李靖刚平定突厥，李世民君臣还未享受胜利带来的荣耀，就被御史大夫萧瑀泼了一盆冷水，他弹劾行军总管李靖御军无法、掳掠突厥珍物；李世民虽然没有将李靖付法司审判，但内心对李靖违抗军令还有是所反感的(突厥首败定襄后请求内附，李世民同意并派唐俭安抚，李靖以机不可失为由违抗军令于阴山全歼了突厥)，于是当面斥责一顿然后又大方地赦其罪录其功；李世民一罚一赏令李靖深感恐惧自此闭门不出，非亲戚不得见。
《贞观之治》萧瑀弹劾李靖
类似纵兵劫掠的事情，历代也并非罕见，萧瑀于此举国欢庆之时弹劾李靖颇有点不合时宜；其实萧瑀之所以弹劾李靖是另有其因，李靖大军破突厥之日杀了隋朝远嫁突厥的义成公主；当年李渊篡隋后，义成公主曾多次怂恿突厥可汗南侵大唐土地以报复李渊，因此唐军破突厥之日也没对她客气。
义成公主与萧瑀又有何渊源呢？隋炀帝江都饮恨后，萧后被宇文化及带至中原，随后又被窦建德救走，窦建德为讨好突厥将萧后及隋朝最后一位子嗣送到突厥义成公主处，萧后终于得到一处安身之所，因此义成公主对萧后有救命之恩；萧皇后是萧瑀的姐姐，姐弟二人当年一起进京，萧后对这位弟弟是非常的关爱，南方萧氏一族到了他们这代已逐渐凋零，因此姐弟二人感情颇深。
《隋唐英雄》里的萧皇后
义成公主被杀，萧后被当成俘虏带回长安，姐弟再见之日如此凄凉，萧瑀难免心生悲愤，如果义成不死，姐姐或许还有一处栖息之所；于是因爱生恨，一生耿直的萧瑀把造成这一切的源头归罪于李靖。然而让他没想到的是，李世民竟如此宽容，无视御史的弹劾，还赏李靖光禄大夫，赐制二千匹。
在不久的军队改革中李世民提拔李靖为尚书右仆射，明着升官实际是夺取了李靖的带兵权，李靖对此也是非常郁闷，消灭突厥这不世之功被萧瑀的一张奏章毁了干净，自己还得韬光养晦整天待在家中。
《贞观之治》李世民记功不记过
萧瑀见李靖高升，内心怏怏不乐；再加上近日以来，李世民偏信房玄龄、魏征等人，朝中论政萧瑀虽然善辞辩，房玄龄等人不能抗，但李世民明知萧瑀是对的，但却不用其言，这种政治上的压迫让萧瑀有些心灰，于是难免会于朝堂上下发些牢骚、言语有些偏激。
萧瑀的表现被一些年轻的政治新贵看在眼里，他们知道李世民早有换人打算；贞观初萧瑀为左仆射、裴寂为右仆射、高士廉为侍中，这些人都是李渊时期的重臣，对于李世民的新政非常排斥，如今封德彝死了、高士廉被贬、裴寂也被免了官，只有萧瑀上次因事被贬为御史大夫还活跃在核力中心；正所谓孤掌难鸣，很快朝廷中有许多人弹劾萧瑀，而理由就是他弹劾李靖初衷不对，非是李靖御兵无法，而是萧瑀为萧皇后出头为真。
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《贞观之治》李世民罢免萧瑀御史大夫
李世民终于等来了机会，不久以太子没有老师为由，把萧瑀调到东宫做了太子少傅，收回了他参与朝政的权力；不得不说贞观初期的政治斗争还是非常激烈的，以房玄龄为首的政治新贵与以萧瑀、裴寂为首的武德老臣，一攻一守之间显示了超高的政治能力，最终在李世民有意推陈出新的偏袒下，新人战胜了老人。