四辅臣于辅政期间做了不少有益的事，然而对处理满汉关系，却采取保守、倒退方针，在恢复祖制、首崇满洲的旗号下，歧视汉官，使后者的积极性受到严重挫伤。当时，反清复明的战火尚未完全平息，经济凋敝，百废待兴。因满臣还缺乏治理经验，又不能与汉官密切合作，以致大大妨碍了国家机器的正常运转，而一些投机分子逐步取得辅臣信任，为非作歹，更加重了问题的严重性。玄烨亲政前夕，已是“学校废弛而文教日衰”，“风俗僭越而礼制日废”，地方、朝中弊端丛生。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付，但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。
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康熙四年(1665年)九月初八日，禀照祖母慈谕，12岁的玄烨举行大婚典礼，索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宫，遏必隆之女落选，成为皇妃。
在为孙儿择立皇后时，孝庄舍去遏必隆之女，选中赫舍里氏，旨在防范鳌拜借镶黄旗之女成为皇后之机，进一步扩大实力，同时也是针对主幼臣骄的情况，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。
孝庄此举还改变了皇太极和福临时期，皇后莫不出自蒙古博尔济吉特氏的惯例。这并不意味着忽视满蒙贵族联姻政策，而是从巩固皇权、安定政局的现实需要出发，反映出这位杰出女性的战略眼光与灵活策略。
康熙六年(1667年)七月初七日，玄烨“躬亲大政”，辅臣“仍行佐理”。孝庄特为孙儿收权安排一过渡阶段，以使他在实践中逐步提高;同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低程度，从而保证此次权力交接稳妥进行。
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可是，树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世后，鳌拜成为首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始，苏克萨哈请求“往守先帝陵寝”，以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为清除异已，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的“罪状”，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并籍没家产。
苏克萨哈被清除后，鳌拜的权势进一步扩大。他飞扬跋扈，“欺君擅权”，“文武各官尽出门下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，拦截章奏”。玄烨去海子(南苑)狩猎时，让随行的鳌拜奏闻祖母，鳌拜“乃不遵旨，反云皇上自奏”，全然不把玄烨放在眼中。他的种种行径，已构成对皇权的严重威胁。至此，孝庄终于作出决断，支持并指点孙儿拟定清除鳌拜集团的全盘部署。
此前，玄烨已开始广泛求言，制造舆论，通过各种举措，纠正辅臣的种种失误与施政弊端，这使朝中人心振奋，玄烨威望日增，鳌拜逐渐孤立。与之同时，玄烨在身边聚集起一批年轻的满族贵族成员，索额图即是其中的突出代表。索额图为索尼之子，孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族与清皇室的关系，也加强了正黄旗对皇室的向心力，并影响到镶黄旗。索额图对玄烨十分忠诚，在清除鳌拜集团的过程中，成为玄烨得力的助手。
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清除鳌拜党羽，排除了威胁皇权的潜在危险，踢开清朝向前发展的绊脚石后，玄烨真正掌握了清朝大权。他在“首崇满洲”的原则下，着力改善满汉关系，崇儒重道，发挥汉族官员积极性，发展生产，恢复经济。短短几年内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也有起色，为其后平定三藩之乱，打下重要基础。
铲除鳌拜党羽这场惊心动魄的政治较量，是玄烨君临天下后，祖母对他的一次关键性指导与帮助。当时，玄烨年仅16岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教，他很难在亲政后第三年，便一举铲除这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。显然，鳌拜集团存在时间愈长，对清朝的危害愈大，势必积重难返;如果玄烨的治国方针受到阻挠，三藩之乱将更加旷日持久，康乾盛世的出现也会大大推迟了。