检方查出，事发时荆元武（49岁）担任“空军”马公基地高档值班官（高勤官），有权决议马公机场跑道运用方向；与荆通话12分钟的“民航局”高雄近场控制塔台李姓督导，则担任和谐高雄、马公飞航及机场控制。另一被告李政峯（37岁）为马公机场控制席，供给空航机气候材料及颁布飞机起降答应。
检方表明，荆元武不熟悉民航机运用02及20跑道下降的最低能见度规范，违背“飞航管理程序”规则，无合理事由却迟不同意复兴客机运用有较佳导航体系的02跑道下降，转而运用20跑道下降，致使产生空难。
正驾驭 李义良
副驾驭 江冠兴
口气消遣再三推托
检方查询，空难前约半小时，李姓督导接获通报指复航班机因气候极不安稳，要求下降02跑道，却遭荆元武回绝。李姓督导屡次传达复航恳求，盼军方同意在02跑道下降，荆却再三推托说：“气候是合规则，怎么会没有办法下降呢？”
荆还说：“应该不是气候的联系吧，应该是配备的联系吧！”李姓督导只能不断说：“是是是……跟你陈述一下，天上的飞机看的气候比咱们在地上观测的，他一定是挑选比较安全的当地落地嘛，所以说他会跟咱们恳求一定是有他的原因。”
就在两人一来一往间，李姓督导陈述20跑道又可运用了，荆还消遣：“又可所以不是？”并说：“我自己也飞翔嘛，我也飞了快三千小时，我走这个飞翔航道，想说与现实不符的时分，我要负这个职责，不是在找麻烦。”
荆还不忘着重：“他提了需求，仍是要我决议嘛，决议他要不要正确落地。”其时有四、五十条人命悬在半空中，荆推迁延的口气令人气结。
涉犯事务过错致死
检方表明，至于担任马公机场塔台控制席的李政峯在班机后来不得已降20跑道时，未告诉跑道能见度由1800米降至500米，未达起降规范，影响正副驾驭是否重飞判别，也未供给20跑道视程及辨识跑道环境所需的目测参阅，致使失事。
律师李学镛表明，荆元武及李政峯所涉《刑法》事务过错致死罪，最高可处5年徒刑。
“民航局”昨指出，依本年一月飞安会陈述，澎湖空难主因是复兴航空机组员未遵循标作业程序，塔台天候材料供给问题仅是危险要素，并非酿祸主因，检察官有其考量，“民航局”会尊重并合作查询。
跟台湾军方交流须人脉
长荣大学航管系副教授黄泰林表明，澎湖军民合用机场是由台湾军方主导， “民航局”塔台要跟军方和谐，未来应有更好交流管道，防止产生相似悲惨剧。不肯签字的飞安专家表明，合用机场产生台湾军方刁难民航塔台人员业界都知道，民航机常得动用人脉去跟军方交流，乃至用求的。不肯签字的机师表明，复航其时若能从02跑道下降，大不了冲出跑道，最少仍可安全下降，台湾军方的刁难很有问题。
马公航空站主任洪建男昨表明，上一年“民航局”已在20跑道端增设ILS仪降体系。复航表明，盼相关机关复原事发通过并厘清职责归属，复航虚心接受各界纠正。
