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难怪胡应嘉能够参倒两个侍郎、两个布政使，原来他挑出来的过错都是我们今天看来无关紧要，但在嘉靖皇帝看来却是天大的事情——有什么事情比为皇帝祈祷更重要，有什么事情比侍候皇帝更重要呢?高拱意识到事情的严重性，赶紧上疏辩解。第一，臣在西苑的直庐，宽敞明亮，规格甚至超过前后首辅严嵩、徐阶，臣一直受宠若惊、诚惶诚恐，怎么可能嫌其狭小呢?至于把家搬到西安门外，是因为家贫无子，又没有雇用健仆，住得近一些，取用衣食比较方便，可以更好地为皇上服务。第二，近年来，学士们前往紫皇殿为皇上祈祷，都是用直庐的器物，祈祷完后即带回，这已经成了惯例。这些器物现在都在西苑直庐，随时可以接受检查。高拱在理直气壮为自己申辩之后，不免也对胡应嘉进行反击。
这也就是高拱的性格，受不得委屈。但这一辩驳，在言官们看来，在御史和给事中们看来，就是失“大臣体”。你作为大学士，这个时候应该怎么办?
应该不吭声，应该接受朝廷的调查，应该相信朝廷会给你一个公平的交代，犯得着你自己喋喋不休吗?幸亏这个时候嘉靖皇帝已经病入膏肓，既没有和高拱计较，也没有和胡应嘉计较。
但是，尽管嘉靖皇帝不计较，后来隆庆皇帝也不计较，性格倔强的高拱却咽不下这口气。他抓住一个机会给胡应嘉小鞋穿，将其革职为民，并因此和徐阶在内阁当众吵了起来。因为高拱认为，看上去是胡应嘉和自己过不去，其实是徐阶在幕后操纵，徐阶就是胡应嘉身后的黑手，就像当年他是把严嵩赶下台的幕后黑手一样。这样的公开争吵，在当时的内阁还十分罕见。进了内阁的都是谦谦君子，即使有矛盾，也是背后下工夫，暗中设陷阱，很少有如此公开干仗的。高拱也因此捅了马蜂窝，徐阶的威望还在，言官更是不好得罪的。所以，北京、南京的御史和给事中纷纷上疏，弹劾高拱挟私报复，没有大臣的体统。内阁是国家的政务中枢、清要衙门，不能让这种人继续在内阁混下去。更要命的是，南京的科道甚至给高拱“拾遗”。
“拾遗”这个事情在明朝可了不得。
按明朝的制度，京城的官员每六年一次接受朝廷的考核，叫“京察”，五品以下官员由吏部考核，四品以上大臣向皇帝“自陈”。这个自陈类似于我们今天的“述职报告”。在这个报告里面，你可以说自己的工作成绩，但更主要的是必须说明自己工作中的失误或错误，还必须说自己干了什么对不起皇上、对不起朝廷的事情。虽然这个述职报告是写给皇帝的，却需要公开，需要在光天化日之下亮相，要接受御史和给事中们的挑刺。所以你必须说真话，必须经得起别人说三道四。如果你有所隐瞒，对不起，言官们就要帮助你回忆、帮助你补上，这就叫作“拾遗”。不是“道不拾遗”，而是等着“拾遗”。一旦被拾遗了，而这个被拾遗的事情又是事关原则，那你就犯了欺君之罪，你就得自己打报告请求退休。
《明史·选举志》对言官们的拾遗威力进行了这样的概括：
京察之岁，大臣自陈。去留既定，而居官有遗行者，给事、御史纠劾，谓之拾遗。拾遗所攻击，无获免者。弘(治)、正(德)、嘉(靖)、隆(庆)间，士大夫廉耻自重，以挂察典为终身之玷。
到万历时期，“阁臣有所徇庇，间留一二以挠察典”。注意，也只能“间留一二”。
这个制度其实又是明朝国家机器得以正常运行的一个十分重要的制度和措施，也是官场的一个清洁系统。尽管在这个过程中不可避免地有无数的“走过场”。
事情闹到这个份儿上，高拱自己也觉得在朝廷待不下去了，只得请求辞职。隆庆皇帝当然不愿看到老师这样一种结局，做了和事佬，允许高拱离职，但不是“致仕”，而是保留待遇，以少傅兼太子太傅、尚书、大学士的身份回原籍“养病”。
过了若干年，《明世宗实录》的编撰者们对这件事情还记忆犹新。他们分析说，高拱对徐阶挑战，从本质上说，是老皇帝嘉靖皇帝的内阁首辅和新皇帝隆庆皇帝的东宫首臣之间的一场新老更替的权力斗争。但是，当两种势力的代表人物所进行的角逐还没有完全撕破脸皮、还没有到不可挽回地步的时候，最讨厌的便是有胡应嘉这样的小人在其中捣蛋。他们用了这样一句话：“小人交构其间。”这个小人在里面揣摩动态、窥测方向、搬弄是非，从而造成矛盾的激化。幸亏这场斗争开始的时候嘉靖皇帝已经无法理事，而这场斗争结束的时候继位的隆庆皇帝又是个不喜欢生事的主儿，否则的话，“祸且不测”。
四、一朝天子一朝臣
与高拱的咄咄逼人相比，徐阶再一次显示出他的政治家气度。高拱回原籍“养病”后的一年零两个月，隆庆二年七月，徐阶感觉到了隆庆皇帝对自己的疏远，不等别人下逐客令，便自己请求退休，回了松江府华亭县老家，颐养天年。又过了一年半，隆庆三年十二月，高拱在家乡养精蓄锐两年半后，被隆庆皇帝召回北京，重入内阁，并且成了内阁的新首辅。一旦做了首辅，高拱便也继承了严嵩、徐阶的做派，事事自己做主，处处显示权威。不仅仅在内阁、在外朝显示权威，同时也干预内府的事情，干预宦官衙门特别是干预司礼监的事情。这就为他的再次下台留下了隐患。
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从英宗正统年间开始，司礼监成了明朝宦官的主管衙门，而且代表皇帝对内阁进行操纵。凡是内阁“票拟”的文件，都需要司礼监代表皇帝“批红”。
所以《明史?职官志》说：“内阁之拟票，不得不决于内监之批红。”内阁大学士一般只有三人，但司礼监的太监却是一批人，有提督太监、掌印太监、提督东厂太监、秉笔随堂太监，又有少监、监丞等等。而他们的升迁，也和外廷文官一样，有一套程序。
