卫所制度是朱元璋所建立的，它其实是有些类似于唐朝的府兵制度，所有边疆军事重地和经济中心都有卫所，有如同分封一样拱卫中央的意思，全国各地建立了无数大大小小的军事据点，像是一个个碉堡一样，想要攻进来必须拔掉这样一个又一个的钉子，这样明朝的防御看起来好就牢不可摧了。
藏兵于民，以军隶卫，以屯养军。朱元璋想的很好，这些卫所兵战时为兵，太平时为民，可以屯田自给自足，不用花朝廷的一分钱就能起来拱卫边疆的作用。朱元璋曾经自豪的说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”这样朱元璋以卫所和藩王为基本，建立起了一个覆盖整个明朝的军事防卫网络。
历史证明朱元璋明显开心的太早了，首先是藩王朱棣起兵作乱夺得皇位之后继续削藩，藩王大多都不存在以前的三卫了，朱元璋的藩王制度完蛋了。卫所制度后来也玩完了，这个是我们重点要讲的问题，卫所是如何失去作用的?
洪武二十一年造黄鱼册，军户世袭。朱元璋打了一个好算盘，认为做工的世世代代做工，当兵的世世代代当兵，这样整个国家就能安定下来，不会有人作乱，明朝可千秋万代。但是这也只是想得好而已，曹丕曾说：“世上无不亡之国”。世界上的一切都是在不断的变化的，当时朱元璋的举措确实对于明朝的防御和经济恢复起到了重大的作用，但是时代在变化自己不改变就会出问题了。
卫所制度如何失去作用的
人格上的卑贱
军户的管理非常严格，除籍也很难，要皇帝的赦免才行，比如张居正就是军籍，但是大多数人这辈子都没有机会，这样世世代代的军籍对于这些人来说是一场灾难，普通的百姓根本不愿意嫁女儿到军籍的家庭，他们的妻子丈夫也只能来自于军籍，这种生活上的困破和别人的歧视导致军户们根本没有斗志去保卫国家，不仅自己要当兵自己的后代也要当兵，永远没有出路，
万历年间的西方传教士利玛窦在《16世纪的中国》中写道：
在这个国家中，也许没有哪个阶层比这些士兵更为卑贱和懒散，平时，他们抬轿、喂马，像奴仆一样受人役使。
它们不仅生活困苦而且还比别人低一等怎么会有奋勇杀敌的斗志呢?
生活上的困苦
第二点原因就是之前提到的卫所依靠的是屯田制度，没有屯田国家是养不起那么多兵士的，比如洪武末年全国军在一百二十万，永乐后期大概是两百八十万，发饷银是不可能的，国家根本没有那么多钱，所以只能依靠屯田制度，但是屯田有个问题就是这些卫所兵渐渐地成了军官的佃农或者奴隶，长官强取豪夺普通军户的土地。例如正统四年尚书王骥奏：“贵州卫所良田皆为官豪所占，贫穷军士无寸地可耕”，因为长期不打仗和营养不良也没人训练了，这样的军户根本没有战斗力，他们只是没有受过训练而且长期吃不饱的农民。
因为生活上的困苦和人格上的卑贱所以军户们总是想着能够逃亡，不再世代为军。朱元璋建立的这种屯军制度本来是想让人民开种开荒屯田，这样可以给开荒的人留下一分永远可以耕种的土地，但是却变成了大量军士的逃亡，这种逃亡不是说之后政府腐败了才开始的，而是从朱元璋时期就开始有这种逃亡了，只不过越往后期逃亡的数量越来越多。
军户逃亡跑了不是说就没有事了，只要祖籍还有家人就会派人勾补，这些勾补的军户对于平民来说无亚于无常索命的感觉，而且即使是这些去勾补的人都很有可能不会再回去也成了逃兵，正德十四年吏部尚书王琼上疏：“天下都司卫所每岁差去勾军官旗不下一万六七千名，计所勾之军，百无一二到卫。连去勾补的都不愿意回去了，到了正统三年(1438年)，逃亡官军竟达1633664人。到了嘉靖万历年间大部分卫所实际人数其实只有在籍人数百分之三十左右，逃亡的军户达到百万人，嘉靖八年仅有兵士79万，与成祖时期的两百多万已经相去甚远，卫所制度这时基本上就宣告破产了。
卫所制度破产对于明朝的打击是很大的。一方面是这样的一种守卫手段没有了，国家的防御变得更加的脆弱，另一方面是造成了明朝的经济困难。在明朝的财政支出中军费就占了其中的重要部分。前文已经提到了卫所是不需要国家支出的，能够自给自足，但是因为卫所的腐败所以明朝从正统年间就开始有募兵之举，就是当兵吃饷，不用世代为军，各地方自行募兵。
比如有名的戚家军就是如此来的。但是这样就有一个问题，本来用卫所制度国家正好是收支平衡的，现在国家财政预算中并没有兵饷这项预算，就只能加税，这些税最后还是摊派在人民的头上。所以建州女真犯境加税，人民困苦起义再加税，就这样一步步的把崇祯推进了煤山。