1642年，松锦之战后命阿巴泰为将，攻雁门关，沿运河南下，下山东衮州、安丘等地，共3府18州67县88城，获百姓36万，牲畜32万。
这几次大扫荡，清军每次都以抢压人口、破坏经济为主要目标，对明朝内地百姓造成极为深重的灾难。这其中的崇祯十一年(1638年)十月扫荡中，多尔衮率军侵犯畿南，进攻高阳。孙承宗以七十六岁高龄，面对清军没有南逃，而是率领全家及高阳民众奋起抵抗。由于兵力相差过于悬殊，高阳城很快就被攻破，孙承宗被抓。多尔衮极为高兴，亲自劝降，遭到孙承宗严词拒绝。清军出于敬重，允许孙承宗自尽。最后，孙承宗端坐在一张椅子上，令两个清兵用白绫将自己勒死，从容就义。
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在高阳保卫战中，孙承宗6个儿子、2个侄子，12个孙子、侄孙殉国，全家老小40余人遇难。孙承宗死后，崇祯帝下令优恤，但为杨嗣昌、薛国观等人暗中阻止，“但复故官，予祭葬而已”。南明弘光政权时，始赠太师。《明史》这样评论他：“承宗以宰相再视师，皆粗有成效矣，奄竖斗筲，后先齮扼，卒屏诸田野，至阖门膏斧鑕，而恤典不加。国是如此，求无危，安可得也。……盖天眷有德，气运将更，有莫之为而为者夫。”
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