目前史学界公认的明朝皇帝共有16位(不包括南明皇帝)，分别是洪武帝朱元璋、建文帝朱允炆、永乐帝朱棣、洪熙帝朱高炽、宣德帝朱瞻基、正统帝朱祁镇、景泰帝朱祁钰、成化帝朱见深、弘治帝朱佑樘(chēng)、正德帝朱厚照、嘉靖帝朱厚熜(cōng)、隆庆帝朱载垕(hòu)、万历帝朱翊(yì)钧、泰昌帝朱常洛、天启帝朱由校、崇祯帝(朱由检)。
当时很多人都会疑问，为什么明朝有16位皇帝，可是明朝的皇陵为何会叫“明十三陵”，而不是叫“明十六陵”呢？其实很简单，因为明朝16皇帝中有3位皇帝的陵墓并不是葬在这里，所以正因为“明十三陵”所葬的只有13位皇帝，所以它才叫“明十三陵”。那么没有葬在“明十三陵”的这3位皇帝都是谁呢？
“明十三陵”自永乐帝朱棣开始，依次建有长陵(朱棣)、献陵(朱高炽)、景陵(朱瞻基)、裕陵(朱祁镇)、茂陵(朱见深)、泰陵(朱佑樘)、康陵(朱厚照)、永陵(朱厚熜)、昭陵(朱载垕)、定陵(朱翊钧)、庆陵(朱常洛)、德陵(朱由校)、思陵(朱由检)。也就是说没葬在“明十三陵”的3位皇帝，分别是洪武帝朱元璋、建文帝朱允炆和景泰帝朱祁钰。那么他们为何没有葬在“明十三陵”呢？
洪武帝朱元璋
朱元璋没葬在“明十三陵”的原因很简单，因为“明十三陵”被当作皇陵是从永乐帝朱棣迁都北京后开始的。在朱元璋时期，明朝的皇陵是在南京，而非北京。现在位于南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的明孝陵就是洪武帝的陵墓。
建文帝朱允炆
众所周知朱棣登基从某种意义上来说是篡位，他的帝位是造了侄子朱允炆的反才得来的。“靖难之役”后，朱棣攻进南京，朱允炆自焚于南京皇宫(有说逃出皇宫，隐姓埋名)，虽然朱棣曾下诏会风光大葬朱允炆，但实际上却并非如此，时至今日朱允炆的陵墓到底在哪里，无人可知，但肯定的是绝对不是在“明十三陵”中。
景泰帝朱祁钰
1449年“土木堡之变”，明英宗朱祁镇被俘虏，瓦剌进攻北京。明朝危在旦夕之时，于谦等人拥立其弟朱祁钰为帝，是为代宗，而远在瓦剌敌营的英宗则被遥尊为太上皇。
1457年“夺门之变”，做了8年太上皇的朱祁镇被再次拥为帝。而曾经的代宗朱祁钰则被贬为郕(chéng)王，不久就死在了紫禁城的西苑，死因不明。死后，朱祁镇将他以亲王之礼葬在了北京西山，即北京市海淀区玉泉山北麓。此时的朱祁钰因不再是皇帝，所以也就没有权利进入“明十三陵”安葬。
而后虽然朱见深恢复其皇帝的身份，但此时已不适合再迁移，也就是如此，朱祁钰就成为了永乐迁都北京后，唯一一个不是葬在“明十三陵”的皇帝。
以上就是为什么“明十三陵”只有13皇帝的原因。其中洪武帝朱元璋是因为当时的明朝都城在南京，而非北京，所以皇陵自然就不会在“明十三陵”；建文帝朱允炆则是因为帝位被夺，朱棣不愿给他建皇陵，所以就没有；代宗朱祁钰是因其帝位不被朱祁镇所认可，自然就没资格葬在“明十三陵”，之后帝位虽被朱见深认可，但已不适合迁葬，所以就没移入“明十三陵”。