公元1629年（崇祯二年）七月，袁崇焕以犒赏吏卒的名义，来到毛军驻地双岛发饷。他叫士卒们排队受阅，校射弓箭，暗地里却把毛文龙骗到山上，历数十二大罪状，喝令手下将官手执崇祯赐予的尚方宝剑斩杀毛文龙于军帐之前。
“毛文龙被斩”这个消息，令明朝朝野大为惊诧，认为是一大奇举。崇祯皇帝没有为此责备袁崇焕的意思，而是持赞成态度，叫他依旧安心做事，不要有其他想法。
其实，被毛文龙之死震惊最深的正是崇祯皇帝，他是一个生性多疑而又刚愎自用的人，宠信宦官，贬斥谏臣，苛刻而寡恩。这次对袁崇焕表面安抚，只是考虑到毛文龙已死，关外军事还要倚仗袁崇焕，内心深处却疑忌丛生，不再像开始那样信赖了。袁崇焕一时痛快杀死了毛文龙，没想到也为自己留下了祸根，为后来的悲惨结局埋下伏笔。
五、皇太极的下一个目标——袁崇焕
毛文龙的被杀，真正获益的仅仅是后金政权。皇太极在高兴之余，又开始觊觎下一个目标：这次轮到袁崇焕本人了。 ·
皇太极设想了一步大胆的险棋：避开袁祟焕重兵把守的宁锦防线，从蒙古绕道奔袭京师。后金将领不理解其中奥妙，他们认为劳师袭远，处境实在危险，力劝皇太极班师。这样争论到半夜，还没有得出个结论。皇太极不高兴地告诉大家说：“我的计谋如果废弃不用，你们又有什么良策？”接着悄悄告诫诸将：我已设计定谋，你们就不要管了。
于是后金大军深夜开拔，在山海关以西明朝城垣颓落、军备废弛的地方进入塞内，一路势如破竹，连下众多边城。山海关总兵、名将赵率教闻讯急驰救援，被后金军队斩于马下，明兵一溃不可收拾，急得巡抚王元稚上吊自杀。 ·
后金大兵乘胜直趋北京的消息，犹如晴天霹雳，震动了满城朝野官民，京师立即宣布戒严。心急如焚的袁崇焕闻讯后率部星夜进关应援，并抢在后金军队前三天进驻蓟州，阻住后金军队去路。皇太极非常惊奇袁军回防如此神速，却不想与他纠缠，便用一支小部队虚与周旋，主力则绕过蓟州、紧逼京师。袁崇焕侦知这一动向，又急忙率兵马在后面追赶，一直追到河西务。照袁崇焕的计划，他是准备直入京师进行城防的。但明朝廷并不赞成他入京，因为袁崇焕导引后金兵入塞的消息早已传遍全城。
明朝廷令袁崇焕不得过蓟州一步，袁崇焕却蒙在鼓里，不明白事情真相。他手下的将领大概有所察觉，建议兵马不宜入京，驻守河西务一带寻机进兵，不失为万全之策。袁崇焕淡淡一笑，不以为然。孰不知这使他又一次铸成大错：不该让后金兵毫无阻挡地直入北京。如果他调集重兵在通州与北京城之间筑起一道防线，至少可以迟滞后金军队的进军速度。但他却从蓟州开始就尾追后金军，到了通州又不与敌人接战，眼睁睁看着后金兵马直趋北京城下，以至搞得怨声四起。更重要的是，袁崇焕这样做正应了满城的流言蜚语，使本来就不太信任他的崇祯皇帝猜忌之心更重，一场杀身大祸就要临头。 ·
袁崇焕没有想到这些，他一心思虑退敌之策。为了安定人心，十二月十九日，袁追到蓟州后，更以两昼夜三百余里的速度追到了北京城外，招抚了城外的散兵。他亲自率领将士与后金兵在广渠门外鏖战六小时，在后金的箭雨之中，两肋中箭如同刺猬，幸亏身穿重甲，没有被射穿。这样拼死血战了三个时辰，杀死后金兵上千，才算打退敌人进攻。这时候，明朝的形势越来越好：
都城有袁崇焕和其他将领率重兵护卫，京师诸城又有明军驻守，而且各地勤王军又在源源不断地赶来，孤军深入的后金兵马处境并不美妙。
对袁崇焕个人来说，命运并没有因此出现转机，反而愈加险恶。他在城下浴血奋战之日，正是城中阉党余孽、浙江官僚众口汹汹，横加陷害之时，有的人甚至在宫廷里绘声绘色地宣扬江西道御史捉获刘文端等七名奸细，供称袁崇焕附书与他们通敌的故事。诛杀毛文龙的老帐也被翻了出来，甚至袁崇焕打算在步兵主力到达后再与后金兵决战之事，也被攻击为“逗留城下，不肯尽力”。
六、崇祯自毁长城杀袁崇焕
在这种时刻，只有皇太极毫不焦急，看出使离间计的时机已经成熟，袁崇焕命在旦夕。原来，袁崇焕到京后，崇祯皇帝几次召见他，给予很丰厚的赏赐。但对他再三恳求让部下入城休息坚拒不允，而同时其他领兵大臣的士兵却获准入城，看来崇祯心头的疑云越来越浓。
不久，皇太极下令移兵接近明军营垒结营，他亲自察看一番，然后回营布置密计。早在后金军队初抵京师的时候，曾经俘获了明朝牧马厂的管马太监杨春和王成德，并派了副将高鸿中、参将鲍先等人看守。这天夜里，两个后金将领很晚才回营，坐近两个太监睡觉的地方嘀嘀咕咕，耳语说：“今天撤兵是汗（指皇太极）的大计。刚才看见汗单独一人面向敌营，营中走出两个人来见汗，说了很长时间的话才走。大意是，袁巡抚有密约。此事可以马上成功。”当时，太监杨春假装熟睡，把两个的对话牢牢记住。过了几天，他竟然逃脱了严密防守，忙不迭地以重大军情进见皇帝，当面密告袁崇焕通敌的绝密情报。
这时崇祯帝对袁崇焕通敌之事已深信不疑了，他当机立断。以“议饷”的名义把袁崇焕召进宫米，质问他杀毛文龙和进京逗留不战两件大事，断定他纵敌进京，迫使朝廷订立城下之盟，犯了叛国大罪，一条麻绳捆进了监狱。最终，演出了一场自毁长城的悲剧。袁崇焕死后，明朝的关外战场一发不可收拾，后金政权野心勃勃，扩大势力，灭亡明朝只是时间问题了。
