贞观十七年，唐太宗李世民为纪念当初打天下的功臣所以命令阎立本描绘了唐初二十四功臣的画像悬挂于凌烟阁，这就是历史上著名的“凌烟阁二十四功臣”。
虽然很多人总说凌烟阁排名不分先后，但是明眼人都知道长孙无忌在唐太宗心中的位置，所以凌烟阁功臣之表明了这些功臣对于李世民的重要性。
然而我们现在也有一个疑问，那就是秦琼为什么在凌烟阁之中排名这么靠？在当时唐军阵营之中有两员猛将，一个是尉迟恭，一个就是秦琼，而且此二人不是像《隋唐演义》之中很水，在当时堪称罕有敌手，尤其是秦琼经常身先士卒，也由此名声大噪，后来遇到了秦王李世民，从此成为李世民的部下。
然而同为猛将，尉迟恭的排名可比秦琼靠前多了，有人说是因为当时秦琼未参加“玄武门之变”，他在玄武门之变之中保持了中立所以才有此等待遇，此种说法其实没有可信度，为什么呢？
因为当时李靖也没有参加玄武门之变，可是他却排名第七，而当时参加玄武门之变的还有张士贵以及宇文士及，可是此二人却未在凌烟阁功臣之列。
而且《旧唐书》之中也说明了，秦琼是有参与玄武门之变的，只不过和尉迟恭杀太子和李元吉不同的是，秦琼担负着保卫秦王府的重任，因而才让人以为他未参与玄武门之变。
所以说秦琼因为没有参与“玄武门之变”而名列最后一名明显是站不住脚的，那这样说来魏征应该是最后一名了，因为他当初可是太子李建成的人。那么既然如此，秦琼究竟是何原因而排名这么低呢？
“凌烟阁功臣”之中秦琼功劳并不大
虽然很多人认为凌烟阁功臣有很大水分，可是他既然是功臣榜，自然是以功劳基数制定的一个榜单，在这些榜单里面我们可以对比一下秦琼和其他人的功劳：
凌烟阁功臣第一名是长孙无忌，这个人就不用说了，身份摆在那，可以说玄武门之变是由他和李世民一手策划的；排名第二的李孝恭也是实至名归，他虽然有李靖从旁协助，可是他平定南方的功绩是摆在那的，否则李世民为何对他这个堂兄如此忌惮？
接下去的房玄龄杜如晦也不用说了，唐太宗李世民身边的重要谋士，魏征虽然一开始不是李世民的人，可是当初在李建成旁边也是出力不少，而和秦琼齐名的尉迟恭在“玄武门之变”之中更是替李世民充当了杀手。
总之这些人一个个都是战功或者政绩彪炳的，而秦琼呢属于名声在外，可是一开始他先后效力隋朝之后效力李密在之后加入王世充，最后得到李世民的招揽才加入李世民麾下，所以根本来不及立更多的战功。
而且秦琼在历史上更多的还是以将军的身份领兵作战，比如冲锋陷阵这方面可能是秦琼所长，然而和李靖这种帅才比起来可谓逊色不少，毕竟一个是卖武力，一个是要统筹全局。
所以秦琼的功劳和上述这些人比起来实在是逊色不少，秦琼和李靖的区别就如同李广和卫青的差距。
过晚加入，过早隐退
其次那就是秦琼谢幕时间实在是太早了，其实从时间上来说，秦琼加入李渊集团的时间已经属于较晚了。
凌烟阁功臣之中长孙无忌、长孙绍德、高士廉、柴绍、李孝恭等等这些人都是从一开始就是李渊集团的心腹，而李渊也正是靠着这些人才有了起家的资本，因为他们的背后是强大的关陇集团；刘弘基、殷开山、刘政会、唐俭、段志玄、侯君集等人虽然不是出自关陇集团，可是他们是李渊的老部下，早在李渊起兵以前就已经跟着他了，可以说对他李家也是忠心耿耿。
而这一批人已经占了凌烟阁功臣的一大半，而剩下的大部分人才是从隋末军阀之中投奔李渊而来的。
而这其中秦琼就在于他投奔李渊之时已经接近于隋末农民战争的最后阶段了，当时各地割据势力仅有窦建德、王世充、刘武周以及南方辅公拓等少数势力尚未平定。
而秦琼由于王世充此人心胸狭窄，故而投奔到了李世民等人这边。
然而就如同上文讲的，秦琼在李世民帐下更多的是以大将身份参战，若论冲锋陷阵当以秦琼居首，每次大战秦琼总是身先士卒，可以说是攻无不克战无不胜，然而和运筹帷幄的李靖李世民等人相比较还是有点差距的。
也正是因为秦琼在战场上过于拼命，导致最后落下了一身的伤，所以在玄武门之变后不得不谢幕，而和他一起投奔李唐的程知节以及李勣等人还活跃在战场上，而秦琼过早谢幕功劳自然没法和这些人相比较。