没想到这样的结果，让吴之荣更是怒火攻心，一气之下拿着初版告到了北京，这下子事情闹大了。刑部立马立案追究，掀起了文字狱，可当时的庄廷珑已经去世，与这本书有关的所有人的都被诛了九族。
原来的礼部侍郎李令哲就为这本书作序，没想到他自己遭殃，还株连了4个儿子，当时的主审官实在是可怜这家人，于是看见他的小儿子才年满16岁，被让他在口供中说小一岁，这样就可以不用处死只需要充军便可，没想到这个小儿子偏偏还是个好汉他说到“父兄俱死，不忍独生”！到最后也没有改口供，一家人就这么死了，在明史案中，一共牵连了70余人，这些人大多数都被处死，极少数人被发配充军。
明史案在整个清朝历史中有着非常大的影响，明史案爆发以后，清朝的文字狱达到了一个空前的鼎盛时期，在康熙到乾隆年间，规模较大，影响较深的文字与类似于明史案这种的就发生了10多起，有数万人在文字狱中遇难，无数的清朝学者知名鸿儒，都受到了不同程度的牵连，有的被诛灭九族，有的被发配冲军举朝上下，人心惶惶，一直到清朝灭亡，文字狱的身影都依旧存在。
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