李承乾的图谋败露，皇太子的地位不保，这一点毫无疑问，问题是挑选什么人来取代他，让唐太宗很费思量。
唐太宗一度倾向于魏王李泰，朝廷中岑文本、刘洎也公开提出这个建议。唐太宗还把这种想法当面告诉了李泰。第二天，唐太宗对大臣们谈起这件事，说：“昨天，李泰扑进我的怀里，对我说：‘今天是我的重生之日，从现在开始，我才真正称得上陛下的儿子。我只有一个儿子，将来我死的时候，要把他杀了，然后把皇位传给弟弟晋王。’父子天性，李泰能对我说出这种话，实在让我怜爱。”
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褚遂良不以为然，说：“陛下的看法不对。魏王的想法不成立，陛下百年之后传位给魏王，将来魏王再杀死自己的爱子，然后把皇位传给自己的弟弟，天下怎么可能有这种事?当初陛下立承乾为皇太子，却在承乾与魏王李泰之间犹移不定，嫡庶不分，魏王享受的一些待遇甚至超过了皇太子，造成的混乱一直沿续到现在。如果陛下一定要立李泰，请先妥善安置好晋王，才能保全他们。”唐太宗听了褚遂良的一番话，立刻涕泗横流，哭着说了三个字：“我不能。”
选择李泰的另一个障碍是长孙无忌，在两个亲外甥当中，长孙无忌倾向于晋王李治，唐太宗无法逾越他这个障碍。但李治有一个非常明显的弱点，就是性格过于柔弱。唐太宗曾经对长孙无忌说：“你劝我立李治，李治仁懦，让我为国家社稷担忧，怎么办?”
李泰知道舅舅长孙无忌不站在自己的一边，干脆自己出面，直接去找五弟李治，希望把他拉到自己的阵营中，他对李治说：“你和汉王好，不怕将来受连累吗?”
李泰的话里隐含着一种威胁，李治是一个胆小的人，因此整天忧心忡忡。唐太宗询问缘由，李治把哥哥李泰的话告诉了他。唐太宗因此明白，四儿子李泰也是一个冷酷之人，一旦他得到至尊的地位，只怕没有李治的活路。
据说此前在太原发现了一块奇石，石头上面自然形成了三个字“治万吉”。唐太宗把这看成是一份图谶，转而又想立李治，犹豫不定。
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选择继承人是一个重大的问题。唐太宗考虑最多的，是哪一个选项对他的家族造成的伤害最小，而不是哪个选项对管理国家更有利，哪个儿子更适合皇帝这个位置，表现出李世民自私的一面。
有一天唐太宗在两仪殿与群臣议事，结束之后他单独把长孙无忌、房乔和李勣几个重臣留下来，商量皇太子的事。唐太宗伤心地说：“我有三个儿子，一个弟弟。究竟选择哪一个做皇太子，还不能确定，我的心中没有依靠啊。”
说罢，唐太宗一头扑到榻上，拔出腰间的佩刀，对准自己就要刺下去。众人吓得魂飞天外，一齐跑上去抱住唐太宗，用力把佩刀从他手中夺下来，递给一旁的晋王李治。然后大家问唐太宗为什么要做这种吓死人的傻事?不就是要立皇太子吗?他想立哪一个?
唐太宗心目中其实早有了合适的人选，说：“我想立晋王。”皇帝的话，不可违逆，况且又是在这种情形之下，所以长孙无忌第一个表态：“尊旨。谁有异议，斩!”
长孙无忌是皇后的哥哥，是几位嫡皇子的舅舅，他一开口，没有人再敢说一个“不”字，况且这个选择本身也没有大毛病。唐太宗等的就是长孙无忌的这句话，立刻转头对晋王李治说：“你舅舅答应立你为皇太子，还不快谢谢他!”
晋王赶快拜谢长孙无忌。唐太宗还有几分顾虑，问大家：“你们的想法与我一样，可是天下的臣民会怎么样看待此事?”几个人一齐说：“晋王仁义孝顺，天下久已闻名，不会有异议。如果我们欺骗皇上，百死不辞。”
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唐太宗在几位重臣面前流露悲伤，又拿刀自向，感觉有一点表演的成份，目的是逼他们顺从自己的意志，其中最主要的是长孙无忌。唐太宗面临重大决策的时候，常常表现出性格中犹豫、迟疑的一面。好在他的身边集合了一群精英之材，总能帮助他做出相对正确的选择，这一次也不例外。
到此，唐太宗终于下定决心，立晋王李治为皇太子，李承乾谋反的案件也可以结案了。四月，皇太子李承乾被废为庶人，发往黔州安置。汉王李元昌被赐死，兵部尚书侯君集、驸马都尉杜荷等人被处死。
侯君集到底是一条汉子，临刑之前对监刑的官员说：“我稀里糊涂，沦落到如此地步。其实我怎么会造反呢?当年我也做过将军，为国立过大功，请求皇上给我留一个儿子，让我长享祭祀。”唐太宗听说之后，留下侯君集的妻子和一个儿子，流放到岭南，其余的家人处死，家财抄没入官。
废掉李承乾的第二天，晋王李治被立为皇太子，长孙无忌为太子太师、同中书门下三品。李承乾身边的许多官吏都受到处罚，于志宁却是例外，唐太宗不但没有惩罚他，又让他到李治身边，依然担任太子左庶子。
那以后，唐太宗对皇太子李治不太满意，又想改立李恪。李恪在兄弟当中排行第三，被封为吴王，兼任安州都督，唐太宗的二儿子李宽死得很早，李恪的地位就比较特殊。李承乾被废掉，这种特殊性更加明显。
李恪的生母是杨妃，是隋炀帝的女儿，给李世民生下李恪和李愔两个儿子。李恪虽然是庶子，但血统高贵，在大臣与百姓中间名望很高。当初唐太宗早早让李恪到自己的王国去上任，对大臣们说：“我也不舍得让李恪离开，希望能经常见到他。可我更希望他们这些庶子都能变得成熟一些，可以独挡一面，将来我死了，他们既能保全自己，又能做国家的籓屏。”