单位以检查名义查询员工银行流水肯定是不合法的，不仅员工可以拒绝，而且银行也会拒绝受理，但特殊情况除外。
个人账户银行流水是重要资金交易信息，也是属于公民隐私信息，因此受到了相关法律法规的保护。在“储蓄管理条例”中有四大原则，即“存款自愿 取款自由 存款有息 为储户保密”；同时，由人民银行、银保监会、证监会和保监会2007年联合发布的“金融机构客户身份识别和客户身份资料及交易记录保存管理办法”，明确指出金融机构应该采取必要必要管理措施和技术措施，防止泄露客户身份信息和交易信息。所以，银行对任何单位以检查名义查询员工的银行流水，都应该拒绝，否则涉嫌违法。
关于他人银行账户的查询，是有法律专门规定的，比如如果本人涉嫌违法犯罪的，只有司法或执法机关有权查询。我国法律明确规定，有权查询机关有11个:公安、检查、法院、军队、监狱、海关、税务、安全机关、证监会、审计和监察机关。但也不是随意查询，而是必须向银行出示县一级以上主管部门出具的“银行存款查询通知书”，且需要双人送达并出示相关证件，银行方可受理。
因此，如果本单位以检查名义查询员工银行流水，显然银行不会受理的，也是无法查询的，最多只能由员工本人打印流水再交给单位，这就另当别论了。作为员工，如果遵章守纪，是完全可以依法主张自己权利，拒绝出示本人银行流水的。但是，如果是想证明自己在某些问题上的“清白”，也没有什么可说的。
曾经一度流传，个别银行为了所谓内部风险排查，对员工个人账户，利用特殊权利查询或打印员工银行流水，如果没有员工的许可，实际上也是违法的，这个“盖子”只是暂时没有人去揭开而已。
