从中举人，登进士第，历任京官，充当乡试副考官，林扬祖入仕后还算顺风顺水。或许，余后的宦海生涯将给予他一场又一场的暴风骤雨。3
道光二十五年（1845年），林扬祖回京复职，军机处行走，刑部云南司员外郎。道光二十七年（1847年）补湖广道监察御史，后来，又擢升为兵科给事中，正五品。转工科掌印给事中，在这个工作期间，或由于工作出色，京察一等记名。
道光二十九年（1849年），林扬祖充任顺天乡试同考官。道光三十年（1850年），林扬祖入军机处总办秋审，负责稽查漕粮普济堂饭厂国子监事务，在一年一度稽查京师粮仓时，对粮仓的进出及储存管理利弊，奏报皇上，深受道光皇帝的嘉奖和称赞，不久，奉旨巡视南城和北城。
林扬祖故居内部
道光三十年（1850年），林扬祖与翰林院侍读学士孙铭恩、湖广道御史何冠英先后上书咸丰皇帝，支持在福州养病的林则徐，弹劾福建巡抚徐继畲放入传教士入福州城内传教，史称“神光寺事件”。
咸丰元年（1851年），林扬祖由京官外放河南道台，正四品。林扬祖一上任后便革除积弊，稽核、审查，节省河工费用五万余两，得到河督慧秋合的支持与请赏，嘉庆皇帝颁旨赏戴花翎，擢升为河南省按察使，正三品。
内部的窗户年久失修
咸丰三年（1853年），这时候，太平天国农民军风起云涌，北伐前锋进入河南境内，河南巡抚陆应谷奉命前往归德府备军防御，特请命在开封府陈许道的林扬祖负责开封府兵防。林扬祖捐年俸二千余金，一万六余石粮饷，与署藩司沈云巢周密部署，固守开封城，等待援兵。6月13日，太平天国北伐军攻占归德府城，18日围攻开封府城。
林扬祖亲自巡城督战，在大雨中坚守二天二夜，与军兵同仇敌忾，誓与府城共存亡。只有五百兵士一千乡勇，与攻城的数万北伐军长达三天的对抗，丝毫不退却。太平军见久攻不下，退去。开封府城数万黎民百姓的生命和财产得以保全，林扬祖一战成名。咸丰皇帝特旨赏换花翎，加盐运使衔，署河南布政使。
拼木花格窗棂，工艺精湛
咸丰四年（1854年）转陕西按察使，作为一省的刑狱主官，林扬祖“清理冤狱，多有平反”，呈现着一派清明的社会风气。咸丰七年（1857年）升任陕西布政使，从二品。不久，转任甘肃布政使。在甘肃任布政使期间，“胥吏畏威，百姓安堵，颇著政声”。
咸丰九年（1859年），林扬祖奉旨入京觐见，咸丰皇帝对他的时政得失的分析，十分肯定，特旨林扬祖以布政使署理陕甘总督，正二品。
拼木花格窗棂，工艺精湛
为林扬祖撰写墓志铭的，先后担任清同治、光绪两代皇帝的帝师，光绪帝革新派的重要成员，翁同龢于清咸丰六年（1856年）登翁同龢榜进士，即那科状元，出任军机大臣兼总理各国事务衙门大臣，是近代著名的政治家、书法家。而为林扬祖墓碑题额的，也是状元出身的王仁堪，于光绪三年（1877年）丁丑科殿试状元。一块墓志铭，两个状元为他撰写与题额，在莆田历史上，林扬祖也是唯一的。
在翁同龢撰写墓志铭中，对林扬祖热衷于书院教学给予很多的笔墨和很高的评价，“即掌擢英书院教学，邑侯孔昭慈筹添膏伙，酌立条规，谆谆教育，文风日以进。”“晚年掌教本郡兴安书院，口讲指画不少倦，士咸德焉。”
林扬祖晚年，既在二进七厢房大厝中的东侧加盖了一排书房，供子孙们读书，现在仍保存完整，古旧的美人靠，幽幽的天井里一缕缕浅浅的阳光，艳红的地砖虽已七零八碎，仍然光滑、干净，仍守望着一百五十年缓慢的时光。
林扬祖故居
在林扬祖执掌兴安书院、擢英书院十多年间，莆田士子们依旧用那种“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”的情怀，充满着为中华的崛起而读书的壮志，在此后数十年的科甲中，屡有斩获。
自林扬祖致仕回乡教书之后，莆田也有近百名生员中举人，培养出一批像涂庆澜、蚁延禧、郭连城、陈奋孙那样名家儒士，宋慎仪、郑宗郇、江春霖、张步青、林翰、关陈謩、张琴、吴台等近代著名文人，都在这些书院读书过。后来，这些莆田文化人在全省率先创办郡立中学，引进西式教育，引领莆田最早走上近代教育的历史潮流中。
半生仕途半生师。林扬祖故居依旧用那宏大的建筑规模证明一个古代莆田士子成功的人生路线图，也在表明那些有益于人民有益于子孙后代的善举义举，终将得到上天的馈赠。林扬祖用半生的为人师表为我们展示了一个教育家的博大情怀。林扬祖也用他留下的这座二百年历史的官宅府第，教育着后人为人处世的道理。
咸丰十一年（1861年），咸丰帝英年早逝，留下年仅6岁的独子载淳继位。临终前，咸丰皇帝虽然任命载垣、肃顺等八大臣辅政，但在慈禧皇太后精心布局中，发动历史上“辛酉政变”，八大臣被斩首抄家，解职戍边，大清王朝进入了“垂帘听政”的历史时期。
