由于马士英和阮大铖在南明弘光朝时期的擅权，招致了东林党复社成员的不满。而且在马士英的好友阮大铖于南京城破后，乞降于清军，顺带着让马士英的形象也在无意之中抹上了一层黑。
在弘光帝覆亡之后，南方相继又建立了隆武帝朱聿键政权和鲁王朱以海政权，抵抗清军的入侵。马士英本属于弘光朝的宠臣，而且东林党对其多有不满，因此当他去投奔隆武帝和鲁王的时候，都遭到了拒绝。但是马士英并没有因此转投清军，而是自己组织力量，抗击清军。根据史料记载，马士英在此期间，参加了南明抗清势力攻打余杭、富阳和杭州等地的战役。后来南明势力最大的队伍吴日生败亡，马士英见大势已去，遁入四明山，削发为僧。后来由于叛徒的出卖，使得马士英被清军逮捕。但是这个时候，马士英也没有投降清军，最后英勇就义。
在野史中，有学者考证出马士英并没有被清军俘虏，而是一直隐居在山中。而且还有人找到了马士英在弘光年间直到清康熙年间的活动痕迹。而且在他晚年，还和八大山人一起创建了江西青云圃道院。
但是无论对马士英之死持有何种看法，都可以证明他在国破家亡的时候，并没有像明末的其他士大夫一样卖国求荣，而是选择了殉国的结局。如果熟读南明史，可以发现他的就义和宁波人张煌言十分相似，而后者被人称为了民族英雄。因此，那些污蔑马士英的学说，都将不攻自破。
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