但在此时，蒙古并没有灭掉西夏的打算，因为蒙古军若想灭夏，必然久拖不决而耗损兵力，即便灭夏，此时的蒙古骑兵也不会据守城池（蒙古人少，直接控制西夏，势必分散兵力，顾此失彼），中兴府还要被金朝所占，增加以后作战的困难。现在如果蒙古能够用武力迫使西夏结盟，命其攻金，既减轻了自己的负担，又削弱了夏金两国的实力。
1209年三月，蒙古军先举兵出黑水城北，从兀剌海西关口进入河西，西夏皇帝李安全命太子李承祯为主帅，大都督府令公高逸为副帅，领兵五万迎战蒙古军。蒙古军见西夏军离城列阵，正中下怀，遂将其一举击溃。西夏太子逃走，副帅高逸阵前被俘，不屈而死。蒙古军乘势再次攻打兀剌海城，丰州人谢睦欢劝守将出降，而太傅西壁讹答率兵巷战被俘。兀剌海再次失守，这时已经是夏四月了。
按照习惯，成吉思汗可能在兀剌海驻夏，并命蒙古军四处侦察，其中一部蒙古军直逼西夏都城中兴府的外围要地——贺兰山关口克夷门，此处地势险峻，关外两山对峙，仅一径可通，悬绝不可登，为西夏右厢朝顺监军司的治所，驻军达七万人，西夏大将嵬名令公奉命率军五万援助克夷门。起初，嵬名令公在山间设下伏兵，待蒙古兵至，嵬名令公率领擅长山地作战的西夏骑兵自山坡冲下，以居高临下之势，凭借优势兵力在野战中击败了劳师远来的蒙古军。之后西夏军返回了阵地，进行防守。
成吉思汗在兀剌海驻夏结束后，于七月亲自领兵进攻克夷门，两个月下来嵬名令公渐渐放松戒备，变得轻敌。成吉思汗让蒙古军故作退兵状，并用游兵引诱嵬名令公冲下山坡，离开险要，途中设下埋伏。嵬名令公进入空旷地带，结果被蒙古大军包围，西夏军兵败如山倒，嵬名令公被擒获。成吉思汗随即回兵攻占了克夷门⑤。自此，通往中兴府的路上畅通无阻，蒙古军急速越过贺兰山，驻扎在孛王庙，着手包围中兴府。成吉思汗在兀剌海驻夏，最初进攻克夷门的蒙军统帅并非本人是笔者的推测，因为成吉思汗一直有夏季避暑再于秋季出师的习惯⑥，少见的例外是西征花剌子模时于夏六月出师，那是因为阿尔泰山及天山山脉苦寒，须在秋深以前，度过天山。兀剌海也在第二次伐夏之役中有被蒙古军占据驻扎的纪录，而且据耶律楚材《过夏国新安县》⑦（西夏曾在这一带设有新安州），兀剌海地区应该是适合驻夏的凉爽区域。如此一来《西夏书事》中激烈的克夷门“相持两月”，怕只是西夏人自己的吹嘘修饰之词。
接下来的历史，传统说法一般是结合《元史》与《西夏书事》的记载⑧，成吉思汗率领蒙古军于九月包围了西夏都城中兴府，久攻不下之后决定引黄河水淹中兴府，结果由于技术手段不足，堤坝溃缺，汹涌的黄河河水涌入蒙古军营地，迫使蒙古撤军；中途西夏向金朝求援，却被短视的完颜永济拒绝（按上文考证，此回复应为一年前完颜璟所言）。但冷门史料《立只威忠惠公神道碑》⑨却提供了两个非常有意思的细节，一是在蒙军围困中兴府五旬（五十天）之后，西夏人就已经遣使求和（按蒙古军九月引河水灌城，五旬最多到十一月为止）；二是使者竟然是在和林见到了成吉思汗本人。
现在需要结合以上诸史所载对水淹中兴府的过程重新做个梳理了。在攻破克夷门后，成吉思汗就像日后一攻中都时驻扎在龙虎台派哲别军去试探一样驻扎在城外的孛王庙（应该是供奉西夏皇室祖先的寺庙），派兵包围了中兴府，李安全亲自督率将士登上城门，依靠坚固的城墙进行防御，蒙古军难以破城。九月连日大雨，中兴府地势较低，其西为唐徕渠，其南为红花渠，其东为黄河，城外四周湖塘密布。大雨使得黄河及城外渠、湖之水暴涨，于是成吉思汗到黄河下游筑起堤坝，使上游大水流灌中兴府城内（但是古代筑坝技术是不允许长期达到这个地步的，下游筑坝用回水淹上游在淮河流域一带比较有用，但不适于银川一带），城内水深数尺，房屋倒塌，不少居民被淹死。不久可能是为了处理西北各部事宜（1210年夏遣使至畏吾儿君主巴尔术处，1211年初春哈剌鲁的阿尔思兰汗随蒙将忽必来入觐），成吉思汗留下一部兵力继续包围，自己率剩下的军队带着俘虏的西壁讹答和嵬名令公返回蒙古（这种做法在1227年西夏亡国前夕也有用过，留兵一部围守中兴，自督大军转攻金朝）。
1223年李遵顼传位于太子李德旺（西夏献宗），同年负责对金战事的木华黎去世，其子孛鲁继续经略中原，该年春李德旺因成吉思汗西征长期未回以为有机可乘，便派遣使者去联络黄头回纥和西夏西边的臣属部落共同抵抗蒙古，次年西夏遣使至金朝议和。孛鲁向成吉思汗汇报情况，后者密令他伺机征讨。1224年秋，孛鲁攻破银州，杀死夏军数万，掳掠人口和牲畜数十万，命蒙古不花驻守西夏要害之地后返回，这第五次伐夏是蒙夏决裂，成吉思汗灭夏的序曲。1226年正月，成吉思汗亲自征伐再无利用价值的西夏，并最终将其消灭。
