而不服的许大人自然拒绝执行中央命令。至于他为什么不服，则是寻求皇帝的一个说法，拒绝执行中央命令。于是乎，许遵第二次上诉中央。而这一次，刑部介入审核，刑部的审核结果也与大理寺相同，判定阿云当处绞刑；而许遵因审判失当，应缴纳罚款。判决结果下发之时，许遵已经得到了“判大理寺”的任命，大法官上任的第一件事竟然是遇到了审判失当的职责，这自然难以服众。许遵不服，因此第三次上诉中央，而神宗皇帝也只好令翰林院学士重新审理此案，而司马光与王安石也参与到此案之中。司马光与王安石的积怨
在对阿云案的全部案卷仔细审读、反复推敲之后，司马光不由地发出一声长叹：真不愧是断案老手！许遵对法律条文太熟悉了，但是他熟悉又不尊重，而法律条文在许遵的手里，完全就是为他利用的工具，在这次的案件中，法律更是让他合理地利用。
妻子谋杀丈夫，本来是“十恶不赦”的大罪，按照当时的法律，不管有没有杀死，都应当处以斩刑，这是死刑之中的极刑。而死刑也分两等，斩刑之下还有绞刑，是死刑之中比较轻的，最起码能留个全尸。而绞刑之下还有流刑，尚且能够保全性命，虽然失去了自由，但也能苟且偷生。
而许遵是怎样将阿云本该处以极刑的案件转变成了流刑的呢？他发现了一个非常关键的细节，正是这个细节，把阿云谋杀阿大一案的犯罪性质从“谋杀亲夫”转变成了“谋杀路人”。这个关键细节就是阿云与阿大成婚的时间点，这个时间点正好在阿云在为母服丧期间，按照《宋刑统》，居丧嫁娶，属于非法，因此许遵认定，阿云与阿大的婚姻关系无效，阿云与阿大非夫妻关系，自然也就不具备“谋杀亲夫”的罪名。
而对于这个案件的看法，司马光与王安石则是不同。
司马光在报告里面说：“阿云嫌弃丈夫丑陋，亲自手持腰刀，在田野之中，趁其熟睡，砍杀将近十个，断其一指，开始并没有自首，是到了衙门里眼看着要严刑拷打，不招不行了，这才招认。犯罪情节如此，有什么值得同情的？”阿云谋杀阿大一案，情节严重，社会影响恶劣，判决应当从重而不是从轻，因此，司马光在这一案件上是同意大理寺、刑部的判决的，应当处以绞刑。
但是当时的王安石、许遵等人却不这么认为。他们主张要免阿云一死，又是出于什么呢？
王安石坚定地站在许遵身后，为许遵辩护。而这个时候，阿云案已经不是一个简单的阿云生死问题，而是关系到定罪量刑原则的司法大讨论。具体来说，阿云案的判决结果，将影响宋朝法律中有关谋杀罪是否适用自首减刑的原则。许遵与王安石主张谋杀自首可以减刑，司马光反对。王安石说，允许阿云案中适用自首减刑原则，可以鼓励自首，最罪人开自新之路，但是司马光却担心，这种“自首”实在是太便宜了，而自首就可以活，这绝不是为罪人开自新之路，而是助长了杀人者气焰，让小人得志，良民受弊。
虽然当时大多数官员坚定地站在司马光身后，王安石这边也就只有一个许遵，怎么看都是司马光占据了上风。而最终的决定权还是在神宗皇帝手中，只有皇帝的决策才能决定这场争论的胜负。两位翰林学士、朝廷要员的分歧如此之大，自然就开始了第四次复议。
而第四次复议，因为神宗皇帝的参与，因为神宗对王安石的各种“偏爱”，最后的结果自然偏向王安石这边。最终的结果就是王安石逐渐向权力中心靠拢，为之后的改革大业奠定了基础。
至于阿云案之后的事情，自然是让许多官员感到不满，有人因此气死，也有人因此遭遇贬逐，即使司马光一生，也从未改变对阿云案的看法，始终相信自己最初的观点。
而这也让司马光看到了王安石的野心，虽然此前对他多有敬佩，尤其是赞赏他的道德，只是当王安石真正走进权力中心之后，司马光才发现，王安石也绝非自己想象的那样，或许神宗与王安石的相遇，真的是司马光一生从未想到的结果，宋朝历史注定迎来了改革的风云。
