同年八月，北伐大军撤还，马忠又统军前去讨伐在汶山郡作乱的羌人。羌人于山间扼要处设置石门，并于石门上作床积放石头用以攻击，欲借此抵抗汉军的进攻。马忠以牙门将张嶷为先锋进讨，张嶷巧用使者恫吓羌人，羌人部分头目惊惧而降，余众逃窜山谷，大军趁机进攻，彻底讨平作乱的羌人。
建兴十一年（233年），由于庲降都督张翼执法严厉，不得南夷欢心，夷族首领刘胄于是作乱造反，诸葛亮以马忠代张翼为庲降都督，统军平叛。马忠不负使命，击杀刘胄，平定叛乱。蜀汉朝廷加封马忠为监军奋威将军，并封为博阳亭侯。讨平刘胄后不久，牂牁郡、兴古郡的獠人又起兵作乱，马忠令张嶷前往讨伐，招降其众两千余人，送往汉中用以充实蜀汉的北伐军队。
马忠成为庲降都督后，将治所迁到了建宁郡味县，处于汉族和夷族之间，加强对夷人的管理。越巂郡自从诸葛亮讨平高定叛乱之后，叟夷部落数次作乱，先后杀死太守龚禄、焦璜，从此以后越巂太守都不敢去郡里上任，故越巂郡徒有其名。马忠在越巂太守张嶷的辅助下，恩威并济，剿平乱夷，迁回郡治，修缮城郭，控制盐铁资源，并重新贯通越巂郡到成都的道路，恢复亭驿通信，使越巂郡重现。因此功劳马忠被加封为安南将军，并进封彭乡侯。
延熙五年（242年），马忠回到成都朝廷，加拜为镇南大将军。延熙七年（244年），曹魏大将军曹爽率领大军进攻汉中，大将军费祎北上御敌，留下马忠在成都，平尚书事，参与朝廷政事的谋议。费祎退敌归还后，马忠又回到南中。延熙十二年（249年），马忠在任上去世，其子马修继承爵位。
马忠为人宽容有度量，只知诙谐大笑，脸上从不流露出愤怒的神情，但处事时能够当机立断，恩威并立，因此蛮夷们都十分敬畏和爱戴他。马忠逝世后，治下百姓亲自来到马忠灵堂前流泪哭泣以尽哀思，并设立庙宇来纪念他。
