一名马耳他医生进入了机舱。
两名受伤的空姐被抬出飞机，两人都幸免于难（但其中一人在几年后的飞机失事中丧生）。身负重伤的埃及安保员也被抬下飞机，他幸存了下来。另有两名受伤的乘客也经允许被抬走了。
（图/Facebook）
随后，劫机者拿起乘客的护照，点了7名菲律宾女舞蹈家和2名埃及妇女的名字，高声说，“我们是朋友，你们自由了，下飞机吧!”
其中一位埃及妇女正在度蜜月。她恳求劫机者释放她丈夫，但没得到同意，后来这位丈夫在后续展开的营救行动中死亡。
晚上11点半后，劫机者开始不断威胁和警告当局，除非满足给飞机加油和提供食物的要求，否则他们将每15分钟杀死一名乘客。
挤在机场航站楼的记者们一遍遍地听着劫机者的“训话”广播。
01:00－02:20 夜半机舱口的杀人游戏，15分钟一个人！
时间跨过零点。接近11月24日的凌晨一点时，劫机者又开始拿起护照点名。可惜这次不是“放生”。
他首先用扩音器点了一名24岁以色列姑娘的名字，阿尔齐。姑娘一阵心喜，以为自由就在眼前。可她的脚刚踏上客舱门口的扶梯时，劫机者就朝着她的后脑勺开了一枪。
不过子弹只擦伤了阿尔齐的脸颊右侧和耳垂，她在舷梯上踉踉跄跄地勉强走了几步，躺在了地上。过度惊吓让她昏迷了一会，直到15分钟后听到飞机内再次传来枪响。
她的旅伴，另一位23岁以色列姑娘门德尔森的尸体被扔了出来。
当门德尔森听到劫机者叫她名字的时候，她害怕得蹲在座位上，不敢出来。一名机组人员在劫机者的命令下试图把门德尔森拖出来，但她的手指紧紧地扣在座位布罩上。
劫机者走过来，撬开她的手指，粗暴地把她拖出来，“救救我！放了我！”门德尔森绝望地尖叫，被拖行时，指甲在地毯上划出长长的印子。
门德尔森站在敞开的舱门前，后脑勺中了一枪。后来在救治时脑死亡去世。
万幸的是，阿尔齐后来没死，她一动不动地在雨中待了很久。后来阿尔齐忍不住动了一下，劫机者发现后立马给她补了一枪，但只擦伤了她的大腿。
（图说：留在飞机上的文件。图/Times Malta）
在门德尔森被叫出来之前，马耳他总理邦尼奇仍拒绝为飞机加油。他当时以为已经有好几名无辜乘客被杀害了，因为机长在无线电广播中夸大了被杀人数，以迫使邦尼奇屈服劫机者的要求。
此时的劫机者以为杀了两个以色列人，得意极了，举着手枪，挥舞着手榴弹，哼着小曲跳舞，好像在玩一场杀人游戏。
客舱内的女人们看了他那副杀人不眨眼的样子，双手掩面，不忍目睹。男人们满脸愤怒，却敢怒不敢言。
（图说：事后在机舱上找到的武器。图/Times Malta）
几分钟过去后，劫机者又翻了翻护照，点了三个美国人的名字。来自华盛顿白鲑鱼市的28岁生物学家贝克，刚结束在中东的休假，正准备返回美国。他头发蓬乱，镇定地走到客舱门口。
劫机者一举手对着贝克的脑袋开了一枪。就在枪响那一瞬间，贝克就势倒在地上，一动不动。虽看起来血流满面，但子弹只擦破了他的头皮。被人扔出舱外后，贝克趁机爬起来，撒腿就往塔台的方向跑，机智地捡回了一条命。
38岁的罗根坎普没有贝克这么幸运，劫机者将她一枪打死后，命令机务人员把她扔出舱门。罗根坎普来自加州，是二战老兵的女儿，生前是空军文职雇员。
30岁的弗拉格是第三个被叫到名字的美国人。劫机者命令身边的一个男乘客脱下领带，将弗拉格的双手反捆到背后。
弗拉格被按跪在地上，后脑中了一枪，子弹留在了头骨里。弗拉格被人扔到舱外时，双手仍被反捆着，脸先着地，鼻子被严重擦伤。事后她被奇迹般地救活了。
（图说：弗拉格根据劫机经历写的书《睡觉前还有许多路要赶》，书名取自美国著名诗人弗罗斯特的《雪夜林边驻马》）
此时已是11月24日凌晨2点20分。
劫机者通过无线电向塔台咆哮：“我们已经杀了5个人了！一个半小时内再不给加油，我们还要杀人!”
10：03埃及突击队抵达卢加机场
马耳他作为事发国顿时面临着多重压力。一方面美国、英国、法国、希腊、埃及、以色列等国家都表示可以派出特种部队参与救援；另一方面作为中立国的马耳他又不愿与北约国家有太多瓜葛，但自身救援能力有限，需要详细斟酌请谁来帮忙。
大国裹挟下，救援方案迟迟未定。当务之急是拖住劫机者，避免更大的伤亡。
埃及总统穆巴拉克此时的心情更为复杂。前不久意大利游船“阿基利-劳罗”号被劫，停驻叙利亚塔尔图斯港，经过两天谈判后达成妥协，由埃航客机搭载恐怖分子飞往突尼斯。但客机在半途却遭到美国战机的拦截，最后不得不降落在意大利西西里岛。
游船事件让埃及颜面尽失，而这次劫机对象直接就是埃航客机。
穆巴拉克忍无可忍，在90分钟的紧急会议后亲自拍板决定对客机进行突袭，他决心不惜任何代价严惩这帮恐怖分子。他命令埃及突击队司令卡阿蒂亚少将全面负责实施突袭计划，并指示将埃及的这一决定通告美国。埃及的这一决定很快得到美国的大力支持，也得到了马耳他的同意。
11月24日早上6点50分，两架C-130运输机搭载25名埃及突击队员和3名美国反恐专家从埃及起飞。同时，美国在地中海紧急部署航母和军机护航，以防不测。
