努尔哈赤死后，他的儿子皇太极即位，继续对明朝发动猛烈进攻。他知道袁崇焕是明朝的不倒长城，宁锦防线太难突破，便设计绕道蒙古，避开守卫森严的山海关，进攻北京。袁崇焕早已料到这一举，便两次上书崇祯皇帝，可惜都没有引起他的足够重视。最终，这一令人恐怖的后果果然被袁崇焕言中了。
崇祯二年（1629）十月二十六日，后金的八旗军兵分两路，分别进攻长城关隘龙井关、大安口等。当时，镇守蓟镇的军队军纪废弛，城墙也年久失修，根本无法阻止后金军的进攻。三十日，后金的军队就已经打到了遵化城下，距离京师只有一百五十千米。明王朝到了生死存亡之际。
这时，明朝上下没有反思自己的问题所在，反而听信朝廷内阉党余孽的诬陷和皇太极的反间计，将大将袁崇焕以通敌叛国的罪名逮捕入狱。在囚禁审讯半年后，崇祯三年（1630）八月，明思宗以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战。及至城下，援兵四集，尽行遣散。又潜携喇嘛，坚请入城”的罪名将他残忍地凌迟处死。可怜这位曾立下汗马功劳的大将最终未能马革裹尸，只能在刑场上念出了自己的遗言：
一生事业总成空，半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
与此同时，李自成的农民起义军声势日渐浩大，成为明王朝灭亡的定时炸弹。李自成本来是陕西米脂的放羊娃，在崇祯二年（1629）揭竿造反，后来因为勇猛而有谋略，成为闯王高迎祥部下的闯将。后来，他在起义军中提出了一些有效的战略方针，名望渐高，在高迎祥死后，便做了新一任闯王。
当时，农民们饥寒交迫，而李自成打出“均田免赋”的口号，赢得了大片人心，部队很快发展到百万人之多。崇祯十年（1637），明朝的大将杨嗣昌会兵十万，增饷二百八十万，提出“四正六隅，十面张网”策略，主张限制起义军的流动性，将他们各个击破，最后歼灭。这一策略很快便有了效果，张献忠兵败降明，李自成在渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部十七人躲到陕西东南的商洛山中。
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可是，内忧外患相伴而生，眼看着李自成的起义军已经几近灭亡，崇祯十一年（1638）八月，皇太极的清兵又从青口山（今河北迂安东北）、墙子岭（今北京密云东北）两路毁墙入关了。这个关键时刻，到底是攘外，还是安内，朝廷又出现了政策的摇摆。当时，杨嗣昌坚持“安内方可攘外”，力主与清议和，但以宣大总督卢象升为代表的另一派则坚决反对。对于两派的意见，崇祯帝也是合战不定，最终急调洪承畴等人东去勤王，所以李自成便幸运地大难不死。
崇祯十六年（1643），李自成在襄阳称王，同年在河南临汝歼灭了陕西总督孙传庭的主力，乘胜占据了西安。次年正月，李自成建立大顺政权，正式称帝，年号永昌。
无力回天，饮恨煤山
面对一天天逼近的清兵和农民起义军，明朝的军队已经屡屡挫败，完全丧失了士气和战斗力。崇祯十七年（1644）三月十七日，闯王的军队围攻北京，无力回天的崇祯帝只有逃离皇宫了。十八日的晚上，他带着贴身太监王承恩登上了煤山(今北京景山)，面对连天战火下满目疮痍的明王朝，他不禁流下了沧桑的眼泪。当时的崇祯帝只有三十四岁，因为宵衣旰食，朝乾夕惕，据史书记载，他二十多岁的时候就已经头发全白，皱纹满面，可怜这样一位勤政的皇帝，最终也难挽回明王朝的败局。
在生命中的最后一刻，他只有哀叹，叹自己壮志未酬身先死，叹自己忙碌一生竟于事无补。带着绝望的心情回到宫中后，他写下了遗命诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈良。然后，他命人招来了自己的嫔妃和儿女，匆匆嘱咐了儿子几句后，便命人将三个儿子送往了外戚家避难。看着身边哭成泪人的女人，他心中一酸，无奈地对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也是个刚烈的女子，立刻解带自缢了。袁贵妃也哭着拜别，随皇后自缢而去了。接下来是十五岁的长公主，看着正值花季的女儿，崇祯帝流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，忍痛砍死了自己的女儿。
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料理完后事，他本该主动殉国而死，可是他还是不甘心，求生的欲望刺激着他。于是，他换上便服，混在太监中，试图出城。可走到朝阳门，守门的人请天亮时验明再出。此计不成，他又派人到负责城守的戚国公朱纯臣家，结果朱家人说朱纯臣赴宴未归。崇祯帝又赶到安定门，门闸太沉重，无法打开。求生的路被彻底截断了。第二天天刚蒙蒙亮，起义军就浩浩荡荡地开进了北京城。得知这个消息后，崇祯帝彻底崩溃了，便卸下皇袍，在衣襟上愤然留下了这样的话：“朕凉德藐躬，上干天咎，致逆贼直逼京师，皆诸臣误朕。朕死，无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂，无伤百姓一人。”然后与太监王承恩相对而缢。两天后，人们才发现这个僵死的国君。四月初，由大顺政权派人将崇祯帝与周皇后草草葬入昌平县田贵妃的墓穴（思陵）之中。可怜这个有中兴之志的年轻皇帝最终还是无奈做了亡国之君。
