二人就此暂别。十年后，孙中山在香港建立兴中会并筹备广州起义，郑士良应邀赶来支持。孙中山提出，广州起义必须有三合会支持，“只要跟三合会取得联络，便可成立近乎完整的革命军”。话音刚落，郑士良便笑了：“我早已联络好了，我便是三合会头目。”郑士良就此被选为香港兴中会总会负责人之一，并修订了《兴中会章程》。他开始为孙中山网罗绿林会党、筹备武装起义，这是孙中山与东江会党合作进行革命的开始。
投身枪林弹雨屡败屡战
由于其他革命首领延误时机，再加上泄密，广州起义很快失败了。郑士良与孙中山遣散起义队伍东渡日本，鼓动侨商支持革命。
1899年，孙中山与郑士良带领兴中会与香港的哥老会、三合会在香港联合结成一个大团体——兴汉会，一致推定孙中山为总会长，策划下一次武装起义。
郑士良手绘三洲田起义进军图 图/《惠州近代历史图录》
1900年，北京爆发义和团运动，孙中山决定在惠州发起起义，将指挥权交给了郑士良，这就是后世所称三洲田起义。郑士良联络会党数百人在惠阳三洲田设立大本营，率领东西两路在此起义，又率军东进福建南部，连路攻破佛子坳、永湖、增光圩等地。佛子坳一战，生擒归善县丞兼清军管带杜凤梧；在永湖击溃清军提督邓万林；至白沙时，起义军队伍发展至两万多人。最后因弹药用尽，外援无望，根据孙中山指示，起义军解散。
三洲田起义虽然失败了,但产生的历史作用巨大。因为这是打响反清革命的第一枪，提振了孙中山和其他革命者的信心，为武昌起义的成功奠定了基础。黄兴对惠州三洲田起义，给予极高的评价：“堂堂正正可称为革命者，首推庚子惠州之役。”
三洲田起义浮雕
促革命从理论转入实践
三洲田起义之后，郑士良退避香港，继续联络会党，从事革命工作，以图东山再起。然而，1901年，郑士良在香港不幸被清廷党羽暗杀，年仅38岁。孙中山闻郑士良死讯后深为悲痛：“益感旧日同志凋零，叹十余年所建立之革命基础之丧失。”
三洲田起义失败后孙中山偕郑士良（右1）逃往香港与陈少白合影图/《惠州近代历史图录》
郑士良是第一位建议和支持孙中山利用会党力量进行革命的人，也是他的第一位革命同志。《孙中山全集》中曾记录下了孙中山对郑士良的评论：“予由谈论时代入于实行时代之动机，则受郑君所赐者甚多也。”如此说来，正是郑士良让孙中山从空口谈论革命事业的阶段进入到亲身实践的阶段，其对国民革命的影响可见一斑！
