谈及明末农民战争，人们感慨李自成推翻明朝腐朽统治历史功绩的同时，也感慨其溃败之迅速。细究起来，李自成败亡的原因固然很多，但知识分子政策的失误，不能不说是其中一个重要因素。
说到李自成知识分子政策的失误，不妨先从他任用的谋士顾问谈起。
李自成生于陕西米脂一个贫苦农民家庭。崇祯三年(1630年)，他带领本村一批饥民投奔起义。不过，直到崇祯十三年攻入河南之前，他始终不曾吸收一名儒士，遇到重大问题，只能同身边的起义将领商议解决。
崇祯十三年秋，李自成率少数人马，从被官军围困的商洛山杀出，攻入河南淅川、内乡一带，从五十骑迅速发展至数万人，于翌年正月占领了洛阳重镇。随着起义势力的复兴，牛金星等几个失意知识分子前来投奔，李自成随即任命他们充当谋士顾问。他们对农民军军纪的整顿、人才的招聘和政权的建设等提出了许多有益的建议，特别是帮助李自成制订“均田免粮”的口号和“五年不征”、“不当差，不纳粮”、“平买平卖”的政策。正如郑廉的《豫变纪略》所指出：“彼其在商洛坐困时，几颠踣不振，死在呼吸间，无复有海阔天空之望。由宁南一线而纵之壑，出于柙矣。及得牛金星而用之，则鱼冲骇浪，雅闪残阳，两凶相济，搏其翼而拚以飞，其势遂不可复禁。”
不过，李自成起用的这些知识分子，大都是些下层的失意文人。如牛金星，天启七年举人，“通天官风角诸书，亦颇讲孙吴兵法”，曾做过塾师。因儿媳之死，与姻翁王士俊反目兴讼，被官绅合谋诬陷，逮进大牢，革去功名。河南人宋献策，连个秀才都不是，但粗通文墨，“精于六壬奇门遁法及图谶诸数学”。崇祯十四年，经牛金星引荐加入起义队伍后，向李自成献上“十八子主神器”的谶语。还有一位流传很广的所谓李自成的“谋主”——河南杞县的李岩，自清代以来就有不少人考证其为“乌有先生”，就算实有其人，也不过是个举人。后来，随着起义势力的不断壮大，李自成还任用了其他谋士，但层次都不高。这些下层知识分子，长期生活在乡野或江湖之间，不仅缺乏带兵打仗、从政治国的经验，而且视野狭隘，不能准确把握全国形势及其走向。他们的出谋划策，也就不免出现这样那样的偏差与失误，从而埋下日后败亡的祸根。
首先，是“均田免粮”口号和“不当差，不纳粮”、“五年不征”的政策问题。在当时，平均主义口号和政策的发布，毋庸置疑会赢得广大农民的热烈拥护，“从自成者日众”，短短一年时间，李自成的队伍就发展为百万大军。但绝对平均主义在现实中是不可能真正实现的。赋税是国家机器存在的基础，在农业社会，不征赋、不派役，百万起义大军就没有粮饷，大顺政权的机器就无法运转。没收官府库存和明宗室的大量财物，只能救一时之急，无法解长期之需。农民军虽曾实行屯田，也曾颁布一个征粮的办法，但并没有普遍推行于所有占领区，也没有长期坚持下去。所以，收入不足以支付庞大的支出。因此，攻占西安之后，大顺政权就采取追赃助饷的办法，严刑拷打迫使官绅交出财产，以充军费。在关中的渭南，乡绅南氏曾被责“饷百六十”;在河南，大顺政权的官员“下车即追比助饷。凡有身家，莫不破碎，衣冠之族，骚然不得安生。甚则具五刑，而死者比比也”。这种做法，不仅造成社会混乱，人心动荡，更严重的是将明朝的官绅乃至士大夫推向绝路，坚决站到明王朝一边，与大顺政权顽抗到底。攻占北京后，大顺政权不仅没有进行政策调整，反而将追赃助饷推向高潮，“其输饷之数，中堂十万，部院、京堂、锦衣七万，或五万、三万，科道、吏部五万、三万，翰林三万、二万、一万，部属而下，则各以千计矣。勋戚之家无定数，人财两尽而后已”，此举更使明朝大批官绅士大夫倒向清王朝或南明的弘光朝廷。吴三桂之所以在投降大顺政权后又叛清，重要原因就在于其父吴襄在北京城破后被逮捕“索饷二十万”，加上怒闻其爱妾被李自成部将刘宗敏掠去。
其次，是对当时全国形势及其走向的认识和把握问题。明末农民大起义爆发后，在中国辽阔的大地上，存在着农民军及其建立的政权(包括大顺政权和大西政权)、明王朝和清王朝三股势力的角逐。不论是明王朝镇压了农民起义军还是起义军推翻明王朝，获胜的一方最终还得与清王朝展开一场生死搏杀。而此时的李自成眼里，敌人只有明，而没有清，对形势缺乏准确的判断，未能预见到在推翻明王朝之后还将面临着与清王朝的决战。而李自成身边的那些谋士顾问，也缺乏统揽全局的眼光。进京之前，李自成拥有百万大军，却将大批主力部队分布在西北、湖广、河南、山西、畿辅等地，只带了大约8万(一说10万)部队进京。攻占北京后，对畿辅周围战略要地的防守、部署也欠妥当。京东山海关一带未派嫡系大将镇守，却寄希望于招降撤入关内的明辽东总兵吴三桂、辽东巡抚黎玉田和关门总兵高第。在辽东和关门的明朝官军受降后，李自成又只派几天前刚归顺的明总兵唐通率领原部8000人接管山海关防务，命吴三桂率部进京，根本没有预防清军入关、问鼎中原的准备，终致败亡。
李自成为什么要用低层次而不是高层次的知识分子充当谋士呢?这就触及到李自成的知识分子政策问题了。
李自成出生于贫苦农民家庭，从小没有受过教育，没什么文化，并不熟知前朝开国皇帝如刘邦、朱元璋等任用知识分子夺取天下的历史经验。加上在那个“学而优则仕”的时代，读书人一旦高中，到衙门里做官，就摆起架子，作威作福，欺压百姓，李自成对此不免心生厌恶。以至起义后很长一段时间里，他对知识分子采取一概拒斥的态度。崇祯十五年甚至还发生劓(削去鼻子)、刖(砍去双足)襄城诸生的事件。这种粗暴的做法，无异于为渊驱鱼，把知识分子都推向敌对营垒。此后，李自成三围开封，开封的士大夫都站到官军一边，同起义军对抗到底。二围开封期间，推官黄澍便在曹门竖起白旗，上书：“汴梁豪杰，愿从吾游者，立此旗下。”开封城里“郡王、乡绅、士民、商贾无不愿入社”，其中的“士民”就包括不少士大夫。