崇祯十五年夏秋，起义军已基本在占领的各个府县设置地方政权，急需大批文化人充当行政官员。当年年底，李自成“始议开科河北(指河南黄河以北地区)”，“一、二等者，送吏政府选官”。但这时的开科取士带有强迫性质，士子没有拒绝参加科举的自由。崇祯十六年正月，湖北德安府“遍拘诸生”参加考试，就有“宁投水不赴者”;在河南汝宁县，“伪官金有章下令考试茂才授职，规避者，处以极刑”;在陕西，应试者若“不应，则逼而致之”。河南人李模回忆他参加农民军的科举说：“……先期榜示曰：‘有不预试者，屠其家。’不得已皆出。试之日，有激愤为文大骂者，有感伤为文痛哭者，有畏祸勉应故不成章者，自成怒曰：‘我剪尔辈如刈草，但我方施仁义，且杀之不武，只杀其骂与哭者，其故不成章者皆裁去耳鼻，俟一统开科禁锢终身。’”李模大概属于“故不成章者”，结果“鼻耳皆裁去”。
除了开科取士，李自成虽也依靠牛金星等人陆续招募一些明朝进士，担任中央机构的官职，但也只是让这些归顺的进士担任具体的行政职务，未曾任用他们充当谋士顾问，说明他对高层次的知识分子还是心存疑忌。即使崇祯十七年攻占北京后，李自成也只录用四品以下的明朝降官，“三品以上独用故侍郎侯恂”，那是因为侯恂被崇祯关进了监狱，以为他必定恨透明王朝，可为农民军所用。不仅如此，李自成还规定，所有大顺政权的文官一概受武将即起义农民将领的节制。就是这些被任用的明朝降官中，李自成也从未认真征询过他们对天下大势及治国治军的意见。其实，这三千名降官中，不乏对全国形势有清醒认识并具治国治军才干者，其中有的后来降清，就被清廷擢任六部尚书甚至大学士，为清廷剿灭农民军和南明的抗清武装、确立统治地位立下了汗马功劳。
从被政治化、被意识形态化的程度而言，由古到今的中国知识分子，从来就不是一个独立的群体。他们隶属或依附于哪个政权或势力，便用所掌握的文化知识来为哪个政权或势力服务。如果李自成能吸取历史的经验教训，在站稳脚根之后，像刘邦、朱元璋那样礼贤下士，广泛网罗知识分子，特别是吸纳具有真知灼见，能准确判断全国形势并提出相应对策的高层次知识分子，在制定重大战略方针和政策措施时注意倾听他们的意见，是可以少犯或不犯错误，使大顺政权的统治稳定下来，阻遏、击败清王朝的进攻，进而统一全国的。
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