经过杨靖宇领导下的全面整顿，磐石游击队走出了低谷、摆脱了混乱，开始了新的发展，但天有不测风云，就在杨靖宇巡视吉海路沿线和海龙等地之际，磐石抗日斗争出现了新的危机。
当时在磐石有一个名叫张辅卿的大地主，家藏15支长枪。杨靖宇走后，磐石中心县委指示游击队总队长孟杰民将队伍开赴张家所在地——位于磐石、伊通两县交界的长胳膊(地名)，以武装为后盾，要求张家捐献枪支、粮食、生猪等物资支援抗日。11月27日，孟杰民率队伍赶到距张家大院约二里处，然后令队伍隐蔽待命，自己和参谋长穆景山带领一名士兵先去张家大院，并约定如发生意外情况以鸣枪为号，枪声一响，队伍就包围张家大院，以武力解决张家地主武装。令人意想不到的是，张家不仅拒绝了抗日要求，还自恃手里有枪，枪杀了孟杰民，逮捕了同去的战士，穆景山虽按原定计划鸣枪示警并逃脱虎口，但当大部队赶到时，局势已无法挽救，经一昼夜激战，游击队负伤两人，耗费大量子弹，仍未攻下张家大院，只得主动撤离。45天后，1933年1月11日，游击队在磐东地区活动时，被东吉昌子(呼兰镇)高锡甲地主武装包围，遭到袭击。战斗中，游击队代理大队长王兆兰、政治委员初向臣牺牲，第三中队政治指导员和五分队队长受重伤。
连续两次重大挫折和主要负责人的牺牲，使刚刚有所振奋的军心士气再次波动起来，从战士到领导者，消极畏缩的情绪有所滋长，有人提出埋藏武器、人员分散活动，这无异于自动解散，结果，许多队员开了小差，队伍由160余人降至100余人。南满游击队的命运处于紧要关头。
为尽快解决磐石抗日斗争的新危机，中共满洲省委于1月25日致信杨靖宇并转县委及游击队同志，要求磐石县委和游击队的领导者彻底转变盲动冒险攻坚的“左”的路线，坚持发动与领导群众斗争，“把两次事变的教训深入到每个同志与游击队员中”。对于杨靖宇(化名乃超)的工作，省委指示说：“乃超同志应该部分的时间留磐石工作，以一部分时间指导海龙工作。目前不应回省委”。遵照省委指示，刚在海龙巡视完工作的杨靖宇与李红光又回到磐石。
这时，团省委派来磐石巡视工作的巡视员刘过风也由哈尔滨来到磐石。刘过风坚决反对把队伍分散开来进行活动，批评了队内错误思想，使队内情绪稍许稳定下来。尔后，在海龙巡视完工作的杨靖宇以省委特派员的身份召集磐石县委会议和队内特支扩大会议，研究面临的局势和对策。会上，杨靖宇传达了省委给磐石中心县委及游击队的指示信精神，坚决而又严厉地批评了县委和队内党的领导干部思想中存在的悲观失望、畏难情绪等不正确观念。他阐述了党中央的领导抗日武装斗争的总方针，重申了省委交付给磐石党组织的任务，以此统一同志们的思想认识。指出，只有在党中央和省委领导下，坚决地丝毫不动摇地为巩固、发展红军第三十二军南满游击队而斗争才是出路。进而使县委领导同志、队内骨干的认识归于统一，坚定了大家的一定要把游击队建设好，与日本侵略者斗争到底的决心。
根据严峻的形势和实际情况，为了打开磐石地区反日斗争的新局面，杨靖宇果断地采取了三项措施：
第一，召集全体队员会议，追悼先烈。杨靖宇在部队举行的悼念自游击队建立以来先后牺牲的孟杰民、王兆兰、初向臣等干部战士大会上指出，为革命牺牲是无上光荣的。他号召：“我们未死的同志们应脚踏着死者的血迹走上前去，完成革命伟大任务。”追悼大会的召开，激发起干部、战士继承先烈遗志，积极开展反日斗争，誓把日本侵略者赶出中国的斗志，从而恢复了部队的士气。
第二，再次整顿队伍，宣布对新任领导干部的任命。通过整顿，加强了对干部、战士的思想教育，提高了对革命艰巨性的认识，增强了与失败、挫折斗争的信心。杨靖宇为把这支党领导的游击队建设好，决定留在游击队任代理政委。为便于工作，稳定部队情绪，他考虑到因伤离队的首任磐石工农反日义勇军政委姓杨(杨君武)，人称杨政委，便也改姓为杨。所以队员把他(张贯一)也叫杨政委。特别是队内朝鲜族战士叫杨政委的音很似杨靖宇，于是，他说：“我的名字就叫杨靖宇吧!”“靖宇”含有铲除变乱，平定四方之意，表明了他矢志抗日的坚强决心。同时，这个名字与朝鲜语杨政委又近似谐音，战士们叫起来也方便(当时队内朝鲜族战士占有近半数)。从此，杨靖宇这一名字就叫开了，也就和东北抗日游击战争紧紧联系在一起。经过再次整顿的南满游击队新的领导人是：游击队总队长袁得胜、政委杨靖宇(代理)、参谋长李松波;教导队队长李明海、政委李红光;第一大队队长朴翰宗、政委严弼顺;第二大队队长韩浩、政委朴四平;第三大队队长王平山、政委王绍文。部队新的领导干部名单的宣布，特别是杨靖宇留任游击队政委，对游击队全体干部、战士是个很大鼓舞，使同志们对斗争的前途充满了信心。
第三，主动出击，开展游击活动。队伍整顿过后，于1933年1月下旬(春节期间)，杨靖宇率队主动向蛤蚂河子反动地主武装“保民会”的“会兵”及据点“会房”展开了进攻，缴获“会兵”武装长短枪10支，逮捕包括有“会兵”头目在内的5名汉奸地主，没收其猪羊、粳米、白面、衣服等物品若干，并将没收的粮食分给贫苦农民，扩大了党的政治影响。随即，杨靖宇率队(70余人)于吉海路沿线老爷岭，在铁路工人配合下，击败日本关东军独立守备队(以下简称日军守备队)一小队(40余人)，毁坏敌人铁甲车一辆，毙伤日寇30余人。之后，又率队(100余人)在庙岭与伪满军500余人展开战斗，敌死伤20余人。这两次军事行动的胜利使游击队士气为之大振，队内干部、战士欢呼雀跃，情绪高涨，一扫过去愁眉紧锁，满面阴云的景象。