在这之前，富弼采纳官员李仲昌的计策，从澶州商胡河贯穿六漯渠，使之流入横垅旧道。北京留守贾昌朝一向讨厌富弼，暗中勾结内侍武继隆，指使司天官二人等执政大臣在一起讨论朝廷大事时，于殿廷宣扬国家不应该在北方开河渠，开河渠(损害地脉)导致仁宗身体欠安。文彦博明白了他们用意所在，但没有采取办法加以制止。过了几天，这两个司天官又上书，请仁宗皇后一同处理政事，这也是武继隆所指使的。史志聪把司天官的上书拿给执政大臣看。文彦博看了以后，把它藏起来，不给其他同僚看，而表现出很高兴的样子，不慌不忙地把两位司天官叫来盘问，说：“你们今天有些话要讲吧?”二位司天官回答：“是的。”文彦博说：“天文变异，你们的职责就是要如实反映。但怎么随便参预国家大事?你们的罪行应该株连一族。”二位司天官害怕，面色都变了。文彦博说：“我看你们不过是狂狷愚蠢罢了，不忍心治你们的罪行，但以后不能再这样了。”两位司天官退出去后，文彦博才把司天官的上书给同列看。众人都非常气愤，说：“这些家伙竟敢如此僭越而上书，你怎么不把他们给斩了?”文彦博说：“把他们斩了，事情也弄大了，恐怕引起皇后不安。”众人都说：“想得周到。”不久朝廷议定派遣司天官核实六漯渠的方位，并派二人前往。武继隆代表他们请求留下，文彦博说：“他们本来不敢乱说，有人指使他们这样干罢了。”武继隆沉默不敢回答。二位司天官到了六漯渠，害怕究治前面所犯罪行，改而说六漯的方位在东北，不是在京师正北面。
仁宗病愈，文彦博等人才从大庆殿回家。在仁宗生病的这些日子里，京师吏民担心害怕，靠文彦博、富弼老成持重，众人的心情才得安宁。刘沆在仁宗病愈后偷偷告诉仁宗说：“陛下身体不好时，文彦博曾擅自诛斩报告谋反的人。”文彦博听到了后，把刘沆的判词呈给仁宗，仁宗的疑虑才消除了。御史吴中复请求把唐介召回朝廷。文彦博因而认为，唐介过去做御史，弹劾臣的事大多都针对臣的毛病，其中有些是道听途说，难免不实，但当时臣也过分责备了他，请陛下按吴中复的奏折办理。时人都认为文彦博品德高尚。
任职地方
很久后，文彦博被任命为河阳三城节度使同平章事、判河南府，被封为潞国公，改镇保平，判大名府。不久改镇成德，升任尚书左仆射、判太原府。不久，再镇保平，判河南府。因母亲去世而辞官守丧。
1063年(嘉佑八年)，仁宗驾崩，宋英宗赵曙即位，任命文彦博为成德军节度使，文彦博多次上表，请求能够让自己守完丧，朝廷允许。
当初，仁宗身体不好，文彦博与富弼等人请求立太子。仁宗答应了，但后宫又有怀孕的，这件事拖了下来。不久，文彦博离职，后来，富弼亦因守丧离职。文彦博守丧完毕后，官复原职，判河南府，英宗下诏命他到朝廷拜见。英宗对他说：“朕被立为太子，是你的功劳。”文彦博严肃地回答：“陛下被立为太子，承继帝统，是仁宗皇帝的意愿，也是皇太后(曹皇后)襄赞之功，臣没有什么功劳。而且陛下被立为太子以及继统之时，臣不在朝廷，都是韩琦等人根据先帝意愿而受命行事，臣没有参与。”英宗说：“让先帝有所裁择，以及开始创议，你都对朕有恩。”文彦博谦逊地回避，不敢认为有功于英宗。英宗说：“你暂且西去任职，不久就会把你召回朝廷。”不久，即升文彦博为侍中，改镇淮南府，判永兴军，入朝任为枢密使、剑南西川节度使。
1069年(熙宁二年)，英宗任命陈升之为宰相。下诏说：“文彦博是世人所敬仰的名臣，令陈升之官位在文彦博之下，以符合朕的礼贤之意。”文彦博说：“大宋的枢密使职，没有在宰相上面的。只有曹利用曾经在王曾、张知白上。臣下对礼义难说全懂，但不敢仿效曹利用所为，以紊乱朝廷礼法。”他坚决推辞才没有使自己位在陈升之之上。
不合出外
西夏进犯大顺时，将帅李复圭把阵图和方略授给钤辖李信等人，命他们出战。等到失败后，他却诬奏李信有罪。文彦博把其中的是非暴露出来，而宰相王安石曲意诛杀李信等，秦地人认为他们都冤枉。庆州兵乱，文彦博对神宗说：“朝廷施政，务必符合人心。应该兼采各种意见，以静重为第一要务。陛下励精图治，而人心不安，恐怕是法令改变太大的缘故。祖宗之法未必都不能实行，不过是有偏而不全的弊端而已。”王安石知道这些话是针对他来说的，起来反驳道：“谋求为百姓除害，怎么做都行。若万事都拖拖沓沓，那是西晋亡国之风，对国家的治理有什么好处?”御史张商英欲依附王安石，指使枢密院以其他事动摇文彦博，张商英由于事实不真而被贬斥。
文彦博在枢密府任职九年，终因激烈地争论说市易司监卖果实，有伤国体，并引起百姓怨恨，引起王安石的嫉恨，最后请求辞职。宋神宗任命他为司空、河东节度使、判河阳，移判大名府。文彦博尽管不在朝廷，但神宗对他的关注却有增无减。
当时监司有许多新提拔的少年，转运判官汪辅之就奏告文彦博不办事，神宗批示了这个奏折，并把它交给文彦博，说：“因为您的旧恩德，所以请您守护京师北门，细小的事情不必劳心。汪辅之官小位卑，竟敢如此无礼，将会另加处置。”没过多久，就罢掉了汪辅之的官。当初，有个叫李公义的选人，请求以铁龙爪治黄河，宦官黄怀信承袭铁龙爪的做法，制作浚川耙，天下都笑着谈论浚川耙，认为拿它治理黄河等于儿戏，而只有王安石相信它。派遣都水丞范子渊实行此法。范子渊奏称田浚川耙的功用，可以让河水都回原道。退出被淹没的民田有数万顷。神宗诏命大名府核实，文彦博说：“黄河不是浚川耙就可疏通的，即使愚蠢至极的人，都知道没有效果，臣不敢跟着别人胡说以欺骗陛下。”文彦博的奏疏呈上，神宗看完不高兴。另派知制诰熊本等人去考察，考察的结果就像文彦博所说。范子渊于是请求拜见皇上，说熊本等人看到王安石被罢相，臆测文彦博将为宰相，故意附会文彦博的说法，御史蔡确也弹劾熊本等人受命考察时不守法纪。熊本等都得到处罚，唯独不涉及文彦博。不久加官司徒。
