后来他与司马曜争权，在朝中摆出"主相相持"的格局，也说明其政治手腕相当厉害。他派王国宝的弟弟王忱出任荆州刺史，一度让司马曜毫无办法。王忱去世后，司马曜抓住机会以中旨的方式绕过司马道子，任命殷仲堪为荆州刺史，这才彻底的占据了政治斗争的上风。由此可见司马道子在政治斗争上也是非常厉害的，并不是任人宰割之辈。他敢以建康的那点兵力和东晋外藩的精兵对抗，并谋求削弱外藩兵权，可见其野心的庞大。像他这样的枭雄，听说王恭起兵的消息，怎么可能连敌人都没看到就杀了心腹妥协？
以历史事实为依据，王恭第二次起兵比第一次强大得多，得到了更多外藩将领的支持。可司马道子仍旧选择让司马元显率军迎击，可见他并没有想象中的那么惧怕王恭的外藩联军。因此将昏聩无能和惧怕王恭联军，作为司马道子杀王国宝求和的原因，显然是与事实不符的。
实际上通过对王国宝被杀前后的史料进行分析，可以发现司马道子的真正意图并非向王恭妥协，而是争夺晋安帝司马德宗的控制权。当时在得知王恭起兵的消息后，不但司马道子有反应，王国宝也是非常着急，毕竟他是被诛杀的直接对象。他向弟弟王绪问计，王绪让他杀王珣、车胤等重臣，劫持晋安帝。
王珣和车胤是朝廷重臣，在当时名望很高，尤其是王珣还是琅琊王氏的子弟王国宝对此很犹豫，他不敢轻易动手，便又向王珣和车胤问计。王珣和车胤劝王国宝放弃兵权，主动辞去官职，向朝廷请罪。王国宝先是照做了，然后又改变了主意，假称得到皇帝诏命复官，再准备起兵与王恭抗衡。可是还等不到他起兵，就被司马道子派来的司马尚之抓捕，然后被下诏赐死。从这些细节可以看出，王国宝作为司马道子的心腹，在朝廷中的权力是很大的。不但拥有兵权，还能拿到皇帝的诏令，可见其权势并不小。
假如王国宝选用了王绪的方案，那情况对司马道子将是非常不利的。王国宝有兵权，又诛杀了支持司马道子的王珣、车胤等人，再控制晋安帝，那就是挟天子以令诸侯的趋势。在这种情况下，面对王恭的大军，王国宝很可能牺牲司马道子，然后与其进行谈判。王恭起兵名义上是诛杀王国宝，实际上是为了争夺朝廷大权。这背后实际上是太原王氏与司马道子之争，而王国宝既是司马道子心腹，也是太原王氏子弟。以他那种出了名的墙头草的德性，与王恭达成和解，协助太原王氏掌控朝政，成为又一个顶级门阀也不是不可能。
因此面对王恭率领的外藩大军时，王国宝和司马道子其实是各自为战的态势，都在抢夺朝中大权，以维持自己的权势。司马道子杀王国宝并不是简单的向王恭妥协，而是有着更多的考虑。一方面，王国宝之死让王恭少了政治上的理由，达到缓兵之计的目的。另一方面，从王国宝手中夺取兵权，控制晋安帝，形成挟天子以令诸侯的态势，为战争做下一步准备。同时王国宝的墙头草作风也让司马道子很不放心，鉴于司马曜时期王国宝跳槽的黑历史，所以司马道子是必须除掉王国宝的，他也担心与王恭作战时自己后院着火。
综上所述，司马道子杀死王国宝并非简单的妥协和认输，而是有着更多的政治斗争的考虑。司马道子的人生中，他是极度擅长搞这种阴谋诡计的，所以才能配合司马曜逼谢安和谢玄下野，这也是他能够独霸东晋朝政的资本。然而这种资本在真正的战场上没有太大的用处，反而在阴谋诡计横生朝堂上玩得风生水起。可是这种阴谋手段永远不可能解决东晋面临的内乱问题，只能加剧战局的恶化，最终让野心勃勃的桓玄渔翁得利。而东晋的人心也在这种内乱中分崩离析，最终避免不了灭亡的结局。
