从某种意义上说巴斯德是一位科学家，但是他却说自己不懂科学，还说自己相信神创论，当然，这与巴斯德信仰基督教有关。他相信神，不能说他迷信，也并不影响他的研究，反而这种信仰一直促使他不断进行探索。
曾经有一段时期，有些派别的知识分子主张“自然生万物”，而巴斯德认为这是谬论，他勇敢地站起来反对，所以那时的他并不受许多科学家们的认可，还受到一定程度的排挤，但是他直到去世也仍然坚守自己的信仰。
巴斯德晚年的时候到母校演讲，他传给学生的观念依然与他的信仰有关，相信神的存在，神创造一切，巴斯德所理解的神和盲目的迷信是不一样的，在他的心里，神就像一种信念，一条绳索，只有顺着他走，才能看到结果。并且在他看来，他的所有成功都源于神，在神的指引下，他发现了自然界吸引他的地方，然后他开始研究，最后得知神创造自然的奥妙，并利用发现造福人类，他常提的观点就是：当自己对自然研究更深刻，就更接近神。
他说他找不到证据来证明神与科学有矛盾之处，说到这里，还有一则小故事：巴斯德在一次火车旅途中遇到一个年轻人，年轻人看到巴斯德手握念珠便开始跟他讲科学，劝他不要迷信，巴斯德耐心地听年轻人讲完，然后说出自己的想法，他还是坚持自己的观点，最后年轻人才知道，原来是巴斯德。
由此可以看出巴斯德信仰始终不变，科学与神也不并冲突，只在于个人怎么理解。
微生物学家巴斯德实验的结论是
巴斯德实验是巴斯德为了推翻“自然发生说”而设计的实验之一。这个实验比其他实验更加准确，所以流传至今。在当时，随着众多科学家的深入研究，“自然发生说”开始受到质疑。巴斯德为此开始了长时间的实验和研究，巴斯德设计了多种实验来论证“自然发生说”的错误之处。
巴斯德实验是在巴斯德的教授指引下想出来的，他使用了曲颈瓶阻止微生物的进入，但空气却可以进去。历经四年瓶内物质都没有腐败，打破瓶子后却很快腐败。巴斯德实验的结论是微生物本就存在于空气中，它不是自然发生的，这刚好于“自然发生说”相反。巴斯德向许多人宣告了巴斯德实验的成果。后来，他又当着公众的面做了一次大规模实验，他改变了一些外界环境的变量，但巴斯德实验的结果依旧未曾改变。巴斯德实验的结论是微生物本就存在于空气中，巴斯德为了进一步证实自己的实验并且推翻“自然发生说”，接连爬上一座座高峰做更严密的实验。
尽管巴斯德实验的结果如此精密，还是遭到了许多固守陈规的人反对，他们甚至用相同的方法去测试巴斯德实验是否正确。巴斯德坚持与他们力争到底，取得了学术界的一次真理的胜利。巴斯德的曲颈瓶因为瓶口弯曲的原因，并不会落入微生物和细菌，排除了外界进入这一途径。
巴斯德实验是巴斯德对待科学态度的真实写照，他不容许有差错出现。高温消毒是一可行途径，不仅增加了准确性，也向反对派提供了无法否定的事实。巴斯德实验扫清了科学路上的一大障碍。
微生物学家巴斯德在疫苗中的贡献
巴斯德在当时人们的心目中，是拯救他们于苦难之中的救世主。巴斯德研制的狂犬疫苗把很多人从死神手里拉了回来。巴斯德在疫苗中的贡献可见一斑。之前人们在治疗天花时，主要以接种牛痘为主，在这种方法出现之前，人们对天花病毒素手无策。但这种方法风险依旧很大，因为难以控制，而且容易感染。巴斯德为了解决这一问题，不断研究改善手中的疫苗，争取发现治疗天花的更好更有效的方法。
巴斯德在疫苗中的贡献不止是完善疫苗成分。巴斯德的发现是免疫法的重生。巴斯德的免疫理论基础坚实，适合面对广大群众推广并广泛使用。巴斯德还研究了多种病毒，比如鸡霍乱，炭疽病等等。巴斯德的贡献无疑给了饲养业的人们希望。
巴斯德研制出的疫苗中当属狂犬病疫苗给人们带来的利益更广。巴斯德看到多年以来人们一直对狂犬病抱着绝望的态度，他决心改变这一切。巴斯德在研究疫苗的过程中对病原体进行了观察和深入了解。经过他多日的研究，新的疫苗被用在一个病人身上并起了作用。
巴斯德在疫苗方面可以说是取得了巨大的成功，而且他的方法更适用于临床治疗。医生可以针对不同的患者控制疫苗的剂量，使药剂发挥最大的效果，更小的减少对人体的危害。巴斯德在疫苗中的贡献开创了一个新的领域，并在此领域中发展自己的事业。在他之后，还有许多科学家为免疫学做出了贡献。
微生物学家巴斯德的座右铭
巴斯德的座右铭是“意志、工作、等待，是成功的金字塔的基石”。巴斯德的一生都谨遵他的座右铭生活，他的意志力坚韧异常。在对狂犬病疫苗的研究中，他重复了上百次实验，不折不挠的态度让他最终探索到了病毒的解决方法。他凭借过人的意志力成为第一个研制出狂犬病疫苗的人，结束了人们的痛苦挣扎。
巴斯德终生都在工作，以他的座右铭为真理。他对待工作一丝不苟，专心投入使他的聪明才智得到充分发挥，巴斯德取得的无数成就离不开他专心工作，一心想要解开疑惑的态度。巴斯德为了探求真理，设计了多种实验，终于以确凿的事实推翻了“自然发生说”。同时巴斯德引导了科学探索的进程。