本来周敦颐可以在一个幸福的家庭中成长，但造化弄人，年幼的他不得不学会一次又一次和至亲告别。周敦颐有一个大他十岁的同父异母的哥哥周砺，一个小他四岁的弟弟周敦贲，还有一个大他五岁的姐姐周季淳，孩子们之间关系非常好，经常在一起玩乐，但在天圣六年（1028），她的姐姐周季淳因病早逝，仅两个月后弟弟周墩贲也因病夭折。
家中突然走了两个人，大家都沉浸在悲伤中。可不久后的天圣八年（1030），周敦颐的父亲也因病去世了。一家之主走了，周敦颐的母亲无奈之下只得带着他长途跋涉两个多月去投奔他的舅舅，龙图阁学士郑向。孤儿寡母就这样安定下来，但好在郑向对自己的姐姐和侄子很好，且周敦颐聪慧仁孝，深受舅舅郑向喜爱，所以他们之间关系非常融洽，
郑向知道自己的侄子酷爱白莲，于是就在郑向就在自家宅前的湖边构亭植莲，周敦颐常在此处参经悟道。景祐三年（1036），郑向还将朝廷的恩荫的名额给了周敦颐，虽然只是朝廷将作监主簿这样的小官，但周敦颐也是真正走入了仕途。本来一切都很美好，但变故又一次猝不及防到来。
景祐四年（1037），舅舅郑向和母亲相继去世，周敦颐一下子就失去了两位至亲，在悲痛之中他暂离官场，在润州鹤林寺中开始为期三年的守孝，在这期间期间见过范仲淹。康定元年（1040），周敦颐二十四岁，三年守丧期满重回官场。几次受到家中人去世的打击，后来妻子陆氏也在嘉祐二年（1057）病故，留下一个一岁的孩子。但不知道是不是上天有意安排，他的仕途倒是十分顺利。
他在做分宁主簿时有件案子一直是悬而未决，但是他审讯之后真相立刻分明。在调任南安军司理参军遇见转运使王逵要处死一个法不当死的囚犯，王逵是有名的凶悍残酷，没人敢和他争辩，但周敦颐不在乎，据理力争。王逵怎么都不听，气的周敦颐痛斥："如此尚可仕乎！杀人以媚人，吾不为也。"说完竟然是要弃官而去。王逵此时幡然醒悟，按照律法处置了囚犯。
史书记载他在知南昌时，南昌人都夸他："是能辨分宁狱者，吾属得所诉矣。"当地的富翁豪绅、贪官污吏，甚至是横行霸道的富家少爷都很敬畏他，官员们在他治下都以贪污腐败为耻。在合州时，任何事没有经过他的批准，下面人都不敢随意处置，因为百姓知道这不是周敦颐的意思后不会服从。
周敦颐很有政治抱负，嘉祐五年（1060）六月，他遇见了王安石。这二人之间彼此仰慕已久，于是在一个晚上周敦颐应邀造访了王安石，二人坐而论道，互相交流自己的思想与观点。整整一夜，二人没有丝毫困倦，反而是越说越激动。直到周敦颐离开，王安石还仍在回味感慨，甚至一直思考忘记吃饭睡觉，这是一次对二人思想的巨大提升。
三年后嘉祐八年（1063）的五月，周敦颐应邀与一群文人墨客聚会玩乐，大家才情高涨，纷纷写诗作文。周敦颐厚积薄发，提笔而成，众人看后都甘拜下风。这篇文章就是《爱莲说》
周敦颐一生恪守着初心，坚守着自己如莲的品性始终如一。他一生潜心好学，晚年隐居，最终在熙宁六年（1073）六月七日，他病逝于庐山濂溪书堂，享年五十七岁。黄庭坚对他的评价十分贴切 "人品甚高，胸怀洒落，如光风霁月。廉于取名而锐于求志，薄于徼福而厚于得民，菲于奉身而燕及茕嫠，陋于希世而尚友千古。"
