽入庙崇祀”，即只要不是因无道失德而被杀或亡国的帝王，都应入庙享祀，此后共有164位皇帝入祀帝王庙，其中明朝诸帝，因康熙认为“有明天下，皆坏于万历（神宗）、泰昌（光宗）、天启（熹宗）三朝……”，除神宗、光宗、熹宗三帝，其余13帝皆入帝王庙祭祀。
综上所述，供奉在太庙的明朝诸帝，除万历、光宗、熹宗三帝，康熙认为他们实乃是无道之君，因此不予祭祀外，其余十三帝皆予以放入帝王庙中祭祀，受清朝世代香火祭祀。