当然，在清王朝建立之后，吴三桂经过不断的思想转变、征战卖力，讨得了清朝统治者的一时喜欢，并被允许开藩设府，坐拥云南一方，权利和声势再一次到达顶峰。然而，好景不长，通过几位皇帝的再接再厉，励精图治，清王朝实力不断强盛，终于于康熙皇帝在位期间，下令“削藩”，这一命令直接损害了吴三桂的权益，故而导致后者起兵反叛，战乱再起。虽然反叛前期，吴三桂借着“兴明讨虏”的旗号，令其余“二藩”也应声而起（史称“三藩之乱”），一时间对清王朝的统治造成了不小的威胁，但世事难料，开局大好的战况却随着吴三桂最后因病不治身亡而发生了急剧转变，最终以康熙帝成功平叛，恢复统一为结局，草草收场。
至此，吴三桂的人生也于无奈之中被划上了句号，仅留下了那“一怒冲冠为红颜”的佳话和“三藩之乱”及衡州称帝（仅做五个多月的皇帝）的经历。而至于所谓的“好”与“坏”，自交于后人去进行评判。
