谢安执政十多年，逐步将朝廷政务还归皇帝，使得司马曜成为东晋皇帝中能掌控政权的数人之一。实际上从东晋立国开始，能掌控政权的皇帝是屈指可数的。晋元帝司马睿在琅琊王氏的主导下执政，手中权力大部分在王导和王敦手里。后来的皇帝中，除了短暂的晋明帝司马绍，其他的都是傀儡皇帝。这些傀儡皇帝的权力要么掌控在权臣手中，要么是皇太后和权臣配合执政，皇帝都是摆设。司马曜能掌控东晋政权，完全是因为谢安的扶持和主动放权。有了谢安的扶持，司马皇族也逐渐恢复实力，司马曜便让弟弟司马道子进入了朝廷中枢。
因此谢安执政时期，司马皇族在朝中权力是最大的时候，超过了桓温和司马昱共同执政的时期。在淝水之战前，全国上下一心对抗苻坚的百万大军，司马氏与门阀士族共同进退，自然全力支持谢安。可淝水之战后，谢安掀起北伐高潮，谢玄在北伐中势如破竹，这便引起了司马皇族的警惕。他们担心谢安会借助北伐的势头再次收回权力，让谢玄成为自己的继承人。如此一来，陈郡谢氏就是第二个谯国桓氏，这将威胁到刚刚掌握皇权的司马曜。于是在司马道子等皇族成员的劝说下，司马曜开始利用皇权拖谢安的后腿。
当时谢安一方面集中精力进行北伐战争，力图让谢玄完成收复旧国的任务，另一方面又要平衡门阀士族的势力，防止桓氏、王氏等士族使得朝廷陷入内斗，于是对司马曜的权力就没有限制和掌控。而司马曜就利用这个权力空白期，在朝中安排司马道子分摊谢安权力，掣肘谢安主持的北伐大计。面对司马曜的猜忌，司马道子等人的构陷，谢安不得不放弃宰相的权力，自请北征出居广陵。谢安去世后，司马道子顺理成章的成为扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事，掌控朝中大权。缺少谢安的支持，谢玄的北伐也打不下去了，只能半途而废。
由于受到以司马道子为首的朝廷重臣的排挤，谢玄不得不放弃兵权，退就会稽内史，一年后郁郁而终。谢玄的退出也标志着陈郡谢氏彻底退出东晋朝堂，而北伐打下来的成果也被司马道子等人瓜分。然而司马曜的这些操作并非是要恢复旧国，也不是要让东晋强盛，只是为了争夺皇权。他收回皇权后并没有励精图治，而是沉迷于虚假繁荣之中，最后甚至窝囊的被自己的嫔妃所杀。而司马道子等人跟司马曜是一个德性，除了内斗啥也不会，最终只能把北方领土丢给少数民族的割据政权，白白浪费了谢玄和北府兵将士的心血。
