由于董卓专政，擅行废立，滥杀无辜、祸害后宫、凌辱王室;他带来的凉州羌胡兵又肆意践踏荼毒京师，无论官民皆深受其害，惹得天下汹汹，便有关东群雄讨董卓的大战发生。公元190年各路讨伐军会盟于洛阳附近的孟津，推袁绍为盟主，但无人敢先与董卓开战。于是董卓一面火烧洛阳200里，强行迁都把汉献帝送到长安;一面在洛阳迎战各路讨伐大军。尽管各路讨伐军兵众达十数万人，但乌合之众，大约只有一年多的时间就被董卓粉碎。与其如此说还不如说是这些大小军阀们各自作鸟兽散。因为大概只有三路讨伐军与董卓交过战，其余十几路讨伐军根本就不战而走。一来怕董卓，二来各自保存实力而已。
最先开战的是曹操，独自一军只有几千人，在洛阳西部的荥阳与董卓部将徐荣血战一天，被打得大败几乎全军覆灭，身受箭伤的曹操乘夜逃走遇阻于河。亏得曹洪寻找到一条破船，才得以脱身。第二个开战的是洛阳北部的河内太守王匡的讨伐部队，但在河南平县附近小平津黄河渡口北岸被董卓派兵击破，全军覆灭。第三支队伍是从洛阳南部单独进攻的长沙太守孙坚，初战也被徐荣打败。逃到河南汝阳一带整顿残部充实军备，大破前来追剿的董卓所派的中郎将胡轸;之后又大破董卓的干儿子吕布，攻下了废都洛阳。董卓吓得跑回了长安，只留下部将们沿途布防。可是这时袁绍却派人袭击孙坚的后路。孙坚只能长叹而归。轰轰烈烈的讨伐运动就这样结束了。兴师动众，传檄之下，十几万大军打不过董卓，并没有把汉献帝解救出来，汉献帝仍在董卓手中。
公元192年，汉朝司徒王允收买了吕布，谋杀了董卓，全长安城都喝酒放鞭炮祝贺，酒店为之一空，就如我国上个世纪“四人帮”垮台一样。这固然是一件好事，但对于汉献帝而言，却令他陷入了更大的灾难之中。
董卓死后，王允、吕布把持朝政，这是二人联合专政时期，汉献帝仍是傀儡。由于王允、吕布都是并州人，董卓留在洛阳的部将李傕、郭汜就把军中的数百名并州籍的男女尽数杀光。但屯驻在陕县的凉州兵牛辅一部内乱，牛辅被部下杀死，部众四散无归。李傕等人害怕生乱便派人到长安请求赦免。但王允无视董卓扔在洛阳的西凉兵众。这些羌胡兵被董卓的讨虏校尉贾诩说动:与其坐以待毙，不如舍死一搏，没准能夺取朝了政。西凉兵在李傕、郭汜的统率下向西杀奔长安为董卓报仇，部众聚啸达10余万人，到了长安城下，又与董卓另一部将樊稠所率领的凉州兵会合，声势大振，只用了10余天便攻破长安。吕布逃走，王允被杀，汉献帝又成了孤家寡人被丢在长安。李、郭二将把持朝政后，那个小小的校尉贾诩当上了尚书，真的把持了朝政，以朝廷名义开始号令天下了，而仍把汉献帝当成傀儡。这是李、郭、樊三人专政时期，以贾为谋主。但这贾诩自知李、郭两个西凉兵痞绝不足以成大事，便向献帝献殷勤。李、郭二将几次想谋害献帝，都被贾诩化解了。汉献帝对贾诩是感恩戴德不已。但后来他又投奔了张绣、曹操，成为曹魏的大臣。献帝在长安由三人专政达6年之久。
后来，果如贾诩所料，李傕、郭汜又打了起来。先是公元195年由马腾策动的益州刺史刘焉派儿子刘范与前益州刺史种劭，西凉新军阀韩遂马腾等起兵讨伐李傕专政。讨伐军在长安外五十余里的长平观与郭汜樊稠开战。讨伐军被打败，刘范、种劭战死。因樊稠与马腾是为乡党旧谊，二人又于战场上交谈旧事，所以李傕怀疑樊稠通敌，便把他杀掉。但樊稠与郭汜交好，郭汜便与李傕反目交兵。公元196年三月李傕胁迫汉献帝到自己的军营中，把汉献帝在长安的宫室又一把大火烧掉。四月，郭汜率兵攻来，混战一场。在乱军中汉献帝差点被乱箭所伤，史称“矢及御前”。在混战中李傕受伤，又胁逼汉献帝跟他从南营逃往北营。献帝不肯，但由李傕派人强迫随军逃往长安西部。六月，李、郭二人又被朝臣调解和好。七月献帝又启程返长安。八月，途中留驻于新丰的一个校舍中。10月，郭汜又派手下放火烧毁了校舍，劫持了汉献帝。杨定杨奉二将军与郭汜大战打败了郭汜。汉献帝乘乱在朝臣军兵的保护下连夜潜逃。中途又露宿于华阴县道旁。11月，李傕与郭汜合兵来追，在东涧地方打败献帝护卫军兵，朝臣与将官多有死难。汉献帝逃往陕州附近的曹阳涧，在涧边的农田中露营。早晨起来朝臣们在野地里与献帝见礼议事，军兵们围在四周笑，觉得很滑稽。并且不断地打闹嬉戏。汉家天子的尊严，王室的威风到此已荡然无存了。不知献帝此时心中是何滋味。幸得董承、杨奉两位将军请来白波军帅、匈奴左贤王率军来迎奉皇舆，大破李傕，献帝车驾才得前行。不久，李兵又重新追来，大败献帝的护卫军队，又杀死了不少的宫人与官员。献帝一队人马逃往陕县，夜渡河水，竟丢掉车驾，连宫人皇后在内一律全体步行逃命。终于摆脱了李傕的追兵。这些猖獗野蛮的部众后来终于在献帝迁许都后被剿灭。李傕的头颅被割下传到许都。献帝下令把他的头高悬在城门上。这也许就是献帝一生唯一作过的最为“残忍”的一件事了。
却说汉献帝逃到安邑县后，在安邑县窘迫得连皇帝的衣服都破旧得没有第二件可换，没有粮食只能用酸枣、栗子等充饥。因为一路逃跑，连车驾都扔了，哪还顾得上衣物粮食?只是逃命要紧。无奈何这安邑显然不是久居之地。挨到第二年六月又迁往闻喜县，七月才回到洛阳。但皇宫早已夷为平地，献帝只能寻到还能住人的灵帝时的中常侍赵忠的旧宅暂时住下来。八月南宫杨安殿修缮得差不多，才搬进宫殿，进行郊祀，大赦天下，拜谒太庙。到此时汉献帝先后经历了董卓专政、王允专政、李郭樊三人专政，在洛阳长安、河南陕西之间到处流迁，当了7年之久的“流浪皇帝”、“逃亡天子”、政治傀儡。虽然历尽艰难磨劫终又回到故都洛阳，但此时的洛阳已残破不堪，仍旧是缺乏生存的基本条件，衣食无着。史载:“是时，宫室烧尽，百官披荆棘，依墙壁间。”
