理性治国
由于幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病。但孝宗却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝，使得大臣有更多的机会协助皇帝办理政务。同时，他又重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道。孝宗还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
朱佑樘提倡直言进谏，为人宽厚仁慈，躬行节俭，不近声色，勤于政事，重视司法。孝宗皇帝的勤政终于得到了回报，弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，是明朝历史上经济繁荣、人民安居乐业的和平时期。被史家称为“弘治中兴”。
统治后期
由于孝宗多难的童年使得他的身体一直不好，他希望通过佛道之术能改变自己的身体状况。因此一些奸佞之辈再次混入宫中，再次祸乱朝政。宦官李广就是其中之一，深得孝宗的宠信。后来李广畏罪自杀，孝宗以为李广家中有天书，命人搜寻，却搜出了李广贪污、受贿的账本，孝宗这才醒悟。
李广事件唤醒了那个沉睡多年的励精图治的孝宗皇帝，他开始了生命中第二个，也是最后一个勤政时期。朱佑樘开始不断反思自己以前的所作所为，重新远佞臣而重用刘大夏、戴珊等贤臣，大力整顿朝纲，可是过大的工作强度也彻底拖垮了他的身体。
公元1505年，即大明弘治18年，一代英主朱佑樘病逝于乾清宫，得年仅36岁。他在弥留之际召刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于皇太子朱厚照，并叮嘱诸卿说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好辅佐他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。”最后给太子朱厚照的最后嘱咐是“任用贤臣”。
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