甲午战争后，清朝与日本签下丧权辱国的《马关条约》，给中华民族加上了又一个沉重的负担，且打开了帝国列强瓜分中华的序幕。由于要偿还战争赔款，清朝只能给百姓们严苛重税。百姓不堪重负，于是在山东一带掀起了爱国反帝的义和拳运动。
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由于义和团运动杀伤外国传教士和驻华大使，各国使团纷纷对清政府提出抗议，且要求慈禧太后放权归政于光绪。慈禧太后一方面迷信于义和团刀枪不入的传说，一方面被外国使团逼宫的要求所激怒，竟发下诏书向当时世界上最强大的十一国同时宣战，这直接导致了八国联军侵华战争的发生。
后来清朝军队大败，八国联军几乎毫无损伤地拿下了北京，慈禧和光绪帝慌忙逃窜至西安避难。后来清朝与八国联军又签下了卖国的《辛丑条约》，给中华民族带来了更加深重的苦难。
然而，尽管损失巨大，但这场战争并没有伤到清朝的根基。战争结束后，慈禧太后开始接受维新变法思想，任用袁世凯大力发展洋务，让清朝在回光返照下苟延残喘了十年。这其实与战争开始时李鸿章做的一个决定有关。
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当时慈禧太后在盛怒之下做出宣战决定，并以光绪诏书的名义下发至全国各大巡抚及总督手中。当时李鸿章就任两广总督，拿到诏书后，做出了一个让众人惊呆了的举动：称慈禧和光绪的诏书为伪诏(“此乱命也，粤不奉诏”)。这样的举动在此前是不可想象的，这相当于地方的首辅直接违抗中央命令，放在过去是灭族之罪。但在当时的形势之下，如果李鸿章奉诏，将给中华大地平添无尽的战火，而当时清朝军队的装备根本无法与洋枪洋炮抗衡。在权衡之下，李鸿章做出了不奉皇帝诏书的决定。
在李鸿章的带头下，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞等纷纷效仿，不奉慈禧的开战诏书，并联合起来签订了“东南互保协议”，坚决不加入与帝国列强的战争，同时还密谋万一京城失守，太后皇帝被俘或被杀，就由李鸿章暂代总统之职。
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由于东南互保协议的执行，战火只烧到了北方京津一带，并未在全中国大范围蔓延，南方诸省的经济命脉得以保存，使得战争结束后清朝还有苟延残喘之力。但从李鸿章等人不奉诏的举动也可以看出，实际上当时朝廷对地方的约束力已经大大削弱，大清已经成为了一具行将就木的空壳。所以后来清朝亡于地方的武装起义和叛乱，也就不足为奇了。
然而，慈禧最后还是派李鸿章全权与联军签订《辛丑条约》，让他又一次背上汉奸卖国的污名，最终含恨而死。