诸葛亮的神机妙算在野史上那是非常有名的，据说明朝初年的刘伯温也是神机妙算，而且刘伯温也是心高气傲，对诸葛亮很是不服气，于是就带人去挖诸葛亮的坟，待到掘地三尺之时，发现线装之孔明神算一本。刘伯温翻开一看，上写赫然写着：”学生伯温，我知后世有你，你可知前世之为师孔明“。
当然，上面只是野史传闻而已，但也充分说明了诸葛亮的神机妙算；关于诸葛亮神机妙算的才能，主要体现在小说《三国演义》中，诸葛亮刚出山辅佐刘备时，就算出不久之后必有大变，乃是刘备的崛起之机，果不其然，不到一年的时间，曹操率兵南下伐荆州，而荆州牧刘表此时却恰巧病逝，曹操就这么白白得了荆州。
在曹操得了荆州之后，志得意满之下，欲趁势直接灭了东吴，完成一统天下的大业；就此，赤壁之战就此展开，而刘备也正是靠着赤壁之战，夺取了荆州，有了自己的根据地。而且诸葛亮还料到周瑜想要加害自己而预先让赵云驾小船来接应，回刘备营中后调遣关羽张飞赵云对曹操进行追击，策划出关羽华容道的典故。
而以上只不过是关于诸葛亮神机妙算的一个典型例子而已，在书中关于诸葛亮神机妙算的描写数不胜数，也难怪周树人在读了《三国演义》后会说“刘备之德近乎伪，孔明之智近乎妖”；但其实，诸葛亮虽然被称为神机妙算，但其实，至少有三件大事诸葛亮没有算到，而且这三件大事都很致命，以至于“克复中原”的梦想成空；现在来看看是哪三件大事吧。
第一件：关羽丢荆州
关羽丢荆州是诸葛亮万万没想到的，或者说是有感觉不妥，但终究还是让关羽独自镇守了荆州；如果他早知道关羽会不顾荆州而北伐曹魏的话，那他肯定会死谏刘备，不让关羽独自镇守荆州。但诸葛亮失算了，在刘备与曹操争夺汉中时，荆州北面也不太平，关羽独守荆州久矣，难耐寂寞，于是挥兵北上。
起初关羽的进展还极为顺利，水淹七军斩庞德擒于禁，救援樊城的魏军全军覆没，曹仁驻守的樊城也岌岌可危。加上许都以南的诸多山贼纷纷遥受关羽印号，为关羽的支党，甚至连曹魏的荆州刺史胡修、南乡太守傅方也投靠了关羽，关羽的声势一度威震华夏。刘备和诸葛亮见事情顺利，也就没让关羽撤军了。
但没过多久，形势就急转直下，东吴的吕蒙率军偷袭荆州，打了关羽一个措手不及；在刘备和诸葛亮还没反应过来的时候，荆州就已经被东吴占了去了，而且就连关羽也被斩杀了，损失不可谓不大。丢失荆州的影响到底有多大，估计知道“隆中对”的人都应该知道吧，也难怪刘备知道后，不惜一切也要伐吴，也就导致刘备兵败夷陵，并死于白帝城。
第二件：马谡失街亭
马家在襄阳很有名，马谡一共兄弟五人，他在兄弟中排行最小。马谡兄弟都有才华和名气，并称为“马氏五常”。马谡最初以荆州从事的身份跟随刘备进入蜀地，先后任绵竹县令、成都县令和越嶲太守。马谡才气器量超过常人，喜好议论军事谋略，丞相诸葛亮对他深为器重。
刘备临终之时对诸葛亮说：“马谡言语浮夸，超过实际才能，不可委任大事，您要对他多加考察。”诸葛亮还认为不是这样，让马谡担任参军，时常接见一起谈论军事谋略，从白天直到黑夜。后在诸葛亮平南中的时候，马谡还给诸葛亮说“用兵作战的原则，以攻心为上，攻城为下；以心理战为上，以短兵相接为下”，诸葛亮觉得很不错，便采纳了马谡的建议。
后在诸葛亮第一次北伐曹魏的时候，以马谡为中参军。诸葛亮出军祁山，马谡自告为先锋往守街亭，但不从副将王平之言，犯了兵家大忌，导致军败。马谡曾下军令状，诸葛亮将他斩首以正军法；诸葛亮是真的很器重马谡，而马谡的确还算是有才，如果好好雕琢，将来的确能成为一位人才，可惜，就这么死了，也算是诸葛亮失算了吧。
第三件：上方谷之战失利
话说在诸葛亮第六次出祁山，由于东吴此时也从东南进军魏国的合肥等地，司马懿经过和诸葛亮的数次交锋深知他的厉害而且魏主也下旨命司马懿坚守不战。于是两军便在渭南相持很久，由于蜀军远道而来不可久战。于是诸葛亮想用计策把司马懿引入上方谷，然后用事先准备好的易燃物质把司马懿人马活烧在上方谷。
待魏延把司马懿等人引入上方谷，上方谷便被蜀军准备的易燃物质燃得火光冲天，眼看司马懿等人将葬身火海，谁料此时不期大雨却从天而降，将大火扑灭。司马懿等人也就侥幸的逃脱了。在上方谷上的诸葛亮看到此情此景不由的深叹：“谋事在人，成事在天，不可强也！”
这三次失算，对诸葛亮的打击都极大，第一次失算丢了荆州，以至于“隆中对”的计划成空；第二次失算丢了街亭，以至于原本形势一片大好的北伐，结果却不得不撤军；第三次失算是对诸葛亮打击最大的，因为他觉得“上天助曹不助汉”，以至于一病不起，最终病逝于五丈原，也是让人唏嘘不已。