深得宠荣
1080年(元丰三年)，文彦博被拜为太尉，再次判河南。当时王同老说起仁宗至和年间议论立皇太子的事，文彦博恰好入朝。神宗为此询问他，文彦博还是以从前对英宗说的话对神宗说：“英宗皇帝天命所在，国家政权有归宿。这实在是仁宗皇帝了解儿子的贤明，慈圣太皇太后拥佑之力，臣下有什么功劳可言?”神宗说：“虽然是天命，但也靠人谋，您品性深厚，不宣扬自己的善德，阴德如丙吉，真是定策的大臣，是国家的依靠。”文彦博说：“像周勃、霍光等，才可算是定策的臣子。自至和年间以来，朝廷内外建议立皇太子的人很多，臣虽然也有建议，但并没有立即实行。后来，韩琦等终于把大事办成，主要是韩琦的功绩。”神宗说：“开端更难，当时仁宗高皇帝的意向已定。嘉佑年末，只不过是把以前的诏命再复述一遍而已。正好像丙吉、霍光，不致相互掩盖功劳。”于是加文彦博两镇节度使，文彦博推辞不受。将到河南府任职，神宗在琼林苑赐宴，并两次派宦官送给文彦博他写的诗。时任都认为此事十分荣耀。
王中正经管边事时，但凡所到之处都宣称受密旨招募禁兵，而把他们向西边带去。文彦博以没有看到诏令为由他拒绝在河南府招募，王中正也不敢招募而离开。过了很长一段时间后，文彦博求请辞职回家，以太师职位致仕，住在洛阳，洛阳人邵雍以及程颢兄弟都以儒家道统自重，对待文彦博如布衣之交。
神宗曾想把洛水通过汴京，但主管者却堵绝洛水，不让洛水入洛阳，洛阳城里的人都为此事烦忧。文彦博趁宦官刘惟简到洛阳的机会，把其中的情况反映了。刘惟简将此事告诉神宗，神宗特诏洛水如以前照样通行，于是洛阳城得到了无穷的便利。
1086年(元祐元年)四月，司马光推荐文彦博，说他是宿德元老，应该重新起用，来辅佐朝廷。宣仁太后将任命文彦博为三省长官，而议论政事的人认为不行，于是任命他为平章军国重事，六天朝觐一次，一月两次到皇宫讲经，宋哲宗对他恩礼有加。但文彦博每年都要求告退，1090年(元祐五年)，文彦博以太师充护国军、山南西道节度等职再次致仕。
文彦博是怎么死的
1097年(绍圣四年)，章惇把持朝政，言官议论文彦博与司马光是朋党，反对王安石变法，诋毁神宗，于是将他由太师降职为太子少保。同年四月丁巳(6月16日)，文彦博逝世，享年九十二岁。
宋徽宗崇宁年间(1102年—1106年)，蔡京任右相时，将文彦博、吕公著、司马光等人称为“元祐党人”，刻元祐党人碑，禁止元祐学术。后来徽宗特别命令将文彦博从党籍中除名，追复他太师之职，谥号忠烈。
1722年(清康熙六十一年)，文彦博与历代功臣四十人从祀历代帝王庙，北宋诸臣入祀的还有吕蒙正、李沆、寇准、王曾、范仲淹、富弼、韩琦、司马光。
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