于是左谏议大夫梁焘、右谏议大夫范祖禹、左司谏吴安诗、右司谏王岩叟、右正言刘安世，皆上奏请求治蔡确的罪。范祖禹认为：“蔡确之罪，天下不容，尚为列卿，恐难平民愤的言论相弹劾，我请求把他处以典刑，更赐重行窜谪。“ 皇上下诏让蔡确自己解释，蔡确为自己申辩的十分清楚。刘安世等又说蔡确的罪状显明，不用申辩，这是有大臣在包庇他。于是就贬蔡确为光禄卿，分管南京应天府(今河南省商丘市)。蔡确被处罚后，左谏议大夫梁焘、右司谏吴安诗、右正言刘安世还认为处罚的轻了，御史中丞傅尧俞、侍御史朱光庭也这样说。 刘安世言：「臣窃闻朝廷以蔡确为光禄卿、分司南京者。而确不知图报，犹怨望作为诗什，辄敢谤讪，罪状显着，法所不赦。陛下以天地父母之德，不忍加诛，俾全要领，已出再生之赐。谓宜投诸四裔，以御魑魅，而尚玷卿列，仍居善地，中外之论，皆谓失刑。臣闻赏罚者人君之大柄。伏惟太皇太后陛下保佑圣躬，恩德隆厚，而确恃逆不道，妄有诋斥，人神之所共怒，覆载之所不容。今来责命太轻，未厌舆议，非惟央釭宗之意，亦恐伤陛下孝治之风。伏望圣慈更加详虑，早行窜殛，以慰人望。」 于是再贬为英州别驾(今广东省英德市)，新州安置(今广东省新兴县)新州时称“烟瘴最甚”，有“人间地狱”之号。宰相范纯仁、左丞王存在太皇太后面前替蔡确求情。吕大防和刘挚也以蔡确母亲年老，岭南山高路远，不宜让她翻山越岭，主张改迁他处，高太后却说：“山可移，此州不可移。” 在当时，被贬往岭南，实际上如同被判了死刑。当时有句俗谚：“春、循、梅、新，与死相邻;高、窦、雷、化，说着也怕”。苏轼也曾有诗云：“问翁大庾岭头住，曾见南迁几个回?”这是当时岭南实际情况的真实写照。蔡确被贬时，范纯仁对吕大防说：“岭南之路长满荆棘七八十年矣，今日重开，日后我们恐怕也难免有此下场。”他还请哲宗向高太后求情，但哲宗依旧以沉默相对。
御史李常、盛陶、翟恩、赵挺之、王彭年因不上疏弹劾蔡确，中书舍人彭汝砺因封驳对蔡确处理的诏旨，都获罪而被罢官出外。
蔡确被贬新州时，只有一个叫琵琶的爱妾相随，另外还养了一只鹦鹉。这个鹦鹉能学人语，每当蔡确呼唤琵琶时，只要敲一下小钟，鹦鹉就会呼唤琵琶的名字。不久，琵琶死于瘟疫，从此蔡确再没敲过小钟。一天，蔡确因事误将小钟击响，鹦鹉闻声，又呼琵琶名字。蔡确触景生情，大感悲怆，赋诗一首：“鹦鹉声犹在，琵琶事已非。堪伤江汉水，同去不同归。”
此后不久，蔡确郁郁成疾，殒命岭南。
车盖亭诗案是北宋开国以来打击面最广、打击力度最大的一项文字狱案。元祐党人利用高太后对蔡确等变法派的不满，捕风捉影，对整个新党集团进行了一次斩草除根式的清算。车盖亭诗案是北宋开国以来朋党之争中以文字打击政敌面最广、力度也最大的一起文字狱。
在蔡确被贬新州时，旧党将司马光、范纯仁和韩维誉为“三贤”，而将蔡确、章惇和韩缜斥为“三奸”。他们将王安石和蔡确亲党的名单张榜公布，以示警告，同时对元祐元年被司马光等斥逐的新党人员如章惇、韩缜、李清臣和张商英等人再加以重贬，又对在朝的新党，如李德刍、蒲宗孟等人，都被降官贬斥。 司马光的同僚及追随者们在高太后的支持下，欲给新党以毁灭性的打击，来巩固自己的势力。
然而在新党官员看来，旧党上台后，对新党大打出手，用的手段更是前所未见的卑劣。新党成员李定等人加害苏轼的乌台诗案只打击了苏轼一个人，而旧党借车盖亭诗案却几乎放翻了新党全体所有人。随着被压抑的时间增加，新党众人怨恨、报复的欲望变得越来越强，宋朝的政治风气也变得前所未有的狭隘凶险。
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