同年十月，楚州司马李崇福率领所辖三县的部众响应徐敬业。武则天当即命左玉钤卫大将军李孝逸为扬州道大总管，率兵三十万前往征讨。同月，武则天杀内史裴炎，追削徐敬业父亲祖父的官爵，褫夺曾经赐予徐敬业家族的国姓。
同年十一月，徐敬业兵败自杀。
同年十二月，前中书令薛元超病逝。杀左威卫大将军程务挺。
垂拱二年(公元686年)正月，武则天下诏还政于李旦，李旦知其并非出自诚心，奉表固让，武则天仍临朝称制，大赦天下。同年，武则天下诏杀南安王李颖等宗室十二人，又鞕杀已故太子李贤的两个儿子，唐朝的宗室被杀戮殆尽，其中幼弱幸存的人也被流放到岭南。
武则天谋夺李唐社稷，剪除唐朝宗室，引起诸王不安，想起兵对抗。
垂拱四年(公元688年)八月，博州刺史、琅琊王李冲在博州(今山东聊城东北)起兵，武则天命左金吾大将军丘神勣为行军总管征讨。李冲父亲豫州刺史、越王李贞在豫州(今河南汝南)起兵，响应李冲。九月，武则天命内史岑长倩、凤阁侍郎张光辅、左监门大将军鞠崇裕率兵征讨。李冲起兵七日即败死，李贞兵败自杀。二人首级传至神都，武则天命改姓虺氏并赦免博州。
韩王李元嘉、鲁王李灵夔、李元嘉的儿子黄国公李撰、李灵夔的儿子左散骑常侍范阳王李蔼、霍王李元轨、李元轨的儿子江都王李绪、已故虢王李元凤的儿子东莞郡公李融都因李冲李贞反叛而受牵连。武则天命周兴等展开审讯，李元嘉、李灵夔自杀，李元轨流放黔州，李撰等被杀，改姓虺氏。自此大唐宗室诸王相继被杀，几乎绝灭。诸王的子孙年幼者都被发配到岭南以外，诛杀亲信党羽数百家。
载初元年(公元690年)九月九日，武则天在则天门，大赦天下，改唐为周，改元天授。
那么，武则天对待儿子很残忍，对太平公主却格外宠爱，究竟是为何？
一、太平公主是老幺，自然被宠爱的多一些
太平公主生于唐高宗麟德二年(公元665年)前后，是高宗和武则天的最后一名子女，父母宠老幺很正常。
二、太平公主性格开朗活泼，得到父母欢心
太平公主十几岁的时候，有一次她穿上武官的服饰在唐高宗和武后面前跳舞。唐高宗和武后大笑着说：“你又做不了武官，为何要这样？”她回答说：“将它赐给驸马可以吗？”唐高宗知道太平公主的意思，于是为她挑选驸马。
永隆二年、开耀元年(公元681年)，16岁的太平公主下嫁唐高宗的嫡亲外甥，城阳公主的二儿子薛绍。这是太平公主的第一次婚姻。
三、对于太平公主的第一次婚姻，武则天并不满意，借薛家参与李冲谋反之事而悔婚
太平公主的第一次婚姻结束于公元688年。因为薛绍的兄长薛凯参与了唐宗室李冲的谋反，牵连到薛绍，但薛绍本人并没有参与这次谋反，是武则天觉得太平公主嫁错了人，薛绍杖责一百，饿死狱中。当时太平公主最小的儿子才刚满月。事后，武则天为了安慰女儿，打破唐公主食封不过三百五十户的惯例，将她的封户破例加到一千二百户。
四、太平公主的第二次婚姻躲过了唐宗室被杀的危险
载初元年(公元690年)，太平公主改嫁武攸曁。武则天为了让太平公主嫁给武攸曁，而处死了武攸曁的妻子。这次婚姻被认为是武则天为了保护太平公主而采取的手段，武则天在太平公主第二次婚姻的两个月后正式登基，太平公主因为成为了武家的儿媳而避免了危险。
五、武则天认为太平公主的长相、性格很像自己，自然愈加宠爱
太平公主喜欢权势，武则天认为她的长相、性格很像自己，经常和她商议政事，但武则天生前从不让太平公主将她参与政事的事情外泄。太平公主畏惧母亲，因而行事比较收敛，对外只是大肆装修府邸，购买别业。武周末年，武则天也开始让太平公主和上官婉儿以及她的两个男宠张昌宗、张易之掌握权力。太平公主本人虽是武家儿媳，但政治上一直是李家的拥护者。
大足元年(公元701年)，二张因进谗言害死了两家的嫡系继承人而同时得罪武李两家。
长安三年(公元703年)九月，张昌宗诬告魏元忠与太平公主的情人司礼丞高戬，引起武则天大怒，将魏高二人下狱。二张与太平公主以及李家的关系彻底破裂。
唐中宗神龙元年(公元705年)，李家的拥护者、宰相张柬之发动兵变，诛杀二张，逼武则天逊位给太子李显。太平公主由于参与诛杀二张兄弟有功，而受封“镇国太平公主”，其兄李旦封“安国相王”，开府，封五千户。
