沈万三的钱是怎么来的?学者们有大地主说、大资本家说、航海通商说、金融贸易说、官商勾结说、继承意外遗产说等多种。普通百姓很难相信正常营生能赚来这么多钱，因而多持意外得宝说。
《云焦馆纪谈》记录了两种说法。一说沈万三苏州人，打鱼为生，有一天在船边洗碗，不小心把碗掉入水中，捞了半天，只捞到一批圆溜溜的石丸子，有识货人告诉他：“此乌鸦石也，一枚可得钱数万。”沈万三因此暴富。另说沈万三夏夜纳凉，仰卧渔船，忽然看见天上北斗翻身，沈万三赶紧把其中一杓给兜住了，第二天，一位老者带着七个面相奇异的人，挑着七个货担来到沈家，叫沈万三帮助他们看管货担。沈万三揭开货担一看，全是上好马蹄金。
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另有掘藏得宝说。元末有个陆通判，在苏州买了一套空宅，因为宅子闹鬼，所以售价很低。刚住进去的那天夜里，忽然出现两个女子，在他面前说说笑笑，陆通判大声喝问，女子回答“妾乃大青小青也。”说罢就走，陆通判飞剑急刺，好像击中了一个人的手臂。第二天察看，庭前两棵冬青树上好像有剑伤，于是陆通判让人把冬青砍了，发现下面有块大石板，石板下有几个大缸，满是金银。陆通判只有一个女儿，后来嫁给一个姓沈的，生了个儿子，就是沈万三。
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流传最广的是聚宝盆说。传说沈万三本来是个穷打鱼的，某年中秋，和老婆一起坐在船头饮酒赏月。天上月华游戏人间，想从沈妻杯中偷口酒喝，没想反被糊涂的沈妻连酒带月华喝进肚子里了。十个月后，沈妻生下一个血球，剖开，是一白玉走兽。识货的人告诉他们，这是月华之物，可钓水中宝物。沈万三大喜，结果只钓到一只乌泥盆。沈妻准备拿来盛米，刚抓一把白米下去，马上自动生成整钵白米，夫妻俩这才知道钓到了聚宝盆。沈万三因此富甲天下。
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明代《挑灯集异》又说，沈万三贫时，曾梦青衣百余人求救，第二天一早，见一渔翁拎着一百多只青蛙，马上就要剖食，沈万三想起晚上的梦，就把它们全买了下来，放入池中。这天夜里，百余青蛙喧鸣达旦，吵得沈万三没法入睡，清早起来正准备赶走它们，看见青蛙们全围坐在一只泥瓦盆边，觉得奇怪，就把瓦盆拿回家，用作洗手盆。有一天，沈妻洗手时掉下一个银记，结果泥瓦盆迅速克隆了满满一盆银记。沈家由此财雄天下。
许多明清笔记小说都说沈万三有点金术或炼金术，如《柳亭诗话》就说沈万三的炼金术得自张三丰，其中有一句叫“百八火神耕夜月”，而所谓聚宝盆，其实就是用来炼金的鼎器。