平反冤狱
5
明英宗复辟以后，宠幸奸佞。一方面是这些人从龙有功，另一方面也是明英宗对皇位失而复得更加珍惜的缘故，所以增加了锦衣卫的权势。成化刚即位，就发生了都指挥使门达结纳东宫内侍王纶，密谋由翰林侍读学士钱溥取代李贤辅政之事。
门达在英宗晚年深得宠信，而李贤时为内阁首辅，对门达统率的锦衣卫官校“恣横为剧患，贤累请禁止，帝召达诫谕之”。门达因此衔恨入骨，设计构陷李贤，事情败露，英宗也未处置门达。
成化登基
英宗病重，门达蓄意勾结王纶，欲除掉李贤。他们的阴谋被朝臣揭发，宪宗大怒，结果王纶被斩，钱溥被贬，门达因他罪并发，“论斩系狱，没其资巨万”。而与此同时，李贤则进少保、华盖殿大学士，知经筵事。宪宗十分倚重李贤，李贤也“以受知人主，所言无不尽”。
实际上，这次整顿，是牛玉、李贤等当权派对急于秉政的王纶、钱溥的打压。王纶窥伺司礼监，直接触犯了牛玉的利益，这是英宗晚年最信任的宦官。钱溥想挤压李贤，却没有与当时在内阁，威望仅次于李贤的陈文合作，陈文也不想钱溥与王纶成功后，反压自己一头，所以纵然他与李贤有矛盾，却反而与李贤站在同一阵线。
王纶与钱溥忽略了成化帝的存在，在英宗入殓这天，王纶在素衣外面套了一件貂裘，使成化帝颇为不满，所以，成化帝借机将王纶、钱溥下狱，追究同党。钱溥、王纶内外官交通，按律当斩，但大赦令刚发，便从轻处置，二人均遭降职处理，钱溥的被贬颇受人同情，时人评价“为权贵所挤，而有顺德之行”。
景帝加谥
6
于谦等人公忠体国，再造社稷，无论是朝野还是民间，为于谦等人平反都是一致呼声。但成化帝如此高调，也使一些大臣尝试讨论最敏感的话题，就是如何给景泰帝适当的评价，因为于谦毕竟对景泰帝的即位起到了推动作用。成化三年，湖广荆门州训导高瑶上疏成化帝：
“正统己巳之变，先帝北狩，陛下方在东宫，宗社危如一发。使非郕王继统，国有长君，则祸乱何由平、鉴舆何由返？六七年间，海宇宁谧，元元乐业，厥功不细。迨先帝复辟，贪天功者遂加厚诬，使不得正其终，节惠隮祀，未称典礼。望特敕礼官集议，追加庙号，尽亲亲之恩。”
高瑶虽然名不见经传，但却代表了当时的一种呼声，景帝在位期间，施政还算不错，某些方面是要远远超过英宗的，奏疏里面对景帝的评价还算客观，但高瑶乖巧的是，将英宗与景帝的皇位之争酿成的后果的首要责任推给“贪天之功”的曹、石等人。
成化帝见到这封奏疏并未表态，而是将奏疏交由礼部廷议，但礼部的官员拖了一年没有定论，还将皮球以一句“非臣下所议，请自上裁”踢回给成化帝本人。倒是状元出身的左春坊左庶子黎淳鲜明得表明了自己的立场：
“瑶此言有死罪二：一诬先帝为不明，一陷陛下于不孝。臣以谓瑶此举，非欲尊郕王，特为群邪进用阶，必有小人主之者。”
到底是状元出身，文章远胜高瑶，且简单直白。但对于两种不同的呼声，成化帝表现出了自己的政治手腕：
“景泰往过，朕未尝介意，岂臣子所当言？淳为此奏，欲献谄希恩耶。”
一方面，成化帝对于政治传统的尊重和稀泥，另一方面也对黎淳奏疏中将景帝与昌邑王、更始帝比较的不满。这也表明，成化帝对这位叔父的功绩有清醒的认识，也有一丝感激，同样成化帝也是一位比较忠厚的帝王，臣子不会因言获罪。
而此次事件的另外一个人物门达，因为结交王纶，也被发配充军。门达作为一个酷吏，只知道个人奋斗，没考虑到历史进程，统治者需要酷吏维护统治，清除腐败，又不能让他们搞的太过分。成化帝新君登基，需要给人民恩惠，作为前朝的鹰犬，作用已失，自当铲除。
门达的被贬使人拍手称快，成化帝还召回老成持重的袁彬来主持锦衣卫事务。门达的事件表明：新君是要革除前朝弊政的，既然受英宗宠信的门达被处置了，那么含冤屈死的大臣是否该得到平反？
这时候，监察御史白侃给新君上书，要求为英宗朝因弹劾曹吉祥、石亨而受迫害的御史张鹏、杨暄、耿九畴等人平反，成化帝欣然应允。这封奏疏，也拉开了平反冤狱的缺口。
成化元年，御史赵敔上疏，请求为于谦平反，见深读罢，颇有感触，直言：“盖谦确有安社稷之功，而滥受无辜之惨，比之同时骈首就戮者，其冤尤甚。所司其悉如御史言，亟行之。”
于谦在世之时，尽管与孙太后有嫌隙，但在听闻于谦被杀，孙太后也是十分叹息。即便是英宗本人，也有点追悔莫及。成化帝还在幼年之时，怕已经对于谦有仰慕之意。成化二年，当于谦之子于冕请与祭祀时，成化帝十分重视，特命翰林院撰写祭文：
“卿以俊伟之器，经济之材，历事先朝，茂著劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞，惟公道之独恃，为权奸所并嫉。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。”
于忠肃公平反后，与也先激战，屡立战功的骁将范广也被平反，范广被石亨陷害，子发配广西，妻子宅第被赐给蒙古降丁皮尔马黑麻，成化帝给范广平反，同时让范广的儿子继承父亲原职。同时英宗复辟，清洗的诸位大臣大都得到了平反，部分恢复了原职。
与此同时，成化将已故国子监祭酒李时勉的谥号由“文毅”改成了“忠文”，李时勉性情正直刚烈，敢于直言，永乐年间下狱，洪熙年间被仁宗用金爪打断三根肋骨，正统年间不屈服于王振，被带枷三日，成化认为“临难不忘国，勤学好问”。李时勉谥号“文忠”比较合适，但成化帝定为“忠文”，突出“忠”，看来也是下过一番功夫的。
