六大派围攻光明顶，青翼蝠王出嘴给了峨眉派一个下马威，灭绝师太痛心疾首，跟弟子们科普明教历史。灭绝师太说道：“魔教历代教主，都以圣火令作为传代信物，可是到了第三十一代教主手中，天夺其魄，圣火令不知如何竟会失落，第三十二代、第三十三代两代教主有权无令，这教主便做得颇为勉强。”那么灭绝师太口中说的明教第三十一代教主到底是谁，他是怎么把传代信物圣火令弄丢的呢？
根据新垣平先生《剑桥倚天屠龙史》考证，明教第八代教主为方腊（1110-1121），第二十九代杜可用（1260-1280），第三十代钟明亮（1280-1291），第三十一代石元（1291-1298），第三十二代衣琇（1298-1311），第三十三代阳顶天（1311-1327），阳顶天死后教主之位由三十年的空位期（1327-1357），第三十四代张无忌（1357-1358），第三十五代杨逍（1358-1367），第三十六代教主应该是朱元璋，但是朱元璋没当，因为他当了明朝皇帝，把明教取缔了。
或许有人要问，为啥从方腊到杜可用短短一百四十年，却换了二十代教主。因为方腊被梁山泊剿灭后元气大伤，教徒们分崩离析加上内部争权，教主之位很不稳固，乱纷纷你方唱罢我登场，直到第二十九代教主杜可用时方才勉强稳住阵脚。
杜可用，江西都昌人。元世祖忽必烈至元十七年(1280)四月举起起义大旗，义军多达万余人。杜可用自封杜圣人，自称天轮变现天王，立年号万乘。以光明左使谭麟为副天王，都昌西山寺高僧明相为国师。仅仅蹦跶了八天，义军就被元江淮行省参知政事史弼镇压，杜可用被枭首示众。
杜可用死后，第三十代教主钟明亮于1287冬天招集了十万军队，在广东、江西和福建的交界处再次发动起义。钟明亮这次搞得更大，一是趁着忽必烈接连发动了对占城、日本、交趾等邻国的战争，二是西北、东北的蒙古贵族不断举兵反对忽必烈。忽必烈内外交困，加大了对江南民众的压榨力度，江南民众没有活路，纷纷举兵起义，海沙派陈良臣在广东率先起义，明教钟明亮紧随其后。
钟明亮在福建起义后，广东董贤举、江西丘元、谢主簿、刘六十、卢大老、福建泉州陈七师、兴化朱三十五等明教各分部也纷纷起义，互为声援。忽必烈赶紧从各地撤军，集结大批军队平叛，钟明亮采用流动作战的方法，出没无常，东击则西走，西击则东逸，使元军疲于奔命。他曾两次接受元廷招安，又两次重新举事。元军征剿数年，始终未能取胜。直到至元二十七年钟明亮病逝，起义方才渐趋失败。
钟明亮死后，硕果仅存的护教法王绿帽鼠王石元当了第三十一代教主。元军大举进攻，义军伤亡惨重，石元只好带领教众从江南往元朝势力薄弱的西域转移。就在艰难波折的迁移过程中，明教内部发生了分裂，一部分明教徒对明尊的信念发生了动摇，保管明教传代信物圣火令的光明右使贾德偷偷带着圣火令跑了。石元多次派人寻找，贾德渺无音讯。后来贾德把圣火令高价卖给一位波斯商人，这个波斯商人是明教波斯总教弟子，识货，买了之后赶紧回到波斯，于是圣火令落到了波斯总教手中。
石元丢掉圣火令之后气急攻心，很快死掉了。第三十二代教主衣琇临危受命，带领残存的明教徒来到昆仑山，重新建立了光明顶总坛，点燃了圣火。