要想知道秦末时期秦军主力的去向，就得从秦始皇时期开始说。
一、秦始皇南征百越
公元前221年，秦始皇统一六国，用兵最多是楚军，秦始皇灭亡楚国动用了60万大军，随后不久整个天下归于一统，这个时候的秦军再加上六国降军，兵力达到百万之多，面对这么多的军队，秦始皇并没有让军队解甲归田，而是继承征战四方、开疆拓土。
统一天下仅2年之后，秦始皇发动了南征百越的战争，南征百越的战争一共发生了三次，第一次是秦始皇派大将屠睢率领五十多万秦军，兵分五路南下攻击闽浙、岭南等地区，第一次南征百战的战争是秦军大败，连统帅屠睢也被杀，伤亡数十万秦军。
秦始皇与百万秦军
第二次南征百越是秦始皇再次征发了10万大军，与第一次幸存的20万大军汇合，以任嚣为主将、赵佗为副将再次南下攻打百越，这一次战争秦军全胜，占领大部分的百越之地，并在当时设置了象郡、南海郡与桂林郡三个郡。
第三次南征百越的战争主要是由赵佗发动的，秦国并没有增派军队，还是由第二次南征的秦军负责，三次南征百战的战争让秦军损失了30万人，另外的30万人则永远地驻守在百越之地，这里的百越之地是一个俗称，指的是今天的浙江、福建、广东、广西、海南以及越南的北部，除此之外，秦始皇还向百越之地大规模移民，人数达到20万人。
秦始皇征百越
南征百越之战持续了5年时间，直到公元前214年才结束，整个百越之战秦军动用兵力60万，这60万中有30万人阵亡，其余30万人则驻守在百越当地，防止当地人造反，并维持秦国的统治，这60万人从派到百越之后，一直到秦朝灭亡，都没有返回中原，所以如果秦朝当时有一百万军队的话，这里就损失了60万人，只剩下40万人。
二、秦始皇北击匈奴
秦始皇北击匈奴之战发生在公元前215年，秦始皇派大将蒙恬率领30万秦军主力，从上郡、黄河以南攻打匈奴，并且北渡黄河，一直把匈奴人赶到遥远的北方苦寒之地，由于当时的秦军没有条件大规模装备骑兵，而匈奴人都是骑兵，所以匈奴即使战败，秦军也追不上匈奴，只能把匈奴人赶走，然后为巩固北方边境，秦始皇下令蒙恬修建长城，以防御匈奴人的突然袭击。
从此之后，大将蒙恬率领的30万秦军就在秦朝最北边的地方戍边，镇守秦国的北部边疆，这30万人直到秦始皇去世，都在北部边境驻守，形成秦国的长城军团，也是秦军的主力边防军。
秦军主力
三、秦朝中央军团
除了百越军团和长城军团之外，秦军还有十万人左右的中央军，负责关中与秦都咸阳的安全，这十万人主要驻扎在关中各地，尤其是函谷关、大散关、武关、萧关等进出关中的四大险要关隘，这里是秦朝的核心地区，也是秦国的精锐所在，中央军团也可称为关中军团。
所以，60万百越军团+30万长城军团+10万关中军团构成了百万虎狼之师的秦军主力，秦军除了这三大军团之外，还有数量不多的郡县兵分布在秦朝的各个郡县，由于秦军实行的郡县制，最初是36个郡，后来增加到40多个郡，每个郡都有兵，但是数量不多，至少也有十多万人，但仅仅用于维持治安、缉拿盗贼的性质，算不上主力军，而且郡县兵除了关中郡县之外，都是原六国投降而来的兵力。
秦军箭阵
秦始皇去世后，胡亥、赵高、李斯经过沙丘政变，逼死了扶苏与蒙恬、蒙毅，胡亥即位为秦二世，一年后，陈胜吴广发动了大泽乡起义，从此以后，整个秦朝笼罩在星星之火的反秦起义之中，秦军在各地的郡县兵很快被消灭，秦朝开始调派主力兵团攻打起义军。
这一切是从陈胜部将周文攻进函谷关之后开始的，当时周文已经率领30万军队打进了关中，这个时候秦朝才如梦初醒，由章邯征发骊山囚徒再编入一定数量的关中军团，组成囚徒军团，章邯率领这20万囚徒军团首先打败了周文，并一直追击周文，直到杀死周文，然后章邯就率领这20万囚徒军团开始在整个黄河以南打击起义军，连势力最强的项梁也被战死，当时整个黄河以南，没有起义军能够对抗章邯郸的。
在章邯平定黄河以的起义军时，秦朝不断进行战争总动员，不断地从关中、巴蜀以及汉中征发子弟加入囚徒军团，尽管有战损，但在巨鹿之战时，章邯手下仍然有20万囚徒军团，主要由关中军团、征发的关中子弟、巴蜀和汉中人再加上骊山囚徒组成，这些人在巨鹿之战后投降了项羽，全部被坑杀。
秦军长戈阵
章邯北上后，刘邦率领了一支军队从彭城一直向西攻打，直到从武关进入关中并攻入秦朝都城，在这整个过程中，与刘邦交战的除了郡县兵，还有一定数量的秦朝中央军团，也就是关中军团，比如赵贲，几次与刘邦交战，都被击败，而10万关中军团很可能被秦朝分割使用，一部分拨付给了章邯，另一部分继续留在关中，等到刘邦西进时，才出关与刘邦激战，最终不是战败，就是投降了刘邦，十万关中军团中一部分被刘邦消灭，一部分被项羽坑杀。
而秦军驻守在北境的30万长城军团在主将蒙恬被杀后，由王离指挥，后来参与了平定反秦起义，但是经过十几年的驻守，秦长城军团很可能人数有所减少，再加上边境还得留人来守，所以王离参与巨鹿之战的长城军团有20万人，这20万人在巨鹿之战中被项羽和六国联军击败，大部分被杀，一部分投降，长城军团全军覆灭。