以为：元丰的政事，有许多地方，与熙宁朝不同，说明先帝的想法，本来已经改变并贯彻施行了。司马光不了解先帝的想法，使用了母亲变更儿子政令的说法，而且操之过急，所以到现在，还是一片混乱。
为今天计，唯当消除朋党，持中道，也许可以救弊端。若又以熙、丰、元祐为说，没有以信服公论。陈瓘辞辨激昂，议论劲正，章惇虽违背意思，也颇惊异，于是有兼收元祐的话，留陈瓘一起吃饭而别。
独相执政
章惇专门以继承为国家的重要事务，凡是元佑所改，全都恢复。引用蔡卞等人，全部居重要职位、担任言官。
大小官僚，没有幸免，死去的人，殃及妻子、孩子。诋毁宣仁太后，说元佑初年，老奸擅国。章惇请求掘司马光、吕公著的坟，砍他们的棺材。宋哲宗没答应。
章惇请求编辑、分类元佑时，大臣们的章疏，处治刘安世、范祖禹劝谏宫中雇乳母的事，用文及甫陷害别人的文书引导蔡渭，让蔡渭告发刘挚、梁焘有反谋，兴起同文馆案，命令蔡京、安惇、蹇序辰穷究到底。
绍圣元年(1094年)，章惇执政，首先议论修复水磨。乃诏即京、索、大源等河为之，以孙迥提举，重新命令兼提举汴河堤岸，改差役制为雇役制，章惇逐步恢复免役法、保甲法、青苗法等。
在章惇主持下，以常平、免役、农田水利、保甲，类著其法，总为一书，定名为《常平、免役敕令》，颁行全国，熙宁新法基本恢复。
章惇荐引名士彭汝砺、陈瓘、张庭坚等，乞正所夺司马光、吕公著赠谥，勿毁墓仆碑。
布以为无益之事。又奏：人主操柄，不可倒持，今自丞弼以至言者，知畏宰相，不知畏陛下。臣如不言，孰敢言者。遭到曾布等人的反对和逼迫，司马光等人被夺谥毁碑。
曾布对章惇、蔡卞说：追夺恩泽，此例不可启，不同时候，奸人施于仇怨，则我辈子孙全部为人所害矣。
章惇说：彼已经死亡，虽鞭尸什么好处，追削什么补益，不如夺其恩例乃实事。曾布又说：不若止治其渠魁为便。章惇说：范百禄、胡宗愈之徒，也没有明显罪恶，暂且置之。
曾布说：韩维在政府不久，又与众不合而去，恐亦无它。章惇说：与司马光倡和者，正这个人啊。曾布反复很久，蔡卞说：亦有可议。
三省言：近降指挥，以司马光等各加追贬，其首尾附会之人，亦稍夺其所得恩数。谨按吕大防、刘挚、苏辙、梁焘等，为臣不忠，罪与光等无异，顷者朝廷虽尝惩责，而罚不称愆。
内范纯仁又自因别过落职，于本罪未尝略正典刑。轻重失当，生死异罚，无以垂示臣子万世之戒。其馀同恶相济、幸免失刑者尚多，亦当量罪示惩。
癸未，制：“吕大防责授舒州团练副使，循州安置;刘挚责授鼎州团练副使，新州安置;苏辙责授化州别驾，雷州安置;梁焘责授雷州别驾，化州安置;范纯仁责授武安军节度副使，永州安置。
刘奉世等三十一人，或贬官夺恩，或居住安置，轻重有差。其彬州编管秦观，移送横州。
欲废两后
章惇用邢恕为御史中丞，邢恕用北齐娄太后，宫名叫宣训，曾废她的孙子少主，而立儿子常山王高演的事，假托司马光，对范祖禹说：如今主少国疑，北齐宣训事仍可忧虑。
章惇引诱高士充上书，说高士充的父亲高遵裕临死时，屏退左右，对高士充说：宋神宗弥留之际，王珪派高士充来问：不知皇太后想立谁为帝。我斥责高士充离开。章惇追贬司马光、王珪，赠高遵裕为奉国军留后。
再追贬吕公著、司马光，又责吕大防、刘挚、梁焘、范祖禹、刘安世等过岭，意犹未慊，仍用黄履疏高士英状，追贬王珪，皆诬以图危上躬。其言浸及宣仁皇后，帝颇惑之。最后起同文狱，将悉诛元祐大臣。
章惇让宦官郝随帮助自己，章惇想追废宣仁后。皇太后、太妃都极力同章惇争辩。宋哲宗感悟，烧了章惇的奏疏，被郝随侦知，秘密告诉章惇和蔡卞。
第二天，章惇、蔡卞上奏，宋哲宗生气地说：你们不想让我进英宗庙吗。章惇、蔡卞才作罢。
绍圣三年(1096年)，章惇以孟皇后是元中期，宣仁后所立的，迎合郝随，劝宋哲宗在后宫兴起狱案，假托邪门旁道，废掉孟皇后，让孟皇后居住瑶华宫。
章惇请求立刘贤妃为皇后。孟皇后所生之女，福庆公主重病，药石没有效果，孟皇后之姐，持道家治病符水，入宫医治。符水之事，为宫中禁忌，孟皇后大惊，命将符水藏之。
公主病逝后，孟皇后养母燕夫人等人为孟皇后及公主祈福。宋哲宗专宠的刘婕妤，趁此机会，将前后两件事情联系起来，说孟皇后这是在诅咒皇帝。
宋哲宗听说后，开始怀疑，命令梁从政、苏珪调查此案。章惇和刘婕妤的授意下，他们逮捕了皇后左右侍女及宦官数十人，并将这些人刑求逼供，搒掠备至，肢体毁折，至有断舌者。
太监、宫女们不愿诬蔑孟皇后，个个被打得体无完肤，割舌、断肢者不在少数。梁从政等人造供词，孟皇后的后位被废，孟皇后被安置在被废妃嫔出家所居的瑶华宫。
绍圣北伐
夏军攻陷金明寨，主帅张兴战死。章惇很生气，建议把全军四千人全部斩首。李清臣说：现在如果把官吏士兵都杀掉，以后出现主将战死的情况，必然会全军降敌了。于是只杀了亲兵十六人。
中国自金明破，宋哲宗命缘边诸路，相度要害，增严守备。熙河将王文郁等，筑汝遮为安西城，以通秦凤援师。梁太后惧宋朝声讨，派遣使者献俘辽国，以为应援。
绍圣四年(1097年)，宋哲宗询问边事，章楶以夏人猖獗，上言城葫芦河川，泽地筑垒，夺取天都山，控扼横山，据形胜以逼夏，朝廷允许。
宋哲宗以章楶为泾原路经略安抚使。章惇采用浅攻扰耕之说，断绝夏人岁赐，命令沿边诸路，相继筑城守要害，以进拓境土。
曾布言：前日章惇云：惠卿去再任止半年，便与建节不妨。臣以谓建节未可轻议，惠卿进筑城寨，已改四官，今为右银青光禄大夫，天下止有惠卿一人为之，将来筑了，但可降一奖诏而已。
