枢密使曾布说：章惇没有与我们商议，依照皇太后圣谕十分恰当。尚书左丞蔡卞说：皇太后为宗庙社稷大计诚是，当依圣旨。中书侍郎许将说：合依圣旨。
向太后说：神宗尝有圣语云：端王有福寿，又仁孝，不同诸王。於是章惇承命。章惇等从至寝阁帘前。
章惇说：且召五王来看。蔡卞曰：太后圣旨已定，更有何拟议。於是谕从政等召诸王皆至内东门，唯端王得入。
章惇说：端王轻佻，不可以君临天下。曾布用严厉的声音说：章惇，听皇太后安排。 端王赵佶继位，章惇请求皇太后权利共同相处职分。
屡遭弹劾
五月，宋徽宗以章惇为特进，章惇受封为申国公。章惇被任命为山陵使，章惇请求去职，宋徽宗不允许。途中突然遭遇大雨，宋哲宗灵车陷在了泥水坑中，过了一宿才走出来。
言官弹劾章惇不恭。左正言陈瓘说：山陵使章惇，奉命出使，行为失检，以致宋哲宗灵车陷泞不前，在野露宿。希望速度罢免章惇职事，不要章惇朝见，别与差遣，然后降出臣僚前后章疏，别议典刑。
九月，章惇五次上表请求罢政事，诏答不允。章惇从小道出去，居僧舍。
第二天，再次上表，又回答答不允许，派遣中使跟随看管，章惇再次从小道出去。 宋徽宗对辅臣说：我对待章惇这样，各方面都考虑到了，礼貌可以说是尊敬到了极致。
众人说：恩礼的确过厚。宋徽宗说：章惇请求知越州，应该答应他。 台谏丰稷、陈师锡、陈瓘多次弹劾章惇，宋徽宗罢免章惇的特进。
章惇任越州知州，陈瓘等人认为责罚太轻，弹劾章惇，重新议论章惇在绍圣时期，设置看详元祐诉理局，一切对于先朝言语不顺从的人，加以钉足、剥皮、斩颈、拔舌之刑，他凶狠刻毒像这样。章惇被贬为武昌军节度副使，潭州安置。
建中靖国元年(1101年)，任伯雨弹劾章惇，奏章上了八次，宋徽宗没有回应。陈瓘、陈次升等人重新极致议论。
二月，宋徽宗贬章惇到雷州。章惇被贬雷州，任伯雨弹劾章惇，说章惇有谋反之心、看不起宋徽宗、想追废宣仁后，宋徽宗又贬章惇为雷州司户参军。
进呈章援书，宋徽宗颇称其孝，有哀怜的意思。曾布欲且与徙广南近里一州，宋徽宗允许。又以诞所陈述事物进呈。
宋徽宗说：应该勒令停职编管。不久韩忠彦见到，生气，请求除名，送湖南，宋徽宗采取韩忠彦的建议，章惇也不再内地迁移。
宋徽宗诏：章惇亲子孙，允许在外指定差遣，不得总是到京师及上章疏。听从曾布所请也。
章惇是怎么死的
崇宁元年(1102年)，章惇被改任为舒州(安徽省安庆市)团练副使，睦州(浙江省杭州市淳安县)居住。
崇宁四年(1105年)，移越州(浙江省绍兴市)，又移湖州。
崇宁四年(1105年)，去世，享年七十岁，葬于浙江省长兴县。
大观三年(1109年)，重新特进;申国公官爵。
政和中，追赠观文殿大学士。
政和三年(1113年)，赠太师，追封魏国公。
绍兴五年(1135年)，追贬昭化军节度副使，子孙不得仕于朝。
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