徐元文，字公肃，江西昆山人。他少时沉潜好学，与兄长徐乾学、弟弟徐秉义在当时的朝野上下很有声望，被称为“三徐”。
徐元文家学很好，舅舅是大儒顾炎武。他中进士后，皇帝亲自在乾清门召见他，还启奏皇太后说：“今岁得一佳状元。”被赐予冠带、蟒服，授翰林院修撰。接下来补国史院修撰，累迁至国子监祭酒，充经筵讲官。“闲雅方重，音吐宏畅，进讲辄称旨”。当时大学士熊赐履在讲筵，重点讲述孔、孟、程、朱之道，皇帝想博览前代得失之由，命词臣以通鉴与四书参讲。徐元文就取朱子纲目，“择其事之系主德、裨治道者，采取先儒之说，参以臆断，演绎发挥，按期进讲。”他在做祭酒时，规条严肃。对满洲子弟 管教很严，周围的人都很佩服他。
在学术上，徐元文历任《孝经衍义》、《政治训典》、《方略》、《一统志》总裁。《明史》的纂修成书，是清朝官方史学的一件大事。对此，徐元文作出了重要的贡献。他在先后两次担任《明史》馆监修总裁期间，为《明史》的纂修成功起到了创始奠基的作用。他曾举荐李清、黄宗羲、曹溶、汪懋麟、黄虞稷、姜宸英、万言等入史馆，不至者，录所著书以上。
徐元文的兄长徐乾学，性格豪放，颇招嫉恨。而徐元文谨礼法，门庭肃然。但兄弟二人都喜欢赏拔后进，好客散金，救人急难。在交游上， 朱彝尊是明末清初著名的文学家与学者，与当时的文学圈、学术圈有广泛的交游。徐元文与朱彝尊仅相差五岁，二人因解救顾炎武结缘，因诗文酬唱会友，又因纂修《明史》有了更进一步的交流与联系，建立了深厚的友谊。在明清易代的特殊历史时期，作为清廷汉官代表的徐元文与作为汉族士人代表的朱彝尊之交游具有重要意义。
徐元文为官很清廉，退休回乡时碰上官吏索贿，打开行李一看，只有图书数千卷，光禄寺给的路费三百两而已。
徐元文的诗写得很好，曾应兄长徐乾学之命而作的《斗酒诗》，以七绝组诗的形式评论了在长兄家中聚会时品尝的各类名酒，兼具文学与史学价值：它既还原了明清士人阶层“诗酒之会”的场景，又保留了为时人所钟爱的多达三十种酒的名目、产地、外观、口感、原料、酿法、口碑以及相关典故等形形色色的信息，称得上是一篇研究古代酒史的重要资料。徐元文还写过一组《秋日杂感》，其中一首充满民生关怀：“梦到阖阊城外望，一天寒色满平芜。街调献辔严秋马，树绕将雏子夜乌。白羽将军初建节，青苗长吏正催租。庙堂自轸艰难意，谁绘流民入画图。”
徐元文著有《含经堂集》若干卷和《得树园诗集》。
徐元文于五十八岁时去世。