17世纪的明清之际，中国社会处在大动荡的时代，阶级矛盾和民族矛盾交织在一起。在明末遗民的士大夫集团里，朱之瑜怀着极其沉重的失国之痛，对明何以亡，中国社会该走向何处，做出了积极的探索和回答。
朱之瑜流亡日本，反思明朝的灭亡
南明永历11年，清顺治14年（公元1657年）年已57岁的朱之瑜，曾遭安南供役之难，被羁达50多天，在异国权贵的无理威逼面前，朱之瑜证明了“不为尊者讳，不为权者讳”的独立人格，表现了不畏强权的英雄气概。
作为明朝忠实的遗民，朱之瑜的一生都为抗清复明而奔波。抗清失败后，亡国之恨始终缠绕在他的心头。为了匡复大明，他曾三赴安南，五渡日本，奔走厦门、舟山之间；为了对大明忠贞不二，他蹈海投身，亡命于日本。
朱之瑜定居日本后，并没有放弃复兴民族、匡救祖国的坚强信念，虽身处异地而心系中原。每日“向南而泣血，背北而切齿，”他一再表示，每念“耻逆虏之未灭，”而“五内俱裂，”并常于门人说：“我既老在异邦，自誓非中国恢复，不归也。”
朱之瑜自称大明“遗臣”，年近八十，还写信嘱咐子孙，要“自食其力”，“惟有虏官不可为耳，”他到日本后的第三年，就是明亡后的17年，为总结明亡的教训，提出抗清方略，写下了著名的《中原阳九述略》。
明朝灭亡时老百姓为什么袖手旁观？
明朝灭亡的时候，很多老百姓都抱着冷漠的态度，对朱明王朝没有太多的眷恋，朱之瑜在《中原九述略》中，进行了深刻的分析。原文如下：
中国之有逆虏之难，贻羞万世，固逆虏之负恩，亦中国士大夫之自取之也。语日：“木必朽而蛀生之，“未有不朽之木，蛀能生之者也，杨镐养寇卖国，前事不暇渎言。
即如崇祯之末，缙绅罪恶贯盈，百姓痛入骨髓，莫不有“时日曷丧，及汝偕亡”之心。故流贼至而内外响应，逆虏入而迎忍破竹。惑其邪说流言，竟有前徒倒戈之势；一旦土崩瓦解，不可收拾耳，不然，河北二十四郡岂无坚城，岂无一人义士？
而竟令其戈服矢，入无人之境至此耶？总之，莫大之罪，尽在士大夫，而细民无智，徒欲泄一朝之念，图未获之利，不顾终身累世之患，不足责也。
朱之瑜的意思，总结起来就是：明朝末年人心离乱的原因士大夫负主要责任。养楼自重，一直都是封疆大吏难以杜绝的绝症之一。有寇才有钱，千里求官只为败。辽东养寇自重又何止杨镐？祖大寿、袁崇焕，一年几百万的辽饷。
打，他们肯定会打，不打没有战功，没有战功就留不住，留不住钱就没他的份。祖大寿知道事情搞大了，跑了不敢回来，袁崇焕把寇养大了，自己被千刀万剐。若说士大夫之罪，就在于此，细民有贪欲，但是细民无权，贪也不过蝇头小利，士大夫有权，一旦贪起来，山河破碎。
明朝灭亡的真正原因：
明朝中日以后经常爆发农民起义，再加上崇祯时期本身朝政混乱吴官员贪污昏庸。与后金的战争带来财政困难和清兵经济掠夺，以及小冰期气候变冷，农业减产带来全国性饥荒，都加重明朝老百姓的负担。再一个，当时直隶连年灾荒疫疾，民不聊生。辽西局势亦日益恶化，清军多次与明军作战，最后于1640年占领锦州等地，明军主力洪承畴等人投降，明朝势力退缩至山海关。
1627年，陕西澄城饥民暴动，拉开明末民变的序幕，随后王自用、高迎祥、李自成、张献忠等农民起事，最后发展成雄踞陕西、河南的李自成与先后占领湖广、四川的张献忠（最后成立大西政权）。1644年李自成建国大顺，三月，李自成率军北伐攻陷大同、宣府、居庸关，最后攻克北京。明思宗在煤山自绮，明朝亡。