哲哲生于明万历二十七年(1599年)。万历四十二年(1614年)四月，十六岁的哲哲远嫁二十二岁的皇太极为妻。一迎娶之际，皇太极率领部下从赫图阿拉城(今新宾县老城)出发，北行三百余里到达辉发部(今吉林省辉南县境)扈尔奇山城，在此杀牛宰羊举行隆重的迎亲仪式和结婚仪式。
天命十年(1625年)，她十三岁的侄女布木布泰嫁给皇太极。天命十一年(1626年)，皇太极继承汗位，封哲哲为“大福晋”。所谓大福晋是主持亲王家政的主妇，管理后宫一切事务，包括对其它侧福晋及庶福晋(即妾)的管束。哲哲所以受到如此重视，获得大福晋的尊贵地位，主要还是她出身于蒙古大领主世家，是清朝初期的联姻制度的核心。清初婚姻制度非常重视门第高低。天聪初年(1627年)，哲哲之母蒙古科尔沁大妃多次从科尔沁来到盛京，皇太极均以大礼相待。
天聪六年(1632年)，皇太极废除“四大贝勒并座”旧制，开始“南面独坐”。为正名份，开始册封后宫福晋，哲哲成为后金国君福晋，称中宫大福晋。崇德元年(1636年)，皇太极改国号为“清”，改“汗”号为皇帝，按古代制度要分封后妃，大福晋哲哲被封为中宫皇后，又称国君福晋，居中宫清宁宫，成为主持宫围，赞襄朝政的国母皇后。在册封大典上，皇太极授给她象征地位等级的《册文》、“金印”，以及仪仗銮驾等物。
崇德二年(1637年)，科尔沁大妃来朝设宴，不久后皇太极对科尔沁家族进行封赠，追封科尔沁贝勒莽古思为和硕福亲王，封科尔沁大妃为和硕福妃。皇太极派内院大学士范文程等人前往科尔沁，赐《诰命》和银印以及其它赏赐，并为和硕福王立碑。
皇太极统治的17年间，孝端文皇后主持内宫事务，很使皇太极满意。每遇蒙古诸部远道来京朝贺，或送女来嫁，或尚公主，均由孝端文皇后率众妃举行盛大宴会，亲自迎送。由于孝端文皇后的崇高地位，其亲族亦受礼遇。她的母亲科尔沁太妃屡次来朝，皇太极均以盛大礼节迎送，宴赏优厚。
孝端文皇后无子，生有三女。福临(即顺治皇帝)继位后，尊其为母后皇太后，顺治六年(1649年)四月十七日，哲哲逝世，年五十一岁。顺治七年(1650年)二月，将其梓棺运至沈阳，与皇太极合葬于昭陵，即今沈阳北陵。顺治皇帝为孝端文皇后撰了祭文。雍正、乾隆累累加谥，全谥曰孝端正敬仁懿哲顺慈僖庄敏辅天协圣文皇后。
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