蚂蚁金服的三个主要股东是阿里巴巴集团（持股33%）、杭州君瀚股权投资合伙企业（有限合伙）（持股28.4483%）、杭州君澳股权投资合伙企业（有限合伙）（21.5344%），合计持股约83%。
蚂蚁金服、阿里系的高管及员工主要通过杭州君瀚股权投资合伙企业（有限合伙）、杭州君澳股权投资合伙企业（有限合伙）持有蚂蚁金服约50%的股份，其中，杭州君瀚股权投资合伙企业（有限合伙）持有的蚂蚁金服28.4483%股份，市值约569亿美元（约3985亿元人民币），杭州君澳股权投资合伙企业（有限合伙）持有蚂蚁金服约21.5344%股份，持股估值约431亿美元（约合3015亿元人民币）。
马云则通过100%持股的杭州云铂投资咨询有限公司持有上述两家公司以及另外三个有限合伙公司（杭州君洁股权投资合伙企业（有限合伙）、杭州君济股权投资合伙企业（有限合伙）、上海君湖投资管理合伙企业（有限合伙）。）的股份，进而间接持有蚂蚁金服8.8%的股份，估值大约1200亿元人民币。
1、杭州君瀚股权投资合伙企业（有限合伙）股东主要包括马云、谢世煌、蚂蚁金服员工、蚂蚁金服关联方等。
具体名单如下：
马云、谢世煌、杭州君洁股权投资合伙企业（有限合伙）、杭州云铂投资咨询有限公司。
其中，杭州君洁股权投资合伙企业（有限合伙）的股东为曾松柏、韩歆毅、阳振坤、胡喜、屠剑威、范驰、袁雷鸣、陈亮、俞胜法、徐蔚、俞峰、黄辰立、郭树强、刘曙峰、彭政纲、邵晓东、许寄、陈钢、周晓明、蒋建圣、葛勇荻、童玲、王丽娟、万菁、陶莹、杭州云铂投资咨询有限公司。
这些大都是蚂蚁金服的高管和前高管，例如，曾松柏、俞胜法、韩歆毅、屠剑威、蒋国飞为蚂蚁金服集团副总裁；胡喜为蚂蚁金服平台数据事业群研究员，浙江省第十三届人民代表大会代表。阳振坤为蚂蚁金服高级研究员、自研数据库OceanBase团队负责人。范驰（程咬金）为阿里巴巴集团副总裁，目前任职阿里大文娱；曾先后管理过支付宝最重要的快捷支付、无线支付和支付宝钱包的品牌、运营和产品等工作。袁雷鸣为蚂蚁金服农村金融事业群总经理；王丽娟为蚂蚁金服O2O事业部总经理；童玲为蚂蚁金服首席架构师。
2、杭州君澳股权投资合伙企业（有限合伙）的股东名单为：
杭州君济股权投资合伙企业（有限合伙）（90.8263%）、彭蕾、陆兆禧、邵晓锋、王坚、戴珊、姜鹏、吴泳铭、童文红、金建杭、张勇、王帅、曾鸣、俞思瑛、彭翼捷、武卫、井贤栋、刘振飞、张建锋、樊路远、程立、胡晓明、吴敏芝、蒋芳、张宇、杭州云铂投资咨询有限公司。
其中，杭州君济股权投资合伙企业（有限合伙）的股东为彭蕾（49.7107%）、井贤栋（13.9555%）、樊路远、赵颖、倪行军、郑俊芳、孙利军、俞永福、蔡景现、方永新、程立、杭州云铂投资咨询有限公司。
