万历即位后，平反了一桩明王朝历史上最大的集体冤案，下诏为“靖难”中为建文帝尽忠而惨死的诸臣建庙祭祀，如徐达的长子徐辉祖、被诛杀十族的方孝孺以及卓敬、卢迥等人，并对他们的后裔给予抚恤。
终明一朝，总在不断地制造冤案然后平反，再制造冤案再平反循环。一般说来冤案平反的周期并不长，有些是制造冤案的皇帝自己“拨乱反正”，有的是先帝死后，新皇帝登基后，马上用平反来收拾人心，也就几十年左右。而建文朝诸忠烈被杀是十五世纪初，此时到万历平反，已是十六世纪末，将近两百年，时间也太长了点。
为什么经过这样长的时间才给他们平反?
大家都知道，明朝的帝系在明成祖朱棣那里拐了弯，发生变故，帝位从长房建文帝那里转移到第四房燕王朱棣那里。朱棣不起兵“靖难”夺了江山，他的后裔不可能当皇帝，万历也顶多是个饱食终日的藩王而已——明朝的历史一旦改写，有没有万历帝朱翊钧这个人存在还难说，万历帝当然要感谢自己祖宗起兵篡位。
朱棣当年以“靖难”、“清君侧”之类的名义造反，攻陷了南京城，建文帝化装成和尚远遁，朱棣谎称建文已经自焚致死，自己便坐了皇位。他如此做是想极力宣扬自己不是篡位，而是合理合法地继承皇位。这显然是在玩骗人的把戏，如果自己不想篡位，当时建文的儿子还在，为什么他不做辅佐成王的周公呢?而将人家儿子禁锢了半个多世纪。朱棣无论如何解释，也违反了明朝最重要的政治程序——帝位的嫡长继承制，用现在的话来说，是严重的违宪行为。所以刘伯温的儿子刘被朱棣抓获后，依然称朱棣为殿下而不是陛下，而且说：“殿下百世难逃一个篡字。”
因此对成祖朱棣来说，帝位继承的不合法是他一生最大的伤疤，谁揭这个伤疤将会得到最残酷的报复，由此也能说明他为什么要诛人家十族那样残忍。明末清初的张怡在《玉光剑气集》中说道：“文皇(朱棣谥号为“成祖文皇帝”)诛杀忠义，不遗余力，虽从来待帝国巨憝，未有若此者。”当时建文朝忠臣被杀后，儿孙或被杀或充军，妻女被发配到教坊司(主管特殊行业的机构)当妓女。张怡举例说，茅大芳的妻子在教坊司被凌辱致死后，朱棣御笔批示：“着锦衣卫分付上元县，抬去门外，着狗吃了。”黄子澄的四位女亲属，被二十几个汉子轮奸，怀了身孕，生了男孩令作妓院的小龟奴，生了女孩，朱棣亲批：“由他不得，长到大，便是一个淫贱材儿。”——这哪是文皇帝的作派，分明是厉皇帝、炀皇帝的作派。
如张怡所说，朱棣对这些忠臣比对敌国的大奸大恶还要狠毒，这也不是没有缘由的。和敌国战争，俘虏敌国君臣，这是大多数人都能接受甚至加以赞扬的壮举，当然可以对俘虏宽厚以示仁义。王朝更替也很好解释，就如朱元璋推翻元朝，可以说自己是天命所归，因为元政紊乱，元朝统治者贪婪残暴是事实，起义兵解万民于倒悬，是替天行道，所以没必要对俘虏那么凶狠。而自己闹家务事，叔叔篡了侄子的位，不能说天命已移，也不能说替天行道。只能说侄子被奸臣们蛊惑、左右做出傻事，起兵是为了保卫祖宗留下的社稷江山。
那么，要证明“造反有理”，自己不是篡位，要把罪过推到建文帝的臣子身上，是他们离间皇室骨肉，是他们搬弄是非，因此必须严酷镇压。
朱棣的篡位和对建文朝忠臣的残害，是留给他后代子孙最大的历史包袱。他的儿子、孙子、曾孙即位，都不能也不敢怀疑自己祖先对这一重大历史问题所作出的定性，否则的话就说明自己屁股下的龙椅来路不正，简而言之，当年造反有理不容怀疑。尽管包括皇帝在内心里都明白，那些被成祖残酷迫害的建文旧臣都是忠义之士。在最推崇道德礼法的大明朝，一群道义上最值得人尊重的士人，其冤屈却没人敢为其鸣冤。——因为这不是简单的刑事案件平反，亦非一般的政治案件翻案，而是直接动摇皇权合法性来源的根本性事件，包括皇帝在内没谁敢轻易作主。
但血迹总在时光中一点点被冲淡，对当时朱棣当皇帝的合法性质疑也一点点在冲淡，因此朝廷对建文君臣的看法悄悄地发生改变。先是英宗复辟后，想到自己被弟弟景帝囚禁的滋味，将心比心，释放了建文帝的儿子建庶人，由于长期与世隔绝，这位龙子凤孙分不清猪牛。但这只是人道主义关怀，对“靖难”的政治定性，都得小心翼翼回避，不能涉及。可是，有一个尴尬的现实是，方孝孺的人仍这样然蒙冤，似乎在向整天喊忠孝的文臣们昭示一个简单的道理：向胜利者低头，不要对失败者愚忠，造反只要成功就有天然的合法性。——这个结对朱棣以后的每个皇帝来说，解不开就有后遗症。比如武宗正德皇帝荒唐异常，不把祖宗江山当回事，野心勃勃的宁王朱宸濠在南昌造反，理由和当年朱棣相同，真是有样学样。如果不是王阳明及时剿灭，宁王真的坐了江山，谁敢说他是篡位呢?
到了万历帝时，距朱棣篡位已经近两百年了，皇帝这把龙椅，当年是骗来的，是抢来的还是合法继承来的，已经不重要了，时间让不合法变成了合法。这有点像一个人占有某份本不属于自己的财产，长期无人提出异议，最后相关民事法律认可他对该财产的所有权。帝国已进入暮年，当政者最大的希望是利益格局稳定下去不被人打破。此时，就得大力提倡方孝孺对建文帝的赤胆忠心，也需要一再强调曾被自己祖先朱棣破坏的程序法。也就是说，当年自己的老祖宗造反有理，现在造反有罪。如此，为方孝孺等建文朝忠臣平反并修纪念碑，既是一种政治需要，而且时机也成熟，对政局不会有负面影响。
万历帝本人对建文帝非常感兴趣，他登基后多次问张居正建文帝最终下落，是不是真的去当和尚了。而且让张居正将一首传为建文所写的七律抄录进呈。诗中说道：“沦落江湖数十秋，归来白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。”万历和建文性格有些相似，优柔寡断而文才出众，这大约也是为建文忠臣平反的一个原因，但不是主要原因，主要原因是政治需要。而恢复被朱棣削夺的建文年号，追谥建文为惠宗，也就是说恢复历史的本来面目，承认建文是合法的皇帝，彻底了解这一历史公案，则推迟到崇祯年间，离明亡没几年了。