顺治十一年（1654年），顺治按汤若望的请求，把靠近利玛窦墓地西部的一块地产赐予其作墓地。
顺治十四年，顺治御笔亲书“通微佳境”，制成匾额悬挂于宣武门的天主教堂。汤若望还把顺治御制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众达上万人。
顺治十七年，汤若望在赐地上修建了一座圣母堂，堂前树碑，以满汉两种文字记载这项殊荣，其名望在中国达到了古往今来所有传教士的顶峰。
顺治驾崩后，汤若望的地位每况愈下。文人杨光先作《摘谬论》和《辟邪论》，分别攻击西洋新法和基督教。他代表着儒士、回教徒等反西方传教士的一批人，认为汤若望别有用心地用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举，并以中国传统伦理观念为参照系，全面批驳基督教义，更激化了双方的矛盾。在朝廷的公开审理中，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑。由于孝庄太后的直接干预，汤若望才被释放，但钦天监的五名中国官员被处死。新历法被废除。
康熙五年（1666年），汤若望在失望和悲痛中去世。由于当年顺治赐下的墓地被没收，他只能被葬在别处。其他传教士被驱逐出境。
康熙八年，康熙消灭鳌拜、亲政三个月后，汤若望的尊号被恢复，并被重新安葬在归还的墓地。康熙又和祖母一起率领朝中大臣，亲临墓地，按照中国礼俗悼祭汤若望。之前被处死的五位钦天监官员也同时得到了平反。
康熙九年，新历法重新开始推行，也就是沿用至今的农历。
康熙中后期以后，清政府对传教活动控制越来越紧，最终进入全面禁教阶段。
汤若望依靠科学行事，而非主观臆断或顾忌政治因素，这一率直的做法不符合中国国情以及那些潜规则，得罪了支持旧历法的杨光先等一些守旧势力。在宗教上，由于基督教比较得宠，又受到了回教、佛教、儒教的嫉妒和打击。在政治上，他又是坚定的保皇派，所以又遭到了保守派和野心家多方打击。这个曲高和寡的洋人在中国独领风骚几十年，却在生命的最后几年中，领教了中国人的“厉害”。