崇祯皇帝画像
一波未平一波又起，金兵在关外张牙舞爪，而川蜀地区又传来警报，说有人造反。于是朝廷派遣秦良玉“归桑梓（故乡）”。秦良玉不放心京师的安全，让侄子秦翼明，儿子马祥麟和儿媳张凤仪驻守京畿地区。这样一来，从京师返回的秦良玉，就不再走出四川援剿，安心地惩办四川境内的贼寇。
崇祯七年二月，夔州被贼兵攻陷。打下了夔州的贼兵转战太平，看到秦良玉到了才走。崇祯十三年，明末农民起义军首领之一罗汝才被阻遏在巫山。这位绰号“曹操”的黠贼就出其不意，进攻夔州，然后又被秦良玉和她的白杆军击败而逃。随后，秦良玉设计让贼兵前往马家寨，斩获贼兵首级六百，又在留马垭追击打败了他们，并斩获敌军的骁将“东山虎”。随后，秦良玉一鼓作气，乘胜追击，跟明军在谭家坪、仙寺岭连连击败贼寇。
夔州古城
然后，秦良玉乘胜与明军其他将领先后打败处在谭家坪、仙寺岭的贼寇，并用奇计夺得罗汝才的主帅大纛（dà dào，古代行军中的大旗），并生擒了罗汝才的副手“轰塌天”，至此，贼兵的势力才渐渐衰弱了下来。
与此同时，积极安内的督师杨嗣昌在玛瑙山大败张献忠，将反叛贼军全都驱逐到四川境内。当时的四川巡抚邵捷春只有两万弱兵戍守重庆，论数量论质量都很难抵御贼寇，邵捷春自然担心他的项上人头会不会突然被贼寇摘离，而他所能依靠的部队，只有秦良玉的白杆军和张令的部队。害怕人头落地的邵捷春，自然而然地把秦良玉和张令的部队调到重庆附近。绵州知州陆逊之罢官回家，邵捷春派他去视察营垒。陆逊之见到秦良玉的白杆军军容整齐，心里感到十分诧异。知道陆逊之是邵捷春安排过来视察的人，秦良玉便安排酒席招待他。
张献忠
酒席上，秦良玉似是感慨似是建议地对陆逊之说道：“邵公不懂得兵法，我这一介妇人蒙受国家的恩惠，于情于理都应当为国家而死。只是有一点遗憾的是要跟邵公一起死罢了。”
陆逊之一听：哟嚯，吐槽上司，这指不定有啥意见呢；便问她什么原因，秦良玉就从容说道：“邵公调我到他自己附近，距他所驻守的重庆也就三四十里的距离，接着又派遣张令守黄泥洼，这在很大程度上失去了我们的地理优势。假如贼寇占据归山、巫山的顶峰，俯瞰我们的军营，掌握我们的动态，一旦他们用强劲的骑兵俯冲而下攻打我们，张令一定会被打败。张令被打败后，贼兵的下一个目标就是我白杆兵，我被击败后，还能救处于危难之中的重庆嘛？况且督师把四川作为沟壑，贼兵都被赶到四川境内，督师这一做法的深意无论聪明人还是愚蠢人都能知道。邵公却不在这个大好的时机争山夺险，让贼兵不敢攻击我们，反而是一昧地在重庆消极防守，这是必败之路啊。”
巫山
陆逊之听着觉得还挺有道理的，就回去告诉了邵捷春。邵捷春虽然不懂得兵法，但还算是个能听进去建议的。于是在不久后便下令把军营移到大昌。但由于前期把张令和秦良玉调到重庆附近消极防守的缘故，在张令拔营前往大昌途中，张献忠率领的贼军就已经打败了大昌城的守将张应元。大昌城被占领了，观音岩、三黄岭等地也岌岌可危。随后，张献忠要从上马渡过长江，形势不妙，秦良玉与张令急忙率军在竹箘坪阻击张献忠部队，挫败了贼军的前锋。
李定国画像
同年十月五日，张献忠贼军在土地岭率先向窝里斗的明朝官军发动进攻，一天之内就杀了明军五千多人。次日，张献忠设计让其义子张玉儿（即李定国）引诱老将张令出战。张令看到敌军二十出头的小将领，没有任何防备，便被李定国一箭射杀而亡。听闻张令被贼兵杀死的消息，秦良玉想赶过去救援却没有成功，反而陷入困境，辗转作战失败了，三万多的白杆军几乎全军覆没，这是秦良玉和白杆军平生未有之惨败。
尔后，秦良玉单骑返回重庆，请求邵捷春的支援：“现在情况十分紧急，请把我溪峒的士兵全部调出，可以有两万人。我愿意拿出一半的军饷，剩下的一般如果能向官府支取，仍然能够继续剿贼。”邵捷春知道杨嗣昌的对敌意见与自己相左，而仓库里没有现成的粮食，便谢绝了秦良玉的计策，秦良玉只好叹息而归。
张献忠主要行军路线图
崇祯十四年正月，在四川转战了大半年的张献忠部队突然挥师出川，转战湖北，临走前还抽调一支精兵绕到明军后方突击，让四川明军伤筋动骨了一回。随后，张献忠部队攻下襄阳城，获得杨嗣昌在此屯下的军需饷银，并彻底摧毁了他的“十面网”。随后，张献忠完全占领了湖北。
张献忠占领了湖北之后，再一次挥兵入川。秦良玉听闻，便画出了全四川的形势图给巡抚陈士奇，请求增派兵力守住三个重要的关隘。陈士奇没有听取她的建议，秦良玉另辟路径，上呈给巡按刘之勃。刘之勃看完后，认为她的建议可行，但是又苦于没有多余的兵力可以抽调出来。
四川地图
崇祯十七年春，张献忠率兵长驱直入进犯夔州，秦良玉听闻当即骑马前往援助，但由于寡不敌众，败退而归。等到四川全部沦陷之后，秦良玉慷慨激昂地对她的族人们说：“我的两个兄弟都因为国事而死，我作为一个孱弱的妇道人家，蒙受国恩二十年之久，现在国家不幸到了这种地步，我怎么敢拿剩下为数不多的年月来投靠贼寇呢？”并且对她的部下下达命令：“有从贼者，族无赦！”，接着分兵把守石柱四处的边界。神奇的是，攻下了四川的张献忠部队在四川到处招纳土司，却唯独避开了秦良玉的四川土司。后来，张献忠死了，秦良玉竟以寿终。
